| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-42页 |
| 第一节 转录组、转录组学及研究方法 | 第17-21页 |
| 1 转录组与转录组学 | 第17页 |
| 2 转录组研究的重要意义 | 第17-18页 |
| 3 转录组研究的主要技术 | 第18-21页 |
| ·DNA 微阵列或基因芯片（Gene chips）技术 | 第18-19页 |
| ·SAGE 和 MPSS 技术 | 第19页 |
| ·新一代高通量测序技术 | 第19-21页 |
| 第二节 新一代测序技术的发展及在贝类转录组分析中的应用 | 第21-33页 |
| 1 第一代测序技术的局限与新一代高通量测序的优势 | 第21-22页 |
| ·第一代测序技术的局限 | 第21页 |
| ·新一代高通量测序技术的特点和优势 | 第21-22页 |
| 2 新一代高通量测序技术 | 第22-29页 |
| ·Roche 454 焦磷酸测序技术 | 第22-25页 |
| ·测序原理 | 第23-24页 |
| ·454 测序的工作流程 | 第24-25页 |
| ·454 测序技术的优势和限制 | 第25页 |
| ·技术优势 | 第25页 |
| ·不足和限制 | 第25页 |
| ·Illumina/Solexa 测序技术 | 第25-27页 |
| ·测序原理 | 第26页 |
| ·工作流程 | 第26-27页 |
| ·技术优势和局限性 | 第27页 |
| ·技术优势 | 第27页 |
| ·技术局限性 | 第27页 |
| ·SOLiD 测序技术 | 第27-29页 |
| ·测序原理 | 第28页 |
| ·工作流程 | 第28页 |
| ·技术优势和局限性 | 第28-29页 |
| ·技术优势 | 第28-29页 |
| ·技术不足和局限性 | 第29页 |
| 3 转录组测序的用途及在生物学和农业中的应用 | 第29-31页 |
| ·转录组测序的主要用途 | 第29-31页 |
| ·从头测序（De novo sequencing） | 第29-30页 |
| ·重测序（Resequencing） | 第30页 |
| ·全转录组测序（Whole transcriptome sequencing） | 第30页 |
| ·小分子 RNA 测序（small RNA sequencing） | 第30页 |
| ·染色质免疫共沉淀测序 | 第30-31页 |
| 4 贝类转录组分析的研究进展 | 第31-33页 |
| 第三节 贝类生长相关基因的研究进展 | 第33-40页 |
| 1 功能基因的研究方法 | 第33-35页 |
| ·表达序列标签技术(EST) | 第33页 |
| ·基因芯片技术 | 第33-34页 |
| ·转基因技术(Transgenic technology) | 第34页 |
| ·基因打靶 (Gene targeting) 技术 | 第34页 |
| ·遗传连锁图谱构建(Genetic linkage map) | 第34-35页 |
| ·RNA 干涉(RNA interference, RNAi)技术 | 第35页 |
| 2 调控生长发育的重要基因及信号分子的研究进展 | 第35-38页 |
| ·TGF-β信号通路基因对肌肉生长的调控研究 | 第35-37页 |
| ·IGF 和 EGF 对机体生长发育的调控作用 | 第37-38页 |
| ·MAPK 信号通路基因与细胞生长 | 第38页 |
| 3 贝类生长相关基因的研究进展 | 第38-40页 |
| 第四节 本研究的目的和意义 | 第40-42页 |
| 1 泥蚶分子生物学的研究进展 | 第40-41页 |
| 2 本研究的目的和意义 | 第41-42页 |
| 第二章 基于 454 GS FLX 高通量测序的泥蚶转录组分析 | 第42-67页 |
| 1 材料与方法 | 第42-49页 |
| ·实验材料 | 第42-43页 |
| ·主要试剂与仪器 | 第43-44页 |
| ·所用接头及引物序列 | 第44页 |
| ·RNA 的提取和质量检测 | 第44-45页 |
| ·454 转录组文库的构建与测序 | 第45-48页 |
| ·cDNA 的合成和扩增 | 第45-46页 |
| ·cDNA 产物的超声波打断与纯化回收 | 第46-47页 |
| ·连接接头及产物的纯化 | 第47页 |
| ·连接产物的检测、批量扩增及纯化 | 第47-48页 |
| ·样品准备与高通量测序 | 第48页 |
| ·数据处理 | 第48-49页 |
| ·序列拼接 | 第48页 |
| ·功能注释、基因分类和代谢途径分析 | 第48-49页 |
