第一部分：桥本病合并甲状腺癌基因组测序研究 第二部分：基于肿瘤基因图谱计划挖掘食管鳞癌数据
| 第一部分: 桥本病合并甲状腺癌基因组测序研究 | 第7-41页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 前言 | 第11-16页 |
| 材料和方法 | 第16-28页 |
| 1 研究对象 | 第16页 |
| 2 实验试剂及设备 | 第16-17页 |
| 3 实验流程及方法 | 第17-28页 |
| 3.1 组织标本DNA提取 | 第17-18页 |
| 3.2 全血标本DNA提取 | 第18-19页 |
| 3.3 二代测序基因组文库构建 | 第19-23页 |
| 3.4 外显子捕获及上机测序 | 第23页 |
| 3.5 生物信息分析 | 第23-27页 |
| 3.6 TCGA乳头状甲状腺癌突变数据的下载 | 第27页 |
| 3.7 TCGA乳头状甲状腺癌的突变频谱聚类分析 | 第27页 |
| 3.8 统计学分析 | 第27-28页 |
| 实验结果 | 第28-33页 |
| 1 全外显子测序的结果 | 第28-29页 |
| 2 HT合并甲状腺癌中肿瘤相关基因的鉴定 | 第29-30页 |
| 3 与TCGA乳头状甲状腺癌的比较 | 第30-33页 |
| 讨论 | 第33-36页 |
| 参考文献 | 第36-41页 |
| 第二部分: 基于肿瘤基因图谱计划挖掘食管鳞癌数据 | 第41-73页 |
| 摘要 | 第41-43页 |
| Abstract | 第43-45页 |
| 前言 | 第45-49页 |
| 材料和方法 | 第49-54页 |
| 1 研究对象 | 第49-50页 |
| 1.1 TCGA数据库食管鳞癌RNAseq数据 | 第49-50页 |
| 1.2 食管鳞癌样本的临床信息 | 第50页 |
| 2 生物信息学分析 | 第50-54页 |
| 2.1 基因差异表达分析 | 第50-51页 |
| 2.2 聚类分析 | 第51-52页 |
| 2.3 基因功能富集分析 | 第52页 |
| 2.4 蛋白互作网络的构建 | 第52页 |
| 2.5 加权基因共表达网络构建 | 第52-53页 |
| 2.6 生存分析 | 第53-54页 |
| 实验结果 | 第54-66页 |
| 1 TCGA食管鳞癌患者的基本特征 | 第54-55页 |
| 2 差异表达基因的分析结果 | 第55-61页 |
| 3 蛋白互作网络的构建 | 第61-62页 |
| 4 基因共表达网络的构建 | 第62-64页 |
| 5 基因表达量与预后的关系 | 第64-66页 |
| 讨论 | 第66-69页 |
| 参考文献 | 第69-73页 |
| 文献综述 | 第73-84页 |
| 参考文献 | 第79-84页 |
| 中英文缩略词表 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85-87页 |
| 发表文章 | 第87-88页 |
| 个人简历 | 第88-89页 |
