| 中文摘要 | 第1-3页 |
| ABSTRACT | 第3-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-20页 |
| ·生物信息学发展背景 | 第7-9页 |
| ·生命科学研究的新趋势 | 第9-11页 |
| ·生物信息学及其主要研究内容 | 第11-13页 |
| ·生物进化和系统分类 | 第13-15页 |
| ·原核生物及真核生物基因组 | 第15-16页 |
| ·论文的主要工作 | 第16-20页 |
| 第二章 DNA 序列分段新算法 | 第20-39页 |
| ·引言 | 第21页 |
| ·DNA 序列分段新算法 | 第21-24页 |
| ·与信息熵算法的比较 | 第24-28页 |
| ·新算法的应用实例 | 第28-38页 |
| ·真核生物Isochore 边界的识别 | 第29-33页 |
| ·CpG 岛的识别 | 第33-35页 |
| ·细菌和古细菌复制起始/终止位点识别 | 第35-37页 |
| ·编码—非编码区边界识别 | 第37-38页 |
| ·结论 | 第38-39页 |
| 第三章 红原鸡基因组Isochore 结构研究 | 第39-58页 |
| ·引言 | 第40-41页 |
| ·材料与方法 | 第41-44页 |
| ·DNA 序列分段的新算法 | 第41-43页 |
| ·累积GC 轮廓图 | 第43-44页 |
| ·结果与讨论 | 第44-56页 |
| ·红原鸡基因组的Isochore 图谱 | 第44-51页 |
| ·所识别Isochore 的生物学意义 | 第51-56页 |
| ·与其他分段算法的比较 | 第56页 |
| ·结论 | 第56-58页 |
| 第四章 网上服务系统GC-Profile 的建立 | 第58-70页 |
| ·引言 | 第59页 |
| ·方法 | 第59-61页 |
| ·DNA 序列分段的新算法 | 第59-60页 |
| ·累积GC 轮廓图 | 第60-61页 |
| ·网上服务的实现 | 第61页 |
| ·网上服务的输入/输出选项 | 第61-63页 |
| ·输入选项 | 第61-63页 |
| ·输出选项 | 第63页 |
| ·GC-Profile 在DNA 序列分析中的应用 | 第63-68页 |
| ·真核基因组Isochore 结构的可视化 | 第63-66页 |
| ·识别原核基因组中的基因组岛 | 第66-68页 |
| ·结论 | 第68-70页 |
| 第五章 Z 曲线方法在人类基因短编码序列识别的应用 | 第70-91页 |
| ·引言 | 第71-74页 |
| ·内容识别 | 第72-73页 |
| ·信号搜索 | 第73-74页 |
| ·材料与方法 | 第74-80页 |
| ·数据库 | 第74-75页 |
| ·Z 曲线参数 | 第75-79页 |
| ·Fisher 判别法 | 第79-80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-89页 |
| ·不同参数Z 曲线方法的性能 | 第80-81页 |
| ·与马尔科夫模型等算法的比较 | 第81-86页 |
| ·Z 曲线方法与其他算法的相关性 | 第86-88页 |
| ·Z 曲线方法在人类基因外显子识别中的应用 | 第88-89页 |
| ·结论 | 第89-91页 |
| 总结论 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-104页 |
| 发表论文及参加科研情况说明 | 第104-106页 |
| 附录 I 核苷酸代码 | 第106-107页 |
| 附录 II DNA 碱基结构及碱基配对 | 第107-108页 |
| 附录 III 遗传密码表 | 第108-109页 |
| 附录 IV 依据第二版《伯杰氏系统细菌学手册》的原核生物分类 | 第109-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
