| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 英文摘要 | 第9-12页 |
| 缩略语 | 第12-13页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 一、核酶RNase P RNA的研究的科学意义 | 第13-14页 |
| 二、核酶RNase P RNA的研究的现状 | 第14页 |
| 三、目前研究的总体趋势与本论文选题的内容及目的意义 | 第14-15页 |
| 第一部分 基于核酶RNase P RNA研究的发现与发展 | 第15-37页 |
| 一、核酶的发现 | 第15页 |
| 二、核酶RNase P RNA的结构 | 第15-23页 |
| ·RNase P RNA的结构预测方法 | 第15-18页 |
| ·RNase P RNA的二级结构 | 第18-20页 |
| ·RNase P RNA分子的整体结构 | 第20-22页 |
| ·目前核酶RNase P RNA的二级结构算法的意义与局限 | 第22-23页 |
| 三、核酶RNase P RNA作为一个分子标记的发展历史 | 第23-29页 |
| ·分子标记与生物分类 | 第23-24页 |
| ·目前的几种作为系统分析依据的基础进化理论 | 第24-28页 |
| ·Woese的三域进化理论 | 第24-25页 |
| ·分子钟理论与分子异速进化 | 第25-27页 |
| ·分子进化机制与生物多样性 | 第27-28页 |
| ·涉及到生命起源的分子标记 | 第28页 |
| ·核酶RNase P RNA作为一个分子标记的进展 | 第28-29页 |
| 四、RNase P RNA分子系统分析中存在的问题 | 第29-37页 |
| ·RNase P RNA二级结构比较研究的困境 | 第29-30页 |
| ·分子系统分析中的难题 | 第30页 |
| ·广泛存在的基因横向交流干扰了分子进化理论 | 第30-31页 |
| ·没有进化方向的分子生物学理论 | 第31-34页 |
| ·分子进化的中性学说 | 第31-32页 |
| ·分子进化和表型进化 | 第32页 |
| ·分子进化中系统生物学的问题 | 第32-33页 |
| ·分子进化理论与生物多样性的冲突 | 第33页 |
| ·微观进化与宏观进化 | 第33页 |
| ·分子进化的结构性选择 | 第33-34页 |
| ·生命树的构建到被连根拨起 | 第34-36页 |
| ·研究对象的错位 | 第36-37页 |
| 第二部分 核酶RNase P RNA的系统分析 | 第37-67页 |
| 一、基于RNase P RNA的生物信息学分析的理论基础 | 第37-42页 |
| ·一个意义重大的RNA分子标记 | 第37页 |
| ·RNase P RNA分子的结构适合于进行系统分析 | 第37-38页 |
| ·RNase P RNA分子序列的同源 | 第38-41页 |
| ·RNA分子的同源与进化 | 第39-40页 |
| ·比较分析方法的应用 | 第40-41页 |
| ·重建通用的核酶RNase P RNA生命树 | 第41-42页 |
| 二、基于核酶RNase P RNA的系统分析的材料与方法 | 第42-56页 |
| ·核酶RNase P RNA序列的收集 | 第42-43页 |
| ·核酶RNase P RNArnpB的组分直方图与信息熵的统计比较分析 | 第43-44页 |
| ·降低“长枝吸引”(Long Branch Attraction)的影响 | 第44-46页 |
| ·样本的全部选择 | 第44页 |
| ·严格而完整的序列联配 | 第44-46页 |
| ·RNase P RNA序列的全局比对 | 第46页 |
| ·各种进化树重建时的算法优劣 | 第46-48页 |
| ·与系统发育结果的相互验证 | 第48页 |
| ·RNase P RNA生命树的构建 | 第48-56页 |
| ·Clustal W的比对 | 第48-56页 |
| ·进化树构建 | 第56页 |
| 三、结果 | 第56-67页 |
| ·进化树中各种算法的结果 | 第61-62页 |
| ·组分统计 | 第62页 |
| ·通用的生命树 | 第62-65页 |
| ·聚类范围与种群数量 | 第65-66页 |
| ·系统分析世界的两个庞大世系 | 第66-67页 |
| 第三部分 结论与讨论 | 第67-90页 |
| 一、两类基于RNase P RNA的不同的进化机制 | 第67-71页 |
| ·RNase P RNA分子的结构进化机制 | 第67-68页 |
| ·核酶RNase P RNA的系统分析揭示了两种不同的分子机制 | 第68-69页 |
| ·如何理解这两种迥然不同的RNA分子机制 | 第69页 |
| ·高层分类的系统分析 | 第69-71页 |
| 二、RNA分子系统分析世界的两域观点 | 第71-81页 |
| ·进化的观点 | 第71页 |
| ·基因复制机制决定了真核生物的复杂度起源 | 第71-73页 |
| ·复制机制的系统分析同样揭示了古生菌与真核生物的同源性 | 第73-76页 |
| ·RNase P RNA的生命树小型化了RNA分子的进化 | 第76-81页 |
| ·选择、适应、进化 | 第76-77页 |
| ·环境胁迫导致生物体的分子机制产生相应的适应性变化 | 第77-78页 |
| ·相同分子机制产生的趋异进化 | 第78-79页 |
| ·复杂性的起源与进化 | 第79-81页 |
| 三、宏观进化与分子进化的统一 | 第81-83页 |
| ·目前的分子进化的理论分歧 | 第81页 |
| ·系统分析的一致结果 | 第81-82页 |
| ·RNase P RNA的进化从宏观进化与分子进化的两个层次揭示了自然选择 | 第82-83页 |
| 四、核酶RNase P RNA的系统分析揭示了一种基于RNA的结构演化理论 | 第83页 |
| 五、RNA世界的进化选择 | 第83-90页 |
| ·新的具备全能意义的进化证据 | 第83-84页 |
| ·两类不同的进化理论 | 第84-85页 |
| ·进化理论的本质分歧 | 第85-87页 |
| ·RNA世界的发展 | 第87页 |
| ·结论性的解释 | 第87-90页 |
| 参考文献 | 第90-98页 |
| 附录1：表1-7排列了本文研究的所有物种全名、缩写、NCBI接入号与分类 | 第98-118页 |
| 附录2：未在进化树中陈列的物种表与NCBI接入号 | 第118-119页 |
| 附录3：含有缩写名的进化树 | 第119-120页 |
| 附录4：所测物种熵值表 | 第120-122页 |
| 附录5：生命树中所列物种的遗传距离统计表 | 第122-123页 |
| 发表论文与所参与的科研项目 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
