| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩写和符号清单 | 第12-13页 |
| 文献综述 | 第13-20页 |
| 1.表观遗传学的研究进展 | 第13页 |
| 2.DNA甲基化 | 第13-14页 |
| 3.全基因组DNA甲基化图谱的构建 | 第14-19页 |
| 4.全基因组DNA甲基化在猪遗传育种中的研究 | 第19-20页 |
| 引言 | 第20-21页 |
| 1 材料与方法 | 第21-26页 |
| 1.1 实验动物与样品采集 | 第21页 |
| 1.2 主要试剂和试剂盒 | 第21页 |
| 1.3 主要实验仪器 | 第21页 |
| 1.4 基因组DNA抽提和质检 | 第21-22页 |
| 1.5 MeDIP-seq文库构建 | 第22页 |
| 1.5.1 文库构建 | 第22页 |
| 1.5.2 文库质检 | 第22页 |
| 1.5.3 Cluster生成 | 第22页 |
| 1.6 上机测试 | 第22页 |
| 1.7 MeDIP-seq生物信息学数据分析 | 第22-24页 |
| 1.7.1 MeDIP-seq数据分析方法 | 第22-23页 |
| 1.7.2 全基因组甲基化Peak分析 | 第23页 |
| 1.7.3 聚类热图分析 | 第23页 |
| 1.7.4 GO功能分析和Pathway生物学通路分析 | 第23-24页 |
| 1.7.5 MeDIP-seq和RNA-seq联合分析 | 第24页 |
| 1.8 焦磷酸PCR测序(Pyrosequencing) | 第24-26页 |
| 1.8.1 焦磷酸测序技术原理 | 第24页 |
| 1.8.2 焦磷酸测序技术的反应过程 | 第24页 |
| 1.8.3 焦磷酸测序技术的方法步骤 | 第24-25页 |
| 1.8.4 焦磷酸测序引物设计 | 第25-26页 |
| 2 结果与分析 | 第26-44页 |
| 2.1 总DNA质量和文库构建检测 | 第26页 |
| 2.2 文库质量检测 | 第26-27页 |
| 2.3 测序结果质控情况 | 第27-29页 |
| 2.4 有效Reads统计 | 第29-30页 |
| 2.5 基因组mapping结果 | 第30-31页 |
| 2.6 peaks统计 | 第31-32页 |
| 2.7 peaks在基因元件和CpG岛关联注释 | 第32-33页 |
| 2.8 差异DMR分析和基因关联 | 第33-34页 |
| 2.9 差异甲基化基因筛选 | 第34-35页 |
| 2.10 聚类分析 | 第35-37页 |
| 2.11 DMRs的GO功能富集注释分析和KEGG富集注释分析 | 第37-41页 |
| 2.12 差异甲基化基因MeDIP-Seq和RNA-Seq联合分析 | 第41-42页 |
| 2.13 焦磷酸测序(pyrosequencing)验证 | 第42-44页 |
| 3 讨论 | 第44-47页 |
| 3.1 全基因组DNA甲基化 | 第44-45页 |
| 3.2 MeDIP-Seq和RNA-Seq联合分析 | 第45-47页 |
| 4 结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 附录 | 第54-55页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 | 第55-56页 |
| 附图 | 第56-58页 |
