| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1.1 研究背景 | 第11-12页 |
| 1.2 mRNA结构的产生与预测 | 第12页 |
| 1.3 mRNA结构的分布 | 第12-14页 |
| 1.4 RNA结构的功能 | 第14-16页 |
| 1.4.1 RNA结构在翻译起始区的功能 | 第14-15页 |
| 1.4.2 RNA结构在翻译延伸阶段的功能 | 第15页 |
| 1.4.3 RNA结构对翻译效率的影响 | 第15-16页 |
| 1.5 高通量测序方法对m RNA结构的预测 | 第16-17页 |
| 1.5.1 PARS方法对RNA结构的预测 | 第16-17页 |
| 1.5.2 DMS方法探测RNA结构 | 第17页 |
| 1.5.3 SHAPE方法探测RNA结构 | 第17页 |
| 1.6 核糖体图谱数据 | 第17-18页 |
| 1.7 mRNA体内体外结构 | 第18-19页 |
| 1.8 研究目的与意义 | 第19-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-25页 |
| 2.1 数据采集 | 第21页 |
| 2.1.1 RNA-seq数据 | 第21页 |
| 2.1.2 DMS-probing数据 | 第21页 |
| 2.1.3 Ribosome profiling数据 | 第21页 |
| 2.2 从DMS-probing数据解析m RNA结构 | 第21-22页 |
| 2.3 基尼系数 | 第22页 |
| 2.4 tRNA适应性指数 | 第22-23页 |
| 2.5 稀有密码子使用频率 | 第23页 |
| 2.6 最小自由能 | 第23页 |
| 2.7 RPKM | 第23页 |
| 2.8 结构消失程度 | 第23-24页 |
| 2.9 不同区域核糖体密度 | 第24页 |
| 2.10 RNA结构可视化 | 第24页 |
| 2.11 统计分析 | 第24-25页 |
| 第三章 结果 | 第25-39页 |
| 3.1 mRNA结构分类 | 第25-26页 |
| 3.2 体内消失结构与保留结构的差异 | 第26-34页 |
| 3.2.1 体内消失结构与保留结构的稀有密码子差异 | 第29-31页 |
| 3.2.2 体内消失结构与保留结构的MFE和位置差异 | 第31-33页 |
| 3.2.3 不同核糖体密度的结构所在基因差异 | 第33-34页 |
| 3.3 核糖体与消失程度间的关系 | 第34-39页 |
| 3.3.1 不同消失程度的结构位置差异 | 第34-36页 |
| 3.3.2 核糖体密度对消失程度的影响 | 第36-37页 |
| 3.3.3 不同区域的核糖体对RNA消失程度的影响 | 第37-39页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-47页 |
| 致谢 | 第47-49页 |
| 作者简介 | 第49页 |
