| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略词 | 第10-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-28页 |
| 1.0 模式生物拟南芥 | 第16-19页 |
| 1.1 环形RNA简介 | 第19-24页 |
| 1.1.1 环形RNA的形成机制 | 第19-22页 |
| 1.1.2 环形RNA的主要特征 | 第22页 |
| 1.1.3 环形RNA的功能 | 第22-24页 |
| 1.2 环形RNA的测序及建库方式 | 第24-25页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第25页 |
| 本章小结 | 第25-28页 |
| 第二章 数据与工具 | 第28-40页 |
| 2.1 RNA测序数据 | 第28-32页 |
| 2.1.1 高通量测序 | 第28-29页 |
| 2.1.2 RNA-seq测序简述 | 第29-30页 |
| 2.1.3 本课题RNA-seq数据来源 | 第30-32页 |
| 2.1.4 RNA-seq经典分析流程 | 第32页 |
| 2.2 原始数据质量评估 | 第32-34页 |
| 2.3 拟南芥基因组及注释文件 | 第34页 |
| 2.4 本课题涉及的生物信息学工具 | 第34-36页 |
| 2.5 常用的测序数据格式 | 第36-38页 |
| 2.6 研究技术路线 | 第38-39页 |
| 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 内含子来源环形RNA的识别与分析 | 第40-54页 |
| 3.1 计算基因表达量 | 第40页 |
| 3.2 计算内含子表达量 | 第40-44页 |
| 3.2.1 RNA-seq序列比对 | 第41-42页 |
| 3.2.2 计算intron表达量并筛选 | 第42-44页 |
| 3.3 样本基因表达分析 | 第44-47页 |
| 3.3.1 分析基因表达的离散情况 | 第44-45页 |
| 3.3.2 基因表达的主成分分析 | 第45-46页 |
| 3.3.3 基因样本聚类 | 第46-47页 |
| 3.4 样本内含子表达分析 | 第47-50页 |
| 3.4.1 分析内含子表达的离散情况 | 第47-48页 |
| 3.4.2 内含子表达的主成分分析 | 第48-49页 |
| 3.4.3 内含子样本聚类 | 第49-50页 |
| 3.5 分析样本间基因与内含子表达差异 | 第50-51页 |
| 3.5.1 基因及内含子离散程度分析 | 第50-51页 |
| 3.5.2 基因及内含子聚类差异 | 第51页 |
| 3.6 分析计算样本间内含子差异表达 | 第51页 |
| 3.7 环形RNA长度变化 | 第51-53页 |
| 本章小结 | 第53-54页 |
| 第四章 探索套索分支点 | 第54-60页 |
| 4.1 套索分支点 | 第54-55页 |
| 4.2 寻找分支点流程 | 第55页 |
| 4.3 分支点的特征 | 第55-58页 |
| 4.3.1 分支点碱基保守性 | 第56-57页 |
| 4.3.2 内含子中分支点位置分布 | 第57页 |
| 4.3.3 分支点在内含子中的分布 | 第57-58页 |
| 本章小结 | 第58-60页 |
| 第五章 结论与展望 | 第60-62页 |
| 5.1 结论 | 第60页 |
| 5.2 展望 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 附录 | 第68-69页 |
| 附录A (硕士学位期间发表论文及申请软件著作权情况) | 第68-69页 |
| 附件1 原始数据的质量评估报告 | 第69-73页 |
| 附件2 显著差异IcircRNA的RPKM表 | 第73-78页 |
| 附表3 显著差异IcircRNA信息表 | 第78-83页 |
| 附件4 相关方法步骤 | 第83-84页 |