| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 缩略词表 | 第10-17页 |
| 第1章 研究背景 | 第17-49页 |
| ·研究开发和利用能源植物是产业发展战略的需求 | 第17-19页 |
| ·发展能源植物与生物柴油产业面临的问题 | 第19页 |
| ·小桐子是具有巨大开发潜力的能源植物 | 第19-21页 |
| ·小桐子产业化存在的问题 | 第21-22页 |
| ·低温胁迫下植物生理、生化及分子调节 | 第22-44页 |
| ·植物的冷害及其机理 | 第22页 |
| ·冷害与植物的抗冷性 | 第22-35页 |
| ·膜系统与植物的抗冷性 | 第22-27页 |
| ·抗氧化系统与植物的抗冷性 | 第27-30页 |
| ·细胞内容物与植物抗冷性 | 第30-35页 |
| ·植物抗冷性的分子生物学 | 第35-44页 |
| ·植物响应低温信号转导系统 | 第35-39页 |
| ·miRNA差异表达与植物抗冷性 | 第39-40页 |
| ·小桐子基因组及抗冷相关功能基因的研究 | 第40-44页 |
| ·研究契机 | 第44-45页 |
| ·研究内容 | 第45-46页 |
| ·研究目标 | 第46页 |
| ·研究特色与创新性 | 第46页 |
| ·研究技术路线 | 第46-49页 |
| 第2章 材料与方法 | 第49-70页 |
| ·实验材料 | 第49-51页 |
| ·小桐子 | 第49页 |
| ·大肠杆菌 | 第49-50页 |
| ·酵母菌 | 第50页 |
| ·克隆载体与表达载体 | 第50-51页 |
| ·培养基 | 第51-52页 |
| ·抗生素 | 第52页 |
| ·菌种保存 | 第52-53页 |
| ·实验仪器与设备 | 第53页 |
| ·试剂与耗材 | 第53-55页 |
| ·生化与分子生物学试剂 | 第53页 |
| ·常用试剂配制 | 第53-55页 |
| ·实验方法 | 第55-68页 |
| ·基因组DNA的提取与纯化（试剂盒） | 第55-56页 |
| ·RNA的提取与纯化 | 第56-59页 |
| ·两步裂解法（用于抗冷相关基因的半定量RT-PCR实验） | 第57-58页 |
| ·试剂盒TransZol法（用于基因克隆实验） | 第58-59页 |
| ·核酸的琼脂糖凝胶电泳 | 第59页 |
| ·反转录或第一链cDNA的合成 | 第59页 |
| ·PCR反应体系 | 第59-61页 |
| ·Dream Taq DNA Plymerase反应体系及程序 | 第59-60页 |
| ·TransTaq DNA Polymerase High Fidelity (HiFi) 反应体系及程序 | 第60页 |
| ·TransStart Taq DNA Polymerase反应体系及程序 | 第60-61页 |
| ·2×EasyTaq PCR SuperMix反应体系及程序 | 第61页 |
| ·DNA琼脂糖凝胶纯化回收 | 第61-62页 |
| ·PCR产物纯化回收 | 第62页 |
| ·质粒DNA提取 | 第62-63页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第63页 |
| ·酵母菌感受态细胞的制备 | 第63-64页 |
| ·LiAc/TE法 | 第63页 |
| ·LiAc法 | 第63-64页 |
| ·克隆与大肠杆菌的转化 | 第64-66页 |
| ·TA克隆（基因克隆） | 第64-65页 |
| ·DNA的酶切反应（双酶切） | 第65-66页 |
| ·DNA的连接反应（酵母表达载体的构建） | 第66页 |
| ·酵母菌的转化与阳性验证 | 第66-68页 |
| ·LiAc/TE法 | 第66-67页 |
| ·LiAc法（Gietz法） | 第67-68页 |
| ·分子量标准 | 第68页 |
| ·主要的分析软件 | 第68-70页 |
| 第3章 低温锻炼提高小桐子抗冷性过程中转录组的解析 | 第70-91页 |
| ·研究的内容与目标 | 第70页 |
| ·实验材料与方法 | 第70-72页 |
| ·实验材料 | 第70页 |
| ·实验方法 | 第70-72页 |
| ·RNA-Seq测序文库的构建 | 第70-71页 |
| ·测序reads去噪及序列从头（de nevo）拼接 | 第71-72页 |
| ·Unigene数据的功能注释、分类及代谢途径分析 | 第72页 |
| ·高表达Unigene数据的功能鉴定 | 第72页 |
| ·抗冷相关代谢途径关键基因的表达分析 | 第72页 |
| ·简单重复序列（SSR）标记位点分析 | 第72页 |
| ·结果与分析 | 第72-86页 |
| ·测序数据处理及统计 | 第72-73页 |
| ·序列注释及蛋白编码框的识别 | 第73-76页 |
| ·功能基因注释与分类 | 第76-79页 |
| ·高表达量Unigenes的功能基因注释分析 | 第79-80页 |
| ·转录组中抗冷相关Unigene表达分析 | 第80-82页 |
| ·基于转录组的SSR分子标记分析 | 第82-86页 |
| ·讨论 | 第86-90页 |
| ·测序数据处理与提交NCBI | 第90-91页 |
| 第4章 低温锻炼提高小桐子抗冷性过程中数字基因表达谱的解析 | 第91-114页 |
| ·研究目标与内容 | 第91页 |
| ·实验材料与方法 | 第91-94页 |
| ·实验材料 | 第91页 |
| ·实验方法 | 第91-94页 |
| ·数字基因表达谱测序样品的制备及测序 | 第91-93页 |
| ·基于转录组测序数据的数字基因表达谱Tag的功能注释 | 第93页 |
| ·差异表达基因的GO功能聚类及分析 | 第93页 |
| ·小桐子抗冷相关功能基因的差异表达分析与鉴定 | 第93-94页 |
| ·结果与分析 | 第94-108页 |
| ·数字基因表达谱Tag处理与统计 | 第94-98页 |
| ·小桐子低温锻炼条件下差异表达基因的鉴定 | 第98-102页 |
| ·小桐子低温锻炼条件下差异表达基因的GO功能聚类分析 | 第102-103页 |
| ·小桐子抗冷相关代谢或信号转导途径差异表达基因的鉴定 | 第103-107页 |
| ·基于淀粉降解代谢的可溶性糖积累途径差异表达基因的鉴定 | 第103-105页 |
| ·非ABA依赖的冷信号转导途径差异表达基因的鉴定 | 第105-107页 |
| ·小桐子低温锻炼条件下新表达基因的鉴定 | 第107-108页 |
| ·讨论 | 第108-114页 |
| 第5章 低温锻炼中小桐子关键功能基因的时空表达分析 | 第114-133页 |
| ·研究的目标与内容 | 第114页 |
| ·实验材料与方法 | 第114-118页 |
| ·实验材料 | 第114页 |
| ·实验方法 | 第114-118页 |
| ·总RNA的提取、纯化和定量检测 | 第114页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第114页 |
| ·引物设计 | 第114-117页 |
| ·引物测试 | 第117页 |
| ·RT-PCR检测 | 第117-118页 |
| ·基因表达模式的聚类分析 | 第118页 |
| ·结果与分析 | 第118-128页 |
| ·总RNA的提取及质量分析 | 第118-120页 |
| ·小桐子抗冷相关基因在不同器官中的表达特性 | 第120页 |
| ·冷锻炼条件下抗冷相关基因的RT-PCR分析 | 第120-126页 |
| ·抗冷相关基因的表达模式聚类分析 | 第126-128页 |
| ·讨论 | 第128-133页 |
| 第6章 GS3与nsLTPA基因的克隆及酵母功能验证 | 第133-154页 |
| ·研究的内容与目标 | 第133页 |
| ·材料与方法 | 第133-135页 |
| ·实验材料 | 第133页 |
| ·实验方法 | 第133-135页 |
| ·RNA的提取、纯化及定量检测 | 第133页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第133页 |
| ·Jc GS3与JcnsLTPA基因全长cDNA的克隆 | 第133-134页 |
| ·酵母表达载体的构建、转化 | 第134-135页 |
| ·重组酵母菌抗冷性功能验证 | 第135页 |
| ·结果与分析 | 第135-149页 |
| ·JcGS3与JcnsLTPA基因全长cDNA的克隆 | 第135-137页 |
| ·GS3与nsLTPA的生物信息学分析 | 第137-146页 |
| ·Jc GS3与JcnsLTPA基因信息及结构 | 第137-140页 |
| ·JcGS3与JcnsLTPA氨基酸序列功能元件鉴定 | 第140-143页 |
| ·JcGS3与JcnsLTPA的进化分析 | 第143-145页 |
| ·JcGS3与JcnsLTPA高级结构鉴定及分析 | 第145-146页 |
| ·酵母表达载体构建与转化及抗冷性评价 | 第146-149页 |
| ·酵母表达载体构建及转化 | 第146-148页 |
| ·转基因酵母的抗冷性评价 | 第148-149页 |
| ·讨论 | 第149-154页 |
| ·JcGS3基因 | 第149-151页 |
| ·JcnsLTPA基因 | 第151-154页 |
| 第7章 CHS与GA20ox基因的克隆及酵母功能验证 | 第154-173页 |
| ·研究的内容与目标 | 第154页 |
| ·材料与方法 | 第154-156页 |
| ·实验材料 | 第154页 |
