基于时间序列的基因表达数据分析与基因调控网络建模方法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 课题背景及研究意义 | 第8-10页 |
| 1.1.1 课题背景 | 第8-9页 |
| 1.1.2 研究目的与意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-12页 |
| 1.3 本文的研究内容 | 第12-14页 |
| 第2章 基因差异表达分析 | 第14-25页 |
| 2.1 静态实验与Time-series实验 | 第14-15页 |
| 2.2 基因差异表达分析的基本原理 | 第15-18页 |
| 2.3 识别差异表达基因的过程 | 第18-24页 |
| 2.3.1 序列比对 | 第19-21页 |
| 2.3.2 计算Read的原始数量信息 | 第21-22页 |
| 2.3.3 基因差异表达分析 | 第22-24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 基因表达的时序模式分析 | 第25-39页 |
| 3.1 基因表达的时序模式 | 第25-26页 |
| 3.2 静态聚类方法 | 第26-28页 |
| 3.3 基于时间序列的聚类方法 | 第28-37页 |
| 3.3.1 基于时序轨迹相似度的方法 | 第29-31页 |
| 3.3.2 基于HMM的聚类方法 | 第31-33页 |
| 3.3.3 使用HMM模型对细菌表达数据进行聚类 | 第33-37页 |
| 3.4 本章小结 | 第37-39页 |
| 第4章 基因调控网络建模 | 第39-48页 |
| 4.1 常用的基因表达建模方法 | 第39-40页 |
| 4.2 动态贝叶斯网络的基本原理 | 第40-41页 |
| 4.3 使用动态贝叶斯网络构建基因调控网络 | 第41-46页 |
| 4.4 本章小结 | 第46-48页 |
| 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第53-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
