| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 前言 | 第10-14页 |
| 材料和方法 | 第14-22页 |
| 1. 实验材料 | 第14-15页 |
| ·仪器 | 第14页 |
| ·试剂 | 第14-15页 |
| ·研究对象 | 第15页 |
| 2. 实验方法 | 第15-20页 |
| ·提取病毒RNA | 第15页 |
| ·逆转录/巢式 PCR | 第15-18页 |
| ·扩增产物鉴定 | 第18页 |
| ·阳性扩增产物的纯化 | 第18-19页 |
| ·测序 | 第19-20页 |
| 3. 序列分析 | 第20-22页 |
| ·序列质量判定和清理 | 第20页 |
| ·亚型判定 | 第20页 |
| ·主要流行簇确定 | 第20页 |
| ·基因距离计算 | 第20-21页 |
| ·遗传变异特征分析 | 第21页 |
| ·可能的来源分析 | 第21页 |
| ·流行趋势和祖先株形成时间分析 | 第21-22页 |
| 结果 | 第22-42页 |
| 1. 南方四省流行的CRF01_AE 毒株的进化分析 | 第22-30页 |
| ·亚型判定，筛选CRF01_AE 感染病例 | 第22-24页 |
| ·四省CRF01_AE 毒株感染病例的流行病学特征 | 第24-25页 |
| ·四省CRF01_AE 毒株系统进化分析 | 第25-30页 |
| 2. 两个主要流行簇毒株遗传变异特征分析 | 第30-34页 |
| ·特征氨基酸分析 | 第30-32页 |
| ·南方四省流行的CRF01_AE 不同流行簇毒株核苷酸多态性分析 | 第32-34页 |
| ·V3 环顶端四肽组成分析 | 第34页 |
| 3. 南方四省CRF01_AE 毒株可能来源分析 | 第34-37页 |
| 4. 两个流行簇毒株最近祖先株形成时间和流行趋势推算 | 第37-41页 |
| 5.四省流行 CRF01_AE 毒株最可能的感染途径分析 | 第41-42页 |
| 讨论 | 第42-46页 |
| 1.四省 CRF01_AE 毒株流行分析 | 第42页 |
| 2.遗传变异特征分析 | 第42-44页 |
| 3.可能来源和流行趋势分析 | 第44-46页 |
| 小结 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 综述 | 第52-60页 |
| 缩略表 | 第60-61页 |
| 攻读硕士期间公开发表论文 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
