| 附表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-25页 |
| 1.1 动物免疫学基础 | 第14-16页 |
| 1.1.1 先天免疫 | 第14页 |
| 1.1.2 后天免疫 | 第14-15页 |
| 1.1.3 H/L | 第15-16页 |
| 1.2 抗病育种 | 第16页 |
| 1.2.1 抗病力的遗传基础 | 第16页 |
| 1.3 抗病育种的方法 | 第16-19页 |
| 1.3.1 表型选择 | 第16页 |
| 1.3.2 非表型选择 | 第16页 |
| 1.3.3 标记辅助选择 | 第16-18页 |
| 1.3.4 转基因抗病育种 | 第18页 |
| 1.3.5 抗病育种展望 | 第18-19页 |
| 1.4 QTL定位及连锁不平衡 | 第19-20页 |
| 1.4.1 QTL定位 | 第19页 |
| 1.4.2 连锁不平衡 | 第19页 |
| 1.4.3 鸡基因图谱 | 第19-20页 |
| 1.5 基因定位方法 | 第20页 |
| 1.5.1 连锁分析 | 第20页 |
| 1.5.2 关联分析 | 第20页 |
| 1.6 全基因组关联分析 | 第20-25页 |
| 1.6.1 全基因组关联分析方法 | 第21页 |
| 1.6.2 全基因组关联分析多重比较校正 | 第21-22页 |
| 1.6.3 全基因组关联分析群体分层问题 | 第22-23页 |
| 1.6.4 基因芯片的原理 | 第23页 |
| 1.6.5 全基因组关联分析SNP数据的质量控制 | 第23-24页 |
| 1.6.6 本研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 第二章 鸡H/L选育系选择效果分析 | 第25-46页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 试验材料与方法 | 第25-30页 |
| 2.2.1 H/L选育系的组建 | 第25-26页 |
| 2.2.2 仪器设备 | 第26页 |
| 2.2.3 溶液配制及所用试剂 | 第26-27页 |
| 2.2.4 试验鸡群和分组 | 第27页 |
| 2.2.5 鼠伤寒沙门氏菌的培养 | 第27-28页 |
| 2.2.6 H/L值测定方法 | 第28页 |
| 2.2.7 死亡个体及死亡率统计 | 第28页 |
| 2.2.8 组织载菌量测定和血清炎症介质的测定 | 第28页 |
| 2.2.9 血清介质测定 | 第28-29页 |
| 2.2.10 试验鸡群 | 第29页 |
| 2.2.11 RNA提取 | 第29页 |
| 2.2.12 RNA提取流程 | 第29-30页 |
| 2.2.13 浓度测定 | 第30页 |
| 2.2.14 质量检测 | 第30页 |
| 2.3 转录组测序 | 第30-33页 |
| 2.3.1 测序样本 | 第30页 |
| 2.3.2 文库的构建 | 第30-31页 |
| 2.3.3 质量控制 | 第31页 |
| 2.3.4 序列比对 | 第31-32页 |
| 2.3.5 表达量统计 | 第32页 |
| 2.3.6 分析流程汇总 | 第32-33页 |
| 2.4 结果 | 第33-43页 |
| 2.4.1 死亡率统计 | 第33-34页 |
| 2.4.2 组织载菌量的差异 | 第34页 |
| 2.4.3 各组H/L差异 | 第34-35页 |
| 2.4.4 各组血清溶菌酶差异 | 第35页 |
| 2.4.5 质量控制结果 | 第35-37页 |
| 2.4.6 四种免疫器官差异基因结果及GO分析结果 | 第37-38页 |
| 2.4.7 法氏囊转录组差异基因结果及GO分析结果 | 第38-39页 |
| 2.4.8 盲肠转录组差异基因结果及GO分析结果 | 第39-40页 |
| 2.4.9 脾脏转录组差异基因结果及GO分析结果 | 第40-41页 |
| 2.4.10 盲肠扁桃体转录组差异基因结果及GO分析结果 | 第41-42页 |
| 2.4.11 四个免疫器官共有的差异基因 | 第42-43页 |
| 2.5 讨论 | 第43-44页 |
| 2.6 小结 | 第44-46页 |
| 第三章 利用SNP芯片对H/L比值进行全基因组关联分析 | 第46-57页 |
| 3.1 引言 | 第46页 |
| 3.2 试验材料 | 第46页 |
| 3.2.1 试验动物 | 第46页 |
| 3.3 试验方法 | 第46-47页 |
| 3.3.1 血液样本采集 | 第46页 |
| 3.3.2 基因组DNA提取 | 第46-47页 |
| 3.3.3 SNP分型及质量控制 | 第47页 |
| 3.3.4 性状表型的测定 | 第47页 |
| 3.4 数据统计分析 | 第47-48页 |
| 3.4.1 表型统计分析 | 第47页 |
| 3.4.2 群体结构检测 | 第47-48页 |
| 3.4.3 全基因组关联分析 | 第48页 |
| 3.5 结果 | 第48页 |
| 3.5.1 DNA检测结果 | 第48页 |
| 3.6 SNP基因分型及质量控制 | 第48页 |
| 3.7 表型数据分析 | 第48-51页 |
| 3.7.1 表型数据描述性统计 | 第48-49页 |
| 3.7.2 群体分层检测 | 第49-51页 |
| 3.8 全基因组关联分析结果 | 第51-54页 |
| 3.9 讨论 | 第54-56页 |
| 3.10 小结 | 第56-57页 |
| 第四章 全文结论 | 第57-58页 |
| 附录 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 作者简历 | 第67页 |
