| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-26页 |
| 1.1 爱德华氏菌 | 第12-13页 |
| 1.2 杀鱼爱德华氏菌 | 第13-15页 |
| 1.2.1 理化特性 | 第13页 |
| 1.2.2 杀鱼爱德华氏菌的危害 | 第13-14页 |
| 1.2.3 感染过程 | 第14-15页 |
| 1.3 杀鱼爱德华氏菌的主要毒力因子 | 第15-21页 |
| 1.3.1 溶血素 | 第15页 |
| 1.3.2 三型分泌系统(T3SS) | 第15-18页 |
| 1.3.3 六型分泌系统(T6SS) | 第18-21页 |
| 1.3.4 四型分泌系统(T4SS) | 第21页 |
| 1.4 主要毒力调控元件 | 第21-24页 |
| 1.4.1 EsrA-EsrB双组份系统 | 第21-23页 |
| 1.4.2 PhoQ-PhoP双组份系统 | 第23页 |
| 1.4.3 其他调控元件 | 第23-24页 |
| 1.5 转录组学 | 第24页 |
| 1.6 蛋白质结晶与X射线衍射 | 第24-25页 |
| 1.7 课题研究内容与意义 | 第25-26页 |
| 第2章 E. piscicida EIB202和△esrB转录谱分析 | 第26-38页 |
| 2.1 前言 | 第26页 |
| 2.2 实验材料 | 第26-27页 |
| 2.2.1 菌株 | 第26页 |
| 2.2.2 试剂、培养基与仪器设备 | 第26-27页 |
| 2.2.3 生物信息分析软件与主要数据库 | 第27页 |
| 2.3 实验方法 | 第27-29页 |
| 2.3.1 胞外蛋白抽提与检测 | 第27-28页 |
| 2.3.2 EIB202转录组分析 | 第28-29页 |
| 2.4 实验结果 | 第29-35页 |
| 2.4.1 不同条件下EIB202的胞外蛋白谱 | 第29页 |
| 2.4.2 链特异性RNA-Seq结果质量分析 | 第29-32页 |
| 2.4.3 转录谱差异分析 | 第32-35页 |
| 2.5 讨论 | 第35-37页 |
| 2.6 本章小结 | 第37-38页 |
| 第3章 EIB202候选效应物的初步筛选 | 第38-57页 |
| 3.1 前言 | 第38页 |
| 3.2 实验材料 | 第38-44页 |
| 3.3 实验方法 | 第44-46页 |
| 3.3.1 候选基因与TEM-1融合表达菌株构建 | 第44页 |
| 3.3.2 HeLa细胞复苏与传代 | 第44页 |
| 3.3.3 初步筛选转运蛋白 | 第44-45页 |
| 3.3.4 效应蛋白的表达及胞外分泌检测 | 第45-46页 |
| 3.4 实验结果 | 第46-53页 |
| 3.4.1 差异表达基因初步分析与筛选 | 第46页 |
| 3.4.2 候选基因转运分析 | 第46-53页 |
| 3.4.3 转运蛋白胞内表达与胞外分泌检测 | 第53页 |
| 3.5 讨论 | 第53-55页 |
| 3.6 本章小结 | 第55-57页 |
| 第4章 效应蛋白的毒力相关性初步研究 | 第57-78页 |
| 4.1 前言 | 第57页 |
| 4.2 实验材料 | 第57-63页 |
| 4.3 实验方法 | 第63-66页 |
| 4.3.1 巨噬细胞J774A.1复苏、传代与侵染 | 第63页 |
| 4.3.2 qRT-PCR | 第63页 |
| 4.3.3 缺失株构建 | 第63-64页 |
| 4.3.4 大菱鲆驯养、免疫与攻毒 | 第64-66页 |
| 4.3.5 CI-Seq | 第66页 |
| 4.4 实验结果 | 第66-76页 |
| 4.4.1 宿主体内外EsrB调控效应蛋白基因 | 第66-67页 |
| 4.4.2 缺失株构建 | 第67-69页 |
| 4.4.3 CI-Seq | 第69-72页 |
| 4.4.4 9△的毒力、定植与免疫保护力试验 | 第72-76页 |
| 4.5 讨论 | 第76-77页 |
| 4.6 本章小结 | 第77-78页 |
| 第5章 EsrB结构与功能研究 | 第78-95页 |
| 5.1 前言 | 第78页 |
| 5.2 实验材料 | 第78-79页 |
| 5.3 实验方法 | 第79-83页 |
| 5.3.1 蛋白表达纯化 | 第79-81页 |
| 5.3.2 蛋白结晶 | 第81页 |
| 5.3.3 凝胶迁移阻滞实验(EMSA) | 第81-82页 |
| 5.3.4 Pull-down | 第82-83页 |
| 5.3.5 DNase I footprinting | 第83页 |
| 5.4 实验结果 | 第83-91页 |
| 5.4.1 EsrB全长及C端蛋白表达纯化 | 第83-84页 |
| 5.4.2 EsrB体外直接结合esrC和esaM启动子 | 第84-85页 |
| 5.4.3 EsrB的结合box与SsrB类似 | 第85-87页 |
| 5.4.4 EsrB晶体结构分析 | 第87-91页 |
| 5.5 讨论 | 第91-94页 |
| 5.6 本章小结 | 第94-95页 |
| 第6章 EsrB调控pEIB202抗生素抗性及T4SS相关基因表达 | 第95-104页 |
| 6.1 前言 | 第95-96页 |
| 6.2 实验材料 | 第96页 |
| 6.3 实验方法 | 第96-99页 |
| 6.3.1 斑马鱼驯养与攻毒 | 第96-98页 |
| 6.3.2 大质粒接合转移效率测定 | 第98-99页 |
| 6.3.3 △topA缺失株转录本检测 | 第99页 |
| 6.4 实验结果 | 第99-103页 |
| 6.4.1 EIB202大质粒不参与毒力及竞争 | 第99-100页 |
| 6.4.2 质粒基因的转录水平分析 | 第100页 |
| 6.4.3 EsrB调控大质粒的接合转移 | 第100-103页 |
| 6.5 讨论 | 第103页 |
| 6.6 本章小结 | 第103-104页 |
| 第7章 结论与展望 | 第104-107页 |
| 7.1 主要结论 | 第104-106页 |
| 7.2 论文创新点 | 第106页 |
| 7.3 展望 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 攻读博士学位期间的论文成果 | 第119页 |
