| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-33页 |
| 1 海洋微藻 | 第14-17页 |
| 1.1 海洋微藻的生态重要性 | 第14-15页 |
| 1.2 海洋微藻的应用价值 | 第15-16页 |
| 1.3 经典分类学对海洋微藻分类调查的不足 | 第16-17页 |
| 2 微藻分类鉴定的分子方法 | 第17-25页 |
| 2.1 DNA条形码技术 | 第17-25页 |
| 2.2 指纹图谱法 | 第25页 |
| 3 微藻群落结构的研究方法 | 第25-28页 |
| 3.1 扩增子测序法 | 第25-26页 |
| 3.2 rDNA克隆文库法存在的问题 | 第26-28页 |
| 4 高通量测序技术(High-throughput sequencing) | 第28-31页 |
| 4.1 高通量测序简介 | 第28-29页 |
| 4.2 Miseq测序原理 | 第29-30页 |
| 4.3 高通量测序技术在微生物群落结构研究中的应用 | 第30-31页 |
| 5 研究目的及意义 | 第31-33页 |
| 第二章 海洋微藻DNA条形码基因的评估 | 第33-55页 |
| 0 引言 | 第33页 |
| 1 实验材料 | 第33-36页 |
| 1.1 藻种来源 | 第33-34页 |
| 1.2 实验试剂 | 第34-35页 |
| 1.3 实验仪器与耗材 | 第35-36页 |
| 2 实验方法 | 第36-40页 |
| 2.1 硅藻的分离纯化和培养 | 第36页 |
| 2.2 硅藻的形态鉴定 | 第36页 |
| 2.3 硅藻18S和ITS rDNA、COI及rbcL通用引物的设计 | 第36-37页 |
| 2.4 DNA的提取 | 第37-38页 |
| 2.5 PCR扩增 | 第38页 |
| 2.6 电泳检测、测序 | 第38页 |
| 2.7 部分序列的胶回收、克降和测序 | 第38-39页 |
| 2.8 序列处理和分析 | 第39-40页 |
| 3 实验结果 | 第40-52页 |
| 3.1 藻种的鉴定 | 第40-42页 |
| 3.2 18S rDNA、ITS rDNA、COI、rbcL及UPA的扩增、测序以及比对 | 第42-43页 |
| 3.3 18S rDNA、ITS rDNA、COI、rbcL和UPA的遗传差异 | 第43-44页 |
| 3.4 碱基替换饱和性分析 | 第44-45页 |
| 3.5 18S、ITS、COI和rbcL的系统发育分析 | 第45-52页 |
| 4 讨论 | 第52-55页 |
| 4.1 本文设计的引物的通用性 | 第52-53页 |
| 4.2 硅藻核内rDNA、线粒体和质体基因的遗传差异 | 第53页 |
| 4.3 18S rDNA、ITS rDNA、rbcL和COI作为硅藻DNA条形码的效力 | 第53-55页 |
| 第三章 rDNA定量准确性的评估 | 第55-65页 |
| 0 引言 | 第55页 |
| 1 实验材料 | 第55-56页 |
| 1.1 藻种来源 | 第55页 |
| 1.2 实验试剂 | 第55页 |
| 1.3 实验仪器与耗材 | 第55-56页 |
| 2 实验方法 | 第56-58页 |
| 2.1 硅藻混合样本的准备 | 第56-57页 |
| 2.2 总DNA的提取以及rDNA的PCR扩增、克隆和测序 | 第57页 |
| 2.3 构建硅藻ITS的DNA参考库 | 第57-58页 |
| 2.4 序列分析 | 第58页 |
| 3 实验结果 | 第58-62页 |
| 3.1 选定的目标藻株 | 第58-59页 |
| 3.2 两组数据产生的OTUs | 第59-60页 |
| 3.3 DD组和CD组的序列组成 | 第60-61页 |
| 3.4 DD组和CD组ITS序列在物种内的遗传距离 | 第61页 |
| 3.5 两组混合样本中各物种的序列数与细胞数 | 第61-62页 |