| ·SSR 和 SNP 查找和分析 | 第49页 |
| 2 结果与分析 | 第49-63页 |
| ·高质量 RNA 的提取和 454 转录组文库的高效构建 | 第49-51页 |
| ·EST 序列分析和拼接组装 | 第51-53页 |
| ·序列功能注释与功能分类 | 第53-56页 |
| ·生长相关的功能基因 | 第56-60页 |
| ·血红蛋白合成的相关基因 | 第60-62页 |
| ·SSR 和 SNP 标记的鉴定 | 第62-63页 |
| 3 讨论 | 第63-67页 |
| ·泥蚶转录组文库的构建及与其它贝类转录组的比较 | 第63-64页 |
| ·泥蚶生长相关基因的大量发掘与分析 | 第64-65页 |
| ·泥蚶血红蛋白的相关基因及蚶科贝类血红蛋白的研究进展 | 第65-67页 |
| 第三章 利用泥蚶转录组序列开发微卫星标记 | 第67-81页 |
| 1 材料与方法 | 第67-69页 |
| ·实验材料 | 第67-68页 |
| ·泥蚶材料 | 第67-68页 |
| ·主要仪器 | 第68页 |
| ·主要试剂 | 第68页 |
| ·引物序列 | 第68页 |
| ·实验方法 | 第68-69页 |
| ·基因组 DNA 的提取与检测 | 第68页 |
| ·微卫星序列的查找和分析 | 第68页 |
| ·微卫星引物的筛选与优化 | 第68-69页 |
| ·奉化野生群体的 SSR 标记的多态性分析 | 第69页 |
| ·泥蚶多态性微卫星标记引物在毛蚶中的扩增与分析 | 第69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-77页 |
| ·泥蚶转录组中 SSR 标记的鉴定 | 第69-70页 |
| ·泥蚶微卫星位点的初步筛选 | 第70-77页 |
| ·泥蚶 SSR 位点的主要遗传参数评价 | 第77页 |
| ·泥蚶多态性 SSR 标记引物在毛蚶中的通用性研究 | 第77页 |
| 3 讨论 | 第77-81页 |
| ·利用 454 高通量测序技术开发微卫星标记 | 第77-78页 |
| ·EST 文库中 SSR 位点的重复类型及多态性分析 | 第78-79页 |
| ·泥蚶 EST-SSR 的通用性研究 | 第79-81页 |
| 第四章 泥蚶生长调控基因的克隆和表达分析 | 第81-136页 |
| 第一节 泥蚶 Smad3 基因的克隆与表达分析 | 第81-104页 |
| 1 材料与方法 | 第82-91页 |
| ·实验材料 | 第82-83页 |
| ·泥蚶材料 | 第82页 |
| ·主要试剂 | 第82-83页 |
| ·引物序列 | 第83页 |
| ·实验方法 | 第83-91页 |
| ·Smad3 基因 cDNA 全长的克隆 | 第83-87页 |
| ·总 RNA 的制备 | 第83页 |
| ·cDNA 第一链合成 | 第83-84页 |
| ·cDNA 末端快速扩增 | 第84-85页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第85页 |
| ·PCR 产物的克隆 | 第85-87页 |
| ·Smad3 基因全长 cDNA 序列的验证 | 第87页 |
| ·Smad3 基因组织及胚胎发育时期表达差异性 | 第87-90页 |
| ·RNA 提取与反转录 | 第87-88页 |
| ·荧光定量 PCR 条件的优化 | 第88-89页 |
| ·qRT-PCR | 第89页 |
| ·荧光定量数据处理 | 第89-90页 |
| ·泥蚶 Smad3 基因序列的生物信息学分析 | 第90-91页 |
| 2 结果与分析 | 第91-102页 |
| ·泥蚶总 RNA 提取结果 | 第91页 |
| ·泥蚶 Smad3 基因的克隆 | 第91-92页 |
| ·泥蚶 Smad3基因的 cDNA 全长序列分析 | 第92-93页 |
| ·泥蚶 Smad3基因编码蛋白的生物信息学分析 | 第93-97页 |
| ·氨基酸序列分析 | 第93-94页 |
| ·蛋白质信号肽预测 | 第94页 |
| ·Smad3蛋白跨膜区域预测 | 第94-95页 |
| ·Smad3蛋白的疏水性分析 | 第95-96页 |
| ·Smad3蛋白功能域分析 | 第96页 |
| ·Smad3蛋白的高级结构预测 | 第96-97页 |
| ·Smad3基因与其它物种的同源比对及系统进化树分析 | 第97-100页 |
| ·泥蚶不同组织 Smad3基因的荧光定量表达 | 第100页 |
| ·泥蚶不同发育阶段 Smad3基因的表达差异分析 | 第100-102页 |
