| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-19页 |
| 1.1 水牛遗传资源概述 | 第10-11页 |
| 1.1.1 水牛的系统分类学地位及其特征习性 | 第10-11页 |
| 1.1.2 水牛的分布 | 第11页 |
| 1.2 哺乳动物mt DNA概述 | 第11-13页 |
| 1.2.1 哺乳动物mt DNA的特点 | 第11-12页 |
| 1.2.2 哺乳动物mt DNA研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2.2.1 哺乳动物mt DNA D-loop区的研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2.2.2 哺乳动物mt DNA Cytb基因研究进展 | 第13页 |
| 1.3 全基因组测序 | 第13-14页 |
| 1.4 水牛遗传多样性研究进展 | 第14-16页 |
| 1.4.1 水牛染色体水平的遗传多样性研究 | 第14-15页 |
| 1.4.2 水牛分子水平的遗传多样性研究 | 第15-16页 |
| 1.4.2.1 水牛mt DNA遗传多样性研究 | 第15页 |
| 1.4.2.2 水牛Y染色体DNA遗传多样性研究 | 第15页 |
| 1.4.2.3 水牛的线粒体基因组测序 | 第15-16页 |
| 1.5 家养水牛的起源与驯化 | 第16-17页 |
| 1.6 研究的目的与意义 | 第17-19页 |
| 1.6.1 研究目的 | 第17页 |
| 1.6.2 研究意义 | 第17-19页 |
| 第二章 水牛mt DNA Cytb基因遗传多样性研究 | 第19-42页 |
| 2.1 材料与方法 | 第19-23页 |
| 2.1.1 样本采集与数据来源 | 第19-21页 |
| 2.1.2 试剂与仪器 | 第21页 |
| 2.1.3 试验方法 | 第21-22页 |
| 2.1.3.1 基因组DNA的提取与检测 | 第21页 |
| 2.1.3.2 引物设计、合成与稀释 | 第21页 |
| 2.1.3.3 线粒体DNA Cytb基因的扩增与测序 | 第21-22页 |
| 2.1.4 数据处理 | 第22-23页 |
| 2.1.4.1 序列校对与同源序列比对 | 第22页 |
| 2.1.4.2 MEGA5.0 软件的应用 | 第22-23页 |
| 2.1.4.3 核苷酸序列多态性分析 | 第23页 |
| 2.1.4.4 网络分析与群体结构分析 | 第23页 |
| 2.2 结果与分析 | 第23-39页 |
| 2.2.1 水牛线粒体DNA Cytb基因的PCR扩增 | 第23页 |
| 2.2.2 4 个国外水牛群体mtDNA Cytb基因遗传多样性研究 | 第23-28页 |
| 2.2.2.1 水牛mt DNA Cytb基因全序列的多态性 | 第23-25页 |
| 2.2.2.2 水牛mt DNA Cytb基因密码子使用的偏好性 | 第25页 |
| 2.2.2.3 中性检验及不配对分布分析 | 第25-26页 |
| 2.2.2.4 NJ系统发育分析 | 第26-27页 |
| 2.2.2.5 水牛网络图分析 | 第27-28页 |
| 2.2.3 中国及周边国家水牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究 | 第28-39页 |
| 2.2.3.1 水牛mt DNA Cytb基因全序列的多态性 | 第28-30页 |
| 2.2.3.2 水牛mt DNA Cytb基因的遗传多样性分析 | 第30-33页 |
| 2.2.3.3 水牛mt DNA Cytb基因密码子使用的偏好性 | 第33页 |
| 2.2.3.4 中性检验及不配对分布分析 | 第33-36页 |
| 2.2.3.5 NJ系统发育分析 | 第36-37页 |
| 2.2.3.6 水牛网络图分析 | 第37-39页 |
| 2.3 讨论 | 第39-42页 |
| 第三章 水牛全基因组遗传变异研究 | 第42-53页 |
| 3.1 材料与方法 | 第42-44页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第42页 |
| 3.1.2 数据质量控制 | 第42-43页 |
| 3.1.3 Reads比对 | 第43页 |
| 3.1.4 遗传变异的鉴定 | 第43页 |
| 3.1.5 变异的注释 | 第43页 |
| 3.1.6 水牛特异性变异的筛选 | 第43页 |
| 3.1.7 遗传变异的富集分析和保守性分析 | 第43页 |
| 3.1.8 系统发育分析 | 第43-44页 |
| 3.2 结果与分析 | 第44-50页 |
| 3.2.1 与参考基因组比对信息统计 | 第44页 |
| 3.2.2 SNP检测 | 第44-46页 |
| 3.2.3 Indel检测 | 第46-47页 |
| 3.2.4 水牛特异的非同义突变SNP的功能富集分析 | 第47-49页 |
| 3.2.5 水牛特异的Indel的功能富集分析 | 第49页 |
| 3.2.6 系统发育分析 | 第49-50页 |
| 3.3 讨论 | 第50-53页 |
| 第四章 结论与创新点 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 附录 | 第62-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 作者简介 | 第71页 |
