朴素贝叶斯分类器预测拟南芥蛋白质相互作用及蛋白质功能注释
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 1 绪论 | 第7-15页 |
| ·拟南芥简介 | 第7-9页 |
| ·拟南芥的生物学特征 | 第7页 |
| ·拟南芥成为模式种的由来 | 第7-8页 |
| ·拟南芥后基因组研究的发展趋势 | 第8-9页 |
| ·预测蛋白质相互作用方法的研究进展 | 第9-13页 |
| ·进化保守性预测法 | 第9-10页 |
| ·全基因组表达谱芯片数据 | 第10-11页 |
| ·功能结构域 | 第11页 |
| ·通过最小生物学功能预测法 | 第11页 |
| ·全基因组基因融合法 | 第11-12页 |
| ·系统进化谱方法 | 第12页 |
| ·全基因组基因邻近法 | 第12-13页 |
| ·蛋白质相互作用方法整合的研究进展 | 第13页 |
| ·朴素贝叶斯分类法 | 第13页 |
| ·支持向量机 | 第13页 |
| ·研究目的意义 | 第13-15页 |
| 2 拟南芥蛋白质相互作用网络的数据基础 | 第15-23页 |
| ·蛋白质序列信息 | 第15-16页 |
| ·基因芯片来源 | 第16-17页 |
| ·蛋白质ID及名称转换 | 第17-18页 |
| ·相互作用数据信息来源 | 第18-19页 |
| ·构建黄金标准时使用的阳性集合 | 第18-19页 |
| ·构建黄金标准时使用的阴性集合 | 第19页 |
| ·构建直系同源时使用的其他物种相互作用信息 | 第19页 |
| ·拟南芥蛋白质结构信息来源 | 第19页 |
| ·蛋白质直系同源数据来源 | 第19-20页 |
| ·拟南芥蛋白质注释信息来源 | 第20-22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 3 拟南芥蛋白质相互作用预测 | 第23-43页 |
| ·阳性集合与阴性集合的构建 | 第23-28页 |
| ·阳性集合(GSP)的构建 | 第23-27页 |
| ·阴性集合(GSN)的构建 | 第27-28页 |
| ·直系同源预测 | 第28-30页 |
| ·原理 | 第28页 |
| ·过程 | 第28-30页 |
| ·结果 | 第30页 |
| ·结构功能域预测 | 第30-32页 |
| ·原理 | 第30-31页 |
| ·过程 | 第31页 |
| ·结果 | 第31-32页 |
| ·最小共享生物途径预测 | 第32-35页 |
| ·原理 | 第32页 |
| ·过程 | 第32-35页 |
| ·结果 | 第35页 |
| ·基因芯片预测 | 第35-40页 |
| ·原理 | 第35页 |
| ·过程 | 第35-36页 |
| ·结果 | 第36-40页 |
| ·基因融合预测、系统进化谱、基因邻近 | 第40-42页 |
| ·原理 | 第40页 |
| ·过程 | 第40-41页 |
| ·结果 | 第41-42页 |
| ·本章小结 | 第42-43页 |
| 4 蛋白质相互作用网络的整合及蛋白质功能预测 | 第43-56页 |
| ·研究内容 | 第43-44页 |
| ·朴素贝叶斯方法整合理论 | 第44-46页 |
| ·各种方法独立性研究 | 第46-47页 |
| ·拟南芥蛋白质功能预测 | 第47-52页 |
| ·蛋白质功能预测的方法 | 第47-48页 |
| ·拟南芥蛋白质功能的预测 | 第48-52页 |
| ·拟南芥蛋白质相互作用数据库 | 第52-55页 |
| ·本章小结 | 第55-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
