| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 符号说明 | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 刺参的形态结构和生活习性 | 第9-10页 |
| 1.2 海参体壁组织 | 第10-11页 |
| 1.3 杂种优势 | 第11-12页 |
| 1.4 转录组学 | 第12-13页 |
| 1.5 microRNA | 第13-15页 |
| 1.6 研究的目的与意义 | 第15-17页 |
| 1.6.1 研究内容 | 第16页 |
| 1.6.2 技术路线 | 第16-17页 |
| 第二章 刺参转录组、miRNA及RT-qPCR分析 | 第17-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第17页 |
| 2.2 实验试剂和仪器 | 第17页 |
| 2.3 实验方法 | 第17-23页 |
| 2.3.1 RNA提取 | 第17页 |
| 2.3.2 RNA质量的检测、文库的构建及上机测序 | 第17-19页 |
| 2.3.2.1 RNA质量检测 | 第17-18页 |
| 2.3.2.2 cDNA文库的构建 | 第18页 |
| 2.3.2.3 小RNA文库的构建 | 第18-19页 |
| 2.3.2.4 转录组和小RNA文库上机测序 | 第19页 |
| 2.3.3 生物信息学分析 | 第19-23页 |
| 2.3.3.1 测序的质量控制 | 第19页 |
| 2.3.3.2 转录组测序数据组装 | 第19-20页 |
| 2.3.3.3 转录组Unigene功能注释 | 第20-21页 |
| 2.3.3.4 基因结构分析 | 第21页 |
| 2.3.3.5 基因表达量分析 | 第21页 |
| 2.3.3.6 差异表达分析 | 第21-22页 |
| 2.3.3.7 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第22页 |
| 2.3.3.8 miRNA鉴定、预测以及差异筛选 | 第22页 |
| 2.3.3.9 RT-qPCR验证 | 第22-23页 |
| 2.4 实验结果 | 第23-37页 |
| 2.4.1 总RNA检测 | 第23页 |
| 2.4.2 刺参转录组数据分析 | 第23-37页 |
| 2.4.2.1 数据集整理与统计 | 第23-24页 |
| 2.4.2.2 转录组数据的组装 | 第24-26页 |
| 2.4.2.3 unigene注释 | 第26页 |
| 2.4.2.4 基因结构分析 | 第26-27页 |
| 2.4.2.5 基因表达量总体分布 | 第27-28页 |
| 2.4.2.6 差异表达分析 | 第28-29页 |
| 2.4.2.7 差异基因和靶基因的调控网络 | 第29-31页 |
| 2.4.2.8 miRNA表达量分析 | 第31-32页 |
| 2.4.2.9 miRNA差异表达分析 | 第32页 |
| 2.4.2.10 差异miRNA靶基因的注释、富集分析 | 第32-33页 |
| 2.4.2.11 RT-qPCR验证 | 第33-37页 |
| 2.5 讨论 | 第37-49页 |
| 2.5.1 45 日龄和75日龄的刺参差异基因分析 | 第39页 |
| 2.5.2 F1代杂交种之间的生长相关基因的差异表达 | 第39-40页 |
| 2.5.3 GO注释生长相关的基因 | 第40-41页 |
| 2.5.4 FOXO和MAPK信号通路 | 第41-44页 |
| 2.5.5 Ras-Raf-MEK1/2-ERK调节模式 | 第44页 |
| 2.5.6 miRNA表达分析 | 第44-45页 |
| 2.5.7 miRNA和靶基因联合比较分析 | 第45-47页 |
| 2.5.8 皂甙合成的差异基因 | 第47-49页 |
| 2.6.结论 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-60页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第60-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
