| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-42页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| ·人体肠道菌群的结构与功能 | 第11-18页 |
| ·人体肠道微生物概述 | 第11-12页 |
| ·人体肠道菌群的主要结构组成 | 第12-14页 |
| ·厚壁菌门 （Firmicutes） | 第12-13页 |
| ·拟杆菌门 （Bacteroidetes） | 第13页 |
| ·变形菌门 （Proteobacteria） | 第13-14页 |
| ·放线菌门 （Actinobacteria） | 第14页 |
| ·人体肠道微生物的主要功能 | 第14-15页 |
| ·食物消化及营养代谢 | 第14页 |
| ·促进上皮细胞的生长与分化 | 第14-15页 |
| ·调节宿主的免疫功能 | 第15页 |
| ·肠屏障保护作用 | 第15页 |
| ·影响肠道菌群结构的因素 | 第15-18页 |
| ·宿主遗传因素 | 第16页 |
| ·免疫系统 | 第16-17页 |
| ·营养因素 | 第17页 |
| ·其他因素 | 第17-18页 |
| ·肠道菌群与疾病 | 第18-22页 |
| ·肠道菌群与肝脏疾病 | 第18-20页 |
| ·肠道菌群与其他疾病 | 第20-22页 |
| ·肠道菌群与炎症性肠病 （Inflammatory Bowel Disease，IBD） | 第20-21页 |
| ·肠道菌群与结肠癌 （colon cancer） | 第21页 |
| ·肠道菌群与代谢综合征 （Metabolic Syndrome, MS） | 第21-22页 |
| ·研究微生物群落组成结构的分子生物学技术 | 第22-25页 |
| ·变性/温度梯度凝胶电泳技术 （DGGE/TGGE） | 第23页 |
| ·克隆文库分析法 （clone library） | 第23-24页 |
| ·454 测序技术 （454 pyrosequencing） | 第24-25页 |
| ·多变量统计学方法 | 第25-29页 |
| ·主成分分析 （Principal Component Analysis, PCA） | 第26-27页 |
| ·聚类分析 （Cluster Analysis） | 第27页 |
| ·最小二乘法 （Partial Least Square, PLS） | 第27-28页 |
| ·UniFrac 分析 | 第28-29页 |
| ·支持向量机 （Support Vector Machines, SVM） | 第29页 |
| ·论文结构介绍 | 第29-31页 |
| ·参考文献 | 第31-42页 |
| 第二章 利用454 测序技术对慢性乙型肝炎患者肠道菌群结构的研究 | 第42-91页 |
| 摘要 | 第42-43页 |
| ABSTRACT | 第43-44页 |
| 引言 | 第44-45页 |
| ·材料与方法 | 第45-58页 |
| ·人群信息及招募方案 | 第45-48页 |
| ·CHB 组排除纳入标准 | 第45-46页 |
| ·健康对照排除纳入标准 | 第46-48页 |
| ·CHB 患者生物样本采集 | 第48-49页 |
| ·血样采集 | 第48页 |
| ·尿液采集 | 第48-49页 |
| ·粪便采集 | 第49页 |
| ·对大规模粪便样品细菌总基因组DNA 的提取 | 第49页 |
| ·CHB 粪便DNA 的165 rRNA 基因V3 区bar coded 454 测序 | 第49-51页 |
| ·454 序列的处理及系统发育分析 | 第51-55页 |
| ·454 序列的质控 （quality control）、整理 （trimming） 及归并 （binning） | 第51-52页 |
| ·序列比对 | 第52-53页 |
| ·计算距离矩阵 | 第53页 |
| ·划分操作分类单元 （Operation Taxonomy Unit，OTU） | 第53-54页 |
| ·多样性分析 | 第54-55页 |
| ·系统进化树的建立 | 第55页 |
| ·分析分类地位 | 第55页 |
| ·肠道菌群测序数据的统计分析 | 第55-58页 |
| ·数据预处理 | 第55-56页 |
| ·人体肠道菌群结构的多变量统计学分析 | 第56-58页 |
| ·实验结果 | 第58-69页 |
| ·CHB 对肠道菌群多态性的影响 | 第58页 |
| ·CHB 与健康对照肠道菌群结构的整体比较 | 第58-63页 |
| ·主成份分析 | 第58-61页 |
| ·Unifrac 分析 | 第61-63页 |
| ·使用肠道菌群对CHB 及健康对照建立分类模型 | 第63-64页 |
| ·使用PLS-DA 建立分类模型评估模型 | 第63-64页 |
| ·使用SVM 法建立分类模型 | 第64页 |
| ·人群肠道菌群多样性组成的系统发育分析 | 第64-68页 |
| ·鉴定健康状况相关的特定细菌类群 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| ·参考文献 | 第73-79页 |
| 附表1 CHB 患者及健康对照其肠道菌群454 测序信息 | 第79-91页 |
| 附章 造血干细胞移植术对肠道菌群结构的影响 | 第91-103页 |
| 引言 | 第91-92页 |
| ·材料与方法 | 第92-95页 |
| ·患者资料及采集方案 | 第92页 |
| ·抗生素治疗方案 | 第92-93页 |
| ·粪便样品细菌总基因组DNA 提取 | 第93页 |
| ·HSCT 患者粪便DNA 的165 rRNA 基因V3 区Bar-coded 454 测序 | 第93-94页 |
| ·454 序列的处理及系统发育分析及肠道菌群测序数据的统计分析 | 第94-95页 |
| ·实验结果 | 第95-100页 |
| ·测序质量评估 | 第95-96页 |
| ·HSCT 期间肠道菌群多样性改变 | 第96页 |
| ·肠道菌群整体结构及分类地位分析 | 第96-100页 |
| ·讨论 | 第100-101页 |
| ·本章小结 | 第101-102页 |
| ·参考文献 | 第102-103页 |
| 附录1 缩写及全称 | 第103-104页 |
| 附录2 仪器设备 | 第104-105页 |
| 研究生阶段已 （待） 发表的论文及参加的科研课题 | 第105-106页 |
| 已 （待）发表的论文 | 第105页 |
| 参加的科研课题 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-109页 |