| ·实验方法 | 第154-156页 |
| ·RNA的提取、纯化及定量检测 | 第154页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第154页 |
| ·Jc CHS与JcGA20ox基因全长cDNA的克隆 | 第154-155页 |
| ·Jc CHS酵母表达载体的构建、转化 | 第155页 |
| ·Jc CHS重组酵母菌抗冷性功能验证 | 第155-156页 |
| ·结果与分析 | 第156-169页 |
| ·JcCHS与JcGA20ox基因全长c DNA的克隆 | 第156-157页 |
| ·JcCHS与JcGA20ox的生物信息学分析 | 第157-167页 |
| ·Jc CHS与JcGA20ox基因的初步分析 | 第157-159页 |
| ·JcCHS与Jc GA20ox氨基酸序列功能元件鉴定 | 第159-164页 |
| ·JcCHS与Jc GA20ox系统进化分析 | 第164-166页 |
| ·JcCHS与Jc GA20ox的高级结构鉴定及分析 | 第166-167页 |
| ·JcCHS酵母表达载体构建、转化及抗冷性评价 | 第167-169页 |
| ·Jc CHS酵母表达载体构建及转化 | 第167-168页 |
| ·Jc CHS重组酵母的抗冷性评价 | 第168-169页 |
| ·讨论 | 第169-173页 |
| ·JcCHS基因 | 第169-171页 |
| ·JcGA20ox基因 | 第171-173页 |
| 第8章 PDI与MSRA基因的克隆及酵母功能验证 | 第173-194页 |
| ·研究的内容与目标 | 第173页 |
| ·材料与方法 | 第173-175页 |
| ·实验材料 | 第173页 |
| ·实验方法 | 第173-175页 |
| ·RNA的提取、纯化及定量检测 | 第173页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第173页 |
| ·Jc PDI与Jc MSRA基因全长cDNA的克隆 | 第173-174页 |
| ·Jc PDI酵母表达载体的构建、转化 | 第174页 |
| ·Jc PDI重组酵母菌抗冷性功能验证 | 第174-175页 |
| ·结果与分析 | 第175-189页 |
| ·JcPDI与JcMSRA基因全长c DNA的克隆 | 第175-176页 |
| ·JcPDI与JcMSRA的生物信息学分析 | 第176-187页 |
| ·JcPDI与Jc MSRA的初步分析 | 第176-180页 |
| ·JcPDI与Jc MSRA氨基酸序列功能元件鉴定 | 第180-183页 |
| ·JcPDI与Jc MSRA系统进化分析 | 第183-185页 |
| ·JcPDI与Jc MSRA高级结构鉴定及分析 | 第185-187页 |
| ·JcPDI酵母表达载体构建、转化及抗冷性评价 | 第187-189页 |
| ·Jc PDI酵母表达载体构建及转化 | 第187-188页 |
| ·Jc PDI重组酵母的抗冷性评价 | 第188-189页 |
| ·讨论 | 第189-194页 |
| ·JcPDI基因 | 第189-191页 |
| ·JcMSR基因 | 第191-194页 |
| 第9章 CBF1与CBF2基因的克隆及表达载体的构建 | 第194-206页 |
| ·研究的内容与目标 | 第194页 |
| ·材料与方法 | 第194-195页 |
| ·实验材料 | 第194页 |
| ·实验方法 | 第194-195页 |
| ·RNA的提取、纯化及定量检测 | 第194页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第194页 |
| ·Jc CBF1与JcCBF2基因全长cDNA的克隆 | 第194-195页 |
| ·Jc CBF1与JcCBF2酵母菌表达载体的构建 | 第195页 |
| ·结果与分析 | 第195-204页 |
| ·JcCBF1与JcCBF2基因全长cDNA的克隆 | 第195-196页 |
| ·JcCBF1与JcCBF2的生物信息学分析 | 第196-202页 |
| ·Jc CBF1与JcCBF2的初步分析 | 第196-198页 |
| ·JcCBF1与JcCBF2功能元件及结构域鉴定 | 第198-202页 |
| ·JcCBF1与JcCBF2酵母菌表达载体的构建 | 第202-204页 |
| ·讨论 | 第204-206页 |
| 第10章 研究结论与展望 | 第206-211页 |
| ·研究结论 | 第206-210页 |
| ·研究展望 | 第210-211页 |
| 参考文献 | 第211-229页 |
| 致谢 | 第229-230页 |
| 课题资助及论文发表情况 | 第230-231页 |
