GPU并行技术在矩阵运算及正则模式分析中的应用
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-26页 |
| ·高性能计算 | 第9-16页 |
| ·国内外发展现状 | 第9-11页 |
| ·高性能计算机的体系结构 | 第11-14页 |
| ·PVM并行程序设计 | 第14-15页 |
| ·MPI并行程序设计 | 第15-16页 |
| ·高性能计算的新突破 | 第16-23页 |
| ·GPU的发展史 | 第16-18页 |
| ·GPU的两大主流架构 | 第18-19页 |
| ·GPU的编程模型 | 第19-23页 |
| ·传统并行编程方法和GPU编程的比较 | 第23-24页 |
| ·研究的内容和意义 | 第24-25页 |
| ·本文主要内容与安排 | 第25-26页 |
| 第2章 基于GPU的矩阵求逆性能测试和分析 | 第26-36页 |
| ·GPU在科学计算中的应用 | 第26-28页 |
| ·矩阵求逆在多核CPU上并行实现方法 | 第28-30页 |
| ·矩阵求逆在GPU上的实现方法 | 第30-32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-35页 |
| ·测试指标 | 第32-33页 |
| ·CPU和GPU性能测试与对比 | 第33-35页 |
| ·本章总结 | 第35-36页 |
| 第3章 GPU加速计算正则模式分析 | 第36-55页 |
| ·背景介绍 | 第36-40页 |
| ·计算机辅助药物设计和分子动力学 | 第36-37页 |
| ·正则模式分析的现状 | 第37-38页 |
| ·正则模式分析的原理 | 第38-40页 |
| ·实现方法 | 第40-44页 |
| ·确定加速模块 | 第40-41页 |
| ·移植过程 | 第41-44页 |
| ·结果和讨论 | 第44-54页 |
| ·优化方法 | 第44-47页 |
| ·性能和加速比 | 第47-51页 |
| ·精确度分析 | 第51-52页 |
| ·全原子NMA和ENM计算结果对比 | 第52-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第4章 结束语 | 第55-57页 |
| ·总结 | 第55页 |
| ·展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 附录1 攻读学位期间发表的论文 | 第66-67页 |
| 附录2 攻读学位期间发表的会议论文 | 第67页 |
