| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-22页 |
| 1.1 丹参研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.1 丹参简介 | 第12页 |
| 1.1.2 丹参的现代开发研究 | 第12-13页 |
| 1.2 水杨酸（SA）及其信号转导 | 第13-15页 |
| 1.2.1 SA简介 | 第13页 |
| 1.2.2 SA信号转导通路 | 第13-15页 |
| 1.3 药用转录组学研究概况 | 第15-18页 |
| 1.3.1 转录组的概念及研究方法 | 第15-17页 |
| 1.3.2 RNA-seq在中药研究中的应用 | 第17-18页 |
| 1.4 本课题选题背景及研究意义 | 第18-19页 |
| 1.4.1 选题背景 | 第18页 |
| 1.4.2 研究目的及意义 | 第18-19页 |
| 1.5 研究内容和主要技术线路 | 第19-22页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第19页 |
| 1.5.2 主要技术路线 | 第19-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.1.1 材料来源 | 第22页 |
| 2.1.2 无菌苗的培养及愈伤组织的诱导 | 第22页 |
| 2.1.3 样品制备 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-28页 |
| 2.2.1 丹参悬浮细胞总RNA提取及质量检测 | 第22-23页 |
| 2.2.2 SA诱导的丹参转录组测序及文库构建 | 第23页 |
| 2.2.3 SA诱导的丹参转录组数据组装 | 第23-24页 |
| 2.2.4 unigene功能注释和开放阅读框（ORF）预测 | 第24页 |
| 2.2.5 差异表达基因（DEG）分析及验证 | 第24-28页 |
| 第三章 结果与分析 | 第28-50页 |
| 3.1 丹参悬浮细胞总RNA质量检测 | 第28页 |
| 3.2 测序结果分析 | 第28-29页 |
| 3.3 转录组数据拼接结果分析 | 第29-31页 |
| 3.4 丹参unigene功能注释 | 第31-35页 |
| 3.4.1 unigene比对到数据库结果分析 | 第31页 |
| 3.4.2 unigene比对到COG数据库结果分析 | 第31-32页 |
| 3.4.3 unigene的GO分类 | 第32-33页 |
| 3.4.4 unigene代谢通路分析 | 第33页 |
| 3.4.5 ORF预测 | 第33-35页 |
| 3.5 差异表达分析 | 第35-36页 |
| 3.5.1 样品重复相关性分析 | 第35-36页 |
| 3.5.2 差异表达基因筛选结果 | 第36页 |
| 3.6 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第36-40页 |
| 3.6.1 差异表达基因GO功能富集分析 | 第36-40页 |
| 3.6.2 差异表达基因KEGG通路分析 | 第40页 |
| 3.7 响应SA诱导的相关基因分析 | 第40-47页 |
| 3.7.1 SA信号通路相关差异表达基因 | 第40-43页 |
| 3.7.2 响应SA的抗氧化系统相关基因 | 第43-44页 |
| 3.7.3 响应SA的激素相关基因 | 第44-45页 |
| 3.7.4 响应SA的转录因子基因 | 第45-47页 |
| 3.8 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第47-50页 |
| 第四章 讨论 | 第50-58页 |
| 4.1 丹参细胞响应SA刺激的转录组比较分析 | 第50-51页 |
| 4.2 SA信号转导差异表达基因 | 第51-53页 |
| 4.3 响应SA诱导的抗氧化基因 | 第53-54页 |
| 4.4 响应SA诱导的激素相关基因 | 第54-56页 |
| 4.5 响应SA诱导的TF及其在丹参中的作用 | 第56-58页 |
| 第五章 结论 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 致谢 | 第68-70页 |
| 作者简介 | 第70页 |