| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-19页 |
| 1.1 大肠杆菌简介 | 第10-11页 |
| 1.2 大肠杆菌中碳降解物阻遏的研究进展 | 第11-14页 |
| 1.2.1 碳降解物阻遏定义 | 第11页 |
| 1.2.2 碳降解物阻遏机制研究 | 第11-14页 |
| 1.3 转录组学研究进展 | 第14-16页 |
| 1.3.1 转录组学基本定义 | 第14-15页 |
| 1.3.2 转录组学研究历程 | 第15页 |
| 1.3.3 高通量测序在转录组学中的应用 | 第15-16页 |
| 1.4 代谢组学研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4.1 代谢组学定义 | 第16页 |
| 1.4.2 代谢组学研究平台 | 第16页 |
| 1.4.3 代谢组学的应用 | 第16-17页 |
| 1.5 本研究内容及研究意义 | 第17-19页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第17-18页 |
| 1.5.2 研究意义 | 第18-19页 |
| 第2章 氮源缺乏和碳源缺乏条件下转录组的研究 | 第19-67页 |
| 引言 | 第19页 |
| 2.1 材料与仪器 | 第19-21页 |
| 2.1.1 菌株 | 第19页 |
| 2.1.2 试剂 | 第19-20页 |
| 2.1.3 培养基 | 第20-21页 |
| 2.1.4 实验仪器 | 第21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-33页 |
| 2.2.1 菌体培养 | 第21-24页 |
| 2.2.2 转录组取样 | 第24-25页 |
| 2.2.3 提取RNA | 第25-26页 |
| 2.2.4 RNA样品质量检测 | 第26页 |
| 2.2.5 建立测序文库 | 第26-27页 |
| 2.2.6 测序及数据分析 | 第27-33页 |
| 2.3 结果 | 第33-64页 |
| 2.3.1 恒化器培养菌体结果 | 第33-34页 |
| 2.3.2 RNA提取结果 | 第34-36页 |
| 2.3.3 转录组数据质量控制及比对基因组 | 第36-37页 |
| 2.3.4 基因表达定量分析 | 第37-38页 |
| 2.3.5 Real-time PCR验证转录组测序准性 | 第38-41页 |
| 2.3.6 碳源缺乏和氮源缺乏转录组变化趋势分析 | 第41-46页 |
| 2.3.7 基因GO聚类分析 | 第46-54页 |
| 2.3.8 基因KEGG代谢通路分析 | 第54-61页 |
| 2.3.9 TCA循环通路分析 | 第61-63页 |
| 2.3.10 受碳降解物阻遏调控的基因 | 第63页 |
| 2.3.11 转录调节因子的变化 | 第63-64页 |
| 2.4 讨论 | 第64-65页 |
| 2.5 小结 | 第65-67页 |
| 第3章 氮源缺乏和碳源缺乏代谢组学研究 | 第67-77页 |
| 引言 | 第67页 |
| 3.1 材料与仪器 | 第67-68页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第67页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第67页 |
| 3.1.3 实验仪器 | 第67-68页 |
| 3.2 实验方法 | 第68-70页 |
| 3.2.1 菌体培养 | 第68页 |
| 3.2.2 菌体收集 | 第68页 |
| 3.2.3 样品处理 | 第68-69页 |
| 3.2.4 质控样本 | 第69页 |
| 3.2.5 检测条件 | 第69-70页 |
| 3.3 结果与分析 | 第70-75页 |
| 3.3.1 总离子流量色谱图结果 | 第70页 |
| 3.3.2 原始数据预处理 | 第70-71页 |
| 3.3.3 多元统计分析 | 第71页 |
| 3.3.4 差异代谢物的筛选 | 第71-73页 |
| 3.3.5 TCA循环中的差异代谢物分析 | 第73-75页 |
| 3.4 讨论 | 第75-76页 |
| 3.5 小结 | 第76-77页 |
| 总结 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-84页 |
| 附录 | 第84-90页 |
| 致谢 | 第90页 |