| 4 讨论 | 第62-65页 |
| 第四章 甲藻定量基因的筛选 | 第65-78页 |
| 0 引言 | 第65-66页 |
| 1 实验材料 | 第66页 |
| 1.1 藻种及样本信息 | 第66页 |
| 1.2 实验试剂 | 第66页 |
| 2 实验方法 | 第66-69页 |
| 2.1 设计通用引物 | 第66-67页 |
| 2.2 通用引物的验证 | 第67页 |
| 2.3 目的基因的筛选 | 第67-68页 |
| 2.4 DNA参考库的构建 | 第68页 |
| 2.5 甲藻混合样本的制备与相应克隆文库的构建 | 第68页 |
| 2.6 克隆文库的序列分析 | 第68-69页 |
| 3 实验结果 | 第69-75页 |
| 3.1 HSP90、elf2和actin基因通用引物的扩增结果 | 第69-72页 |
| 3.2 目的基因DNA参考库的序列分析 | 第72-73页 |
| 3.3 甲藻actin基因克隆文库的OTUs计算 | 第73-74页 |
| 3.4 各物种的actin序列数与其细胞量的比较 | 第74-75页 |
| 4 讨论 | 第75-78页 |
| 4.1 Actin与elf2基因的比较 | 第75-76页 |
| 4.2 Actin基因的定性和定量比例存在问题 | 第76-77页 |
| 4.3 Actin基因与ITS的比较 | 第77-78页 |
| 第五章 Miseq测序分析微藻群落的结构组成 | 第78-105页 |
| 0 引言 | 第78-79页 |
| 1 实验材料 | 第79-81页 |
| 1.1 藻种来源 | 第79-80页 |
| 1.2 实验试剂 | 第80页 |
| 1.3 实验仪器与耗材 | 第80-81页 |
| 2 实验方法 | 第81-86页 |
| 2.1 样本的设置 | 第81-82页 |
| 2.2 总DNA的提取 | 第82页 |
| 2.3 全基因组扩增 | 第82页 |
| 2.4 PCR扩增和产物的纯化回收 | 第82-84页 |
| 2.5 PCR-free文库的构建和上机测序 | 第84页 |
| 2.6 Actin基因和18S v9区的DNA参考库的构建 | 第84页 |
| 2.7 数据分析 | 第84-86页 |
| 2.7.1 序列拼接和质量过滤 | 第84-85页 |
| 2.7.2 OTUs分析和物种注释 | 第85页 |
| 2.7.3 各样本的物种组成和群落结构分析 | 第85页 |
| 2.7.4 样本的多样性分析 | 第85-86页 |
| 3 实验结果 | 第86-100页 |
| 3.1 7个模拟样品的细胞组成 | 第86-87页 |
| 3.2 Actin基因测序结果 | 第87-93页 |
| 3.2.1 数据预处理统计和质控信息 | 第87-88页 |
| 3.2.2 Actin样本的组成结构 | 第88-91页 |
| 3.2.3 Actin样本的多样性 | 第91-93页 |
| 3.3 18S v9区测序结果 | 第93-100页 |
| 3.3.1 数据预处理统计和质控信息 | 第93-94页 |
| 3.3.2 18S v9样本的组成结构 | 第94-98页 |
| 3.3.3 18S v9样本的多样性 | 第98-100页 |
| 4 讨论 | 第100-105页 |
| 4.1 18S v9测序结果分析 | 第100-101页 |
| 4.2 Actin基因测序结果分析 | 第101-102页 |
| 4.3 18S v9和actin基因测序结果的比较 | 第102-103页 |
| 4.4 全基因组扩增样本分析 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-120页 |
| 附录 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 个人简历 | 第123页 |
| 发表的学术论文 | 第123页 |