| 3 讨论 | 第102-104页 |
| ·泥蚶 Smad3蛋白序列保守性分析 | 第102-103页 |
| ·泥蚶 Smad3基因不同组织和发育时期表达差异性分析 | 第103-104页 |
| 第二节 泥蚶 BMP7 基因的克隆与表达分析 | 第104-116页 |
| 1 材料与方法 | 第105页 |
| 2 结果与分析 | 第105-113页 |
| ·泥蚶 BMP7基因 cDNA 全长的克隆结果 | 第105-107页 |
| ·泥蚶 BMP7基因编码蛋白的生物信息学分析 | 第107-110页 |
| ·BMP7氨基酸组成及疏水性分析 | 第107页 |
| ·BMP7基因编码的蛋白信号肽与跨膜区域分析 | 第107页 |
| ·BMP7基因编码蛋白结构域与功能域分析 | 第107-109页 |
| ·BMP7基因编码蛋白的高级结构预测 | 第109-110页 |
| ·BMP7基因编码蛋白与其它物种的氨基酸序列比对及系统进化树分析 | 第110-111页 |
| ·BMP7基因在泥蚶不同组织及不同发育阶段表达的差异性 | 第111-113页 |
| 3 讨论 | 第113-116页 |
| ·泥蚶 BMP7氨基酸序列及蛋白功能位点分析 | 第113-115页 |
| ·泥蚶 BMP7基因的组织及发育时期表达差异性 | 第115页 |
| ·贝类 BMP7蛋白功能初探 | 第115-116页 |
| 第三节 泥蚶 ERK2 基因的克隆与表达分析 | 第116-126页 |
| 1 材料与方法 | 第117页 |
| 2 结果与分析 | 第117-123页 |
| ·泥蚶 ERK2 基因 cDNA 全长的克隆结果 | 第117-118页 |
| ·泥蚶 ERK2 基因编码蛋白的序列分析 | 第118页 |
| ·ERK2 基因编码蛋白的功能域与结构域预测 | 第118-120页 |
| ·结构域与功能域预测 | 第118-120页 |
| ·高级结构预测 | 第120页 |
| ·ERK2 基因编码蛋白与其它物种的氨基酸序列比对及系统进化树分析 | 第120-122页 |
| ·ERK2 基因在泥蚶不同组织及不同发育阶段表达的差异性 | 第122-123页 |
| 3 讨论 | 第123-126页 |
| ·泥蚶 ERK2 基因编码的氨基酸序列保守性分析 | 第123-124页 |
| ·泥蚶 ERK2 基因组织及发育时期表达差异性分析 | 第124-126页 |
| 第四节 泥蚶 GRB2 基因的克隆与表达分析 | 第126-136页 |
| 1 材料与方法 | 第127页 |
| 2 结果与分析 | 第127-133页 |
| ·泥蚶 GRB2 基因 cDNA 全长的克隆结果 | 第127-128页 |
| ·GRB2 蛋白序列的序列分析 | 第128页 |
| ·GRB2 蛋白的功能域与结构域预测 | 第128-129页 |
| ·蛋白质高级结构预测 | 第129-130页 |
| ·GRB2 基因编码蛋白与其它物种的氨基酸序列比对及系统进化树分析 | 第130-132页 |
| ·GRB2 基因在泥蚶不同组织及不同发育阶段表达的差异性 | 第132-133页 |
| 3 讨论 | 第133-136页 |
| ·泥蚶 GRB2 基因编码的氨基酸序列保守性分析 | 第133-134页 |
| ·泥蚶 GRB2 基因组织及发育时期的表达差异性分析 | 第134-136页 |
| 第五章 泥蚶 LAP3 基因的克隆与表达分析 | 第136-146页 |
| 1 材料与方法 | 第136-137页 |
| 2 结果与分析 | 第137-144页 |
| ·泥蚶 LAP3 基因 cDNA 全长的克隆结果 | 第137-138页 |
| ·泥蚶 LAP3 蛋白序列分析 | 第138-140页 |
| ·氨基酸序列分析 | 第138页 |
| ·LAP3 蛋白的二级结构及三级结构预测 | 第138-140页 |
| ·LAP3 蛋白与其它物种的氨基酸序列比对及系统进化树分析 | 第140-143页 |
| ·LAP3 在泥蚶不同组织及不同发育阶段表达的差异性 | 第143-144页 |
| 3 讨论 | 第144-146页 |
| ·LAP3 基因及氨基酸序列特征 | 第144页 |
| ·泥蚶 LAP3 组织及发育阶段差异性表达分析及功能探讨 | 第144-146页 |
| 参考文献 | 第146-157页 |
| 攻读博士学位期间完成的论文、申请的专利和获得的项目 | 第157-160页 |
| 一、 完成的研究论文 | 第157-158页 |
| 二、 申请的发明专利 | 第158页 |
| 三、 在研和完成的科研项目 | 第158-160页 |
| 致谢 | 第160页 |
