| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 引言 | 第8-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-21页 |
| 1.1 番茄晚疫病的研究进展 | 第9-10页 |
| 1.1.1 晚疫病菌 | 第9页 |
| 1.1.2 番茄晚疫病的研究现状 | 第9-10页 |
| 1.2 circRNA概述 | 第10-17页 |
| 1.2.1 circRNA的发现和再发展 | 第10-11页 |
| 1.2.2 circRNA的形成机制 | 第11-13页 |
| 1.2.3 circRNA的特征 | 第13-14页 |
| 1.2.4 circRNA功能 | 第14-15页 |
| 1.2.5 circRNA挖掘和验证方法 | 第15-17页 |
| 1.3 miRNA的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.3.1 miRNA的产生 | 第17-18页 |
| 1.3.2 miRNA的作用原理 | 第18页 |
| 1.3.3 miRNA在植物胁迫应答中的功能研究 | 第18-19页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第19-21页 |
| 2 番茄晚疫病相关circRNA的挖掘和功能预测 | 第21-31页 |
| 2.1 实验数据与分析软件 | 第21-22页 |
| 2.1.1 实验数据 | 第21页 |
| 2.1.2 实验分析网站和软件 | 第21-22页 |
| 2.2 番茄晚疫病相关circRNA数据分析 | 第22-23页 |
| 2.2.1 原始数据的筛选 | 第22页 |
| 2.2.2 reads的线性比对和非共线性比对 | 第22页 |
| 2.2.3 circRNA的分类 | 第22-23页 |
| 2.2.4 circRNA的功能注释 | 第23页 |
| 2.2.5 circRNA的表达水平检测 | 第23页 |
| 2.2.6 circRNA-miRNA互作网络的构建 | 第23页 |
| 2.3 结果 | 第23-29页 |
| 2.3.1 原始reads的质量评估 | 第23页 |
| 2.3.2 参考基因组的线性分析 | 第23-24页 |
| 2.3.3 染色体上的reads的分布 | 第24页 |
| 2.3.4 Tophat-fusion的分析结果 | 第24页 |
| 2.3.5 circRNA在染色体上的数量统计 | 第24-26页 |
| 2.3.6 circRNA的分类 | 第26页 |
| 2.3.7 circRNA的GO功能注释 | 第26-28页 |
| 2.3.8 circRNA的差异表达分析 | 第28页 |
| 2.3.9 circRNA-miRNA互作网络预测分析 | 第28-29页 |
| 2.4 讨论 | 第29-30页 |
| 2.5 小结 | 第30-31页 |
| 3 番茄晚疫病密切相关circRNA的鉴定及其功能特性分析 | 第31-46页 |
| 3.1 实验材料及试剂 | 第31-32页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第31页 |
| 3.1.2 实验试剂及仪器 | 第31页 |
| 3.1.3 分析软件 | 第31-32页 |
| 3.2 实验方法 | 第32-37页 |
| 3.2.1 番茄核酸的提取 | 第32-33页 |
| 3.2.2 番茄RNA和miRNA的反转录 | 第33-34页 |
| 3.2.3 EcircRNA45和EcircRNA47的引物筛选 | 第34-35页 |
| 3.2.4 实时定量检测EcircRNA的组织差异表达量 | 第35-36页 |
| 3.2.5 实时定量检测病原菌处理下EcircRNA的表达量 | 第36页 |
| 3.2.6 实时定量检测菌处理下circRNA、miRNA和mRNA的变化 | 第36-37页 |
| 3.3 结果与分析 | 第37-44页 |
| 3.3.1 番茄的DNA和RNA | 第37页 |
| 3.3.2 EcircRNA45和EcircRNA47的鉴定 | 第37-38页 |
| 3.3.3 EcircRNA45和EcircRNA45的组织表达差异分析 | 第38页 |
| 3.3.4 病原菌处理下EcircRNA45和EcircRNA47的表达特性分析 | 第38-40页 |
| 3.3.5 晚疫病菌处理下circRNA的功能特性分析 | 第40-44页 |
| 3.4 讨论 | 第44页 |
| 3.5 小结 | 第44-46页 |
| 4 circRNA的功能初探 | 第46-61页 |
| 4.1 实验材料和试剂 | 第46-47页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第46页 |
| 4.1.2 实验试剂及仪器 | 第46-47页 |
| 4.2 实验方法 | 第47-53页 |
| 4.2.1 目的基因的PCR扩增 | 第47页 |
| 4.2.2 目的基因的纯化 | 第47-48页 |
| 4.2.3 克隆载体的构建 | 第48页 |
| 4.2.4 克隆载体转化大肠杆菌 | 第48-50页 |
| 4.2.5 EcircRNA和MIRNA过表达载体构建 | 第50-51页 |
| 4.2.6 根癌农杆菌工程菌的获得 | 第51-52页 |
| 4.2.7 瞬时转化番茄体系的建立 | 第52页 |
| 4.2.8 瞬时表达体系下circRNA、miRNA和mRNA的表达特性分析 | 第52-53页 |
| 4.3 实验结果 | 第53-57页 |
| 4.3.1 EcircRNA和MIRNA克隆基因的获得 | 第53页 |
| 4.3.2 构建的EcircRNA和MIRNA基因的表达载体 | 第53-54页 |
| 4.3.3 瞬时表达体系中EcircRNA和miRNA的变化 | 第54-55页 |
| 4.3.4 瞬时表达体系中菌处理下EcircRNA和miRNA的表达分析 | 第55-57页 |
| 4.3.5 瞬时表达体系中菌处理下miR477-3p及其靶基因的表达分析 | 第57页 |
| 4.3.6 瞬时表达体系中菌处理下miR9478-5p及其靶基因的表达分析 | 第57页 |
| 4.4 讨论 | 第57-60页 |
| 4.5 小结 | 第60-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 附录A 本论文所用培养基配方 | 第66-67页 |
| 附录B 质粒图谱 | 第67-68页 |
| 附录C 序列 | 第68-69页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |
