| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 缩略词表 Abbreviations | 第16-18页 |
| 第一章 前言 | 第18-37页 |
| 1.1 课题的提出 | 第18-20页 |
| 1.2 前人研究进展 | 第20-37页 |
| 1.2.1 我国柑橘产业面临产区土壤贫瘠和黄龙病危害问题 | 第20-24页 |
| 1.2.1.1 柑橘产区的土壤问题 | 第20-21页 |
| 1.2.1.2 柑橘产区的施肥问题 | 第21-22页 |
| 1.2.1.3 柑橘黄龙病的传播问题 | 第22-23页 |
| 1.2.1.4 黄龙病研究进展 | 第23-24页 |
| 1.2.2 植物丛枝菌根共生研究进展 | 第24-32页 |
| 1.2.2.1 丛枝菌根真菌的功能 | 第24-25页 |
| 1.2.2.2 丛枝菌根真菌对柑橘的生理生态效应 | 第25页 |
| 1.2.2.3 丛枝菌根真菌的分类 | 第25-26页 |
| 1.2.2.4 丛枝菌根真菌的鉴定 | 第26-27页 |
| 1.2.2.5 柑橘丛枝菌根真菌群落研究进展 | 第27-28页 |
| 1.2.2.6 丛枝菌根共生分子机制 | 第28-30页 |
| 1.2.2.7 植物miRNA参与共生信号调控 | 第30-31页 |
| 1.2.2.8 植物miRNA参与丛枝菌根菌根共生调控 | 第31-32页 |
| 1.2.3 植物微生物群落研究进展 | 第32-35页 |
| 1.2.3.1 植物微生物群落的功能 | 第32-33页 |
| 1.2.3.2 植物微生物群落的研究方法 | 第33-34页 |
| 1.2.3.3 植物微生物群落的鉴定及影响因素 | 第34-35页 |
| 1.2.3.4 柑橘微生物群落研究进展 | 第35页 |
| 1.2.4 本研究目的 | 第35-37页 |
| 第二章 柑橘丛枝菌根真菌群落鉴定 | 第37-63页 |
| 2.1 前言 | 第37-38页 |
| 2.2 材料与方法 | 第38-43页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第38-40页 |
| 2.2.2 样品采集及处理 | 第40页 |
| 2.2.3 DNA提取及PCR扩增建库 | 第40-41页 |
| 2.2.4 引物筛选预实验 | 第41页 |
| 2.2.5 生物信息学分析 | 第41-43页 |
| 2.2.5.1 数据处理及注释 | 第41-42页 |
| 2.2.5.2 进化分析及网络分析 | 第42页 |
| 2.2.5.3 统计学分析 | 第42-43页 |
| 2.3 结果与分析 | 第43-60页 |
| 2.3.1 柑橘丛枝菌根真菌群落鉴定 | 第43-51页 |
| 2.3.1.1 柑橘丛枝菌根真菌群落测序引物筛选 | 第43-44页 |
| 2.3.1.2 基于高通量测序的柑橘AMF菌种的总体特征 | 第44-47页 |
| 2.3.1.3 柑橘丛枝菌根菌种的鉴定及进化分析 | 第47-49页 |
| 2.3.1.4 柑橘丛枝菌根菌种与生境及寄主基因型的关联分析 | 第49-51页 |
| 2.3.2 生境对柑橘丛枝菌根真菌群落的影响 | 第51-57页 |
| 2.3.2.1 生境对柑橘丛枝菌根真菌群落丰度和多样性的影响 | 第51-53页 |
| 2.3.2.2 不同生境的丛枝菌根真菌群落结构差异的PCA分析 | 第53-54页 |
| 2.3.2.3 柑橘产区基本气候及土壤理化性质的检测 | 第54-57页 |
| 2.3.3 接穗/砧木基因型对柑橘丛枝菌根真菌群落的影响 | 第57-60页 |
| 2.3.3.1 不同砧木和接穗基因型柑橘丛枝菌根真菌群落结构差异的PCA分析 | 第57-58页 |
| 2.3.3.2 接穗基因型对柑橘丛枝菌根真菌群落的影响比砧木基因型更大 | 第58-60页 |
| 2.4 讨论 | 第60-63页 |
| 2.4.1 柑橘根系内生丛枝菌根真菌群落结构 | 第60-61页 |
| 2.4.2 生境是影响柑橘根系丛枝菌根真菌群落的主要因素 | 第61页 |
| 2.4.3 柑橘接穗基因型比砧木基因型对丛枝菌根真菌群落影响更大 | 第61-63页 |
| 第三章 枳响应菌根共生miRNA的鉴定及功能分析 | 第63-99页 |
| 3.1 前言 | 第63-64页 |
| 3.2 材料与方法 | 第64-78页 |
| 3.2.1 实验材料及丛枝菌根接种 | 第64-65页 |
| 3.2.2 总RNA的提取,建库及smallRNA测序 | 第65页 |
| 3.2.3 测序数据的初步分析 | 第65-66页 |
| 3.2.4 KnownmiRNA和novelmiRNA的鉴定及差异表达分析 | 第66-67页 |
| 3.2.5 靶基因的预测及功能注释 | 第67页 |
| 3.2.6 差异表达miRNA及靶基因的定量PCR验证 | 第67-70页 |
| 3.2.7 枳miRNA超表达载体的构建 | 第70-73页 |
| 3.2.8 靶位点融合绿色荧光蛋白超表达载体的构建 | 第73-74页 |
| 3.2.9 烟草瞬时表达体系验证miRNA对靶基因的剪切 | 第74-75页 |
| 3.2.10 枳miRNA的STTM干涉载体构建 | 第75-76页 |
| 3.2.11 根癌农杆菌介导的枳上胚轴遗传转化 | 第76页 |
| 3.2.12 苜蓿毛状根瞬时转化 | 第76-77页 |
| 3.2.13 丛枝菌根真菌接种及表型观察 | 第77-78页 |
| 3.2.13.1 丛枝菌根真菌接种 | 第77页 |
| 3.2.13.2 根系染色 | 第77页 |
| 3.2.13.3 表型统计 | 第77-78页 |
| 3.3 结果与分析 | 第78-95页 |
| 3.3.1 枳根系miRNA文库测序总体特征 | 第78-80页 |
| 3.3.2 枳根系knownmiRNAs和novelmiRNAs的鉴定 | 第80-81页 |
| 3.3.3 枳响应丛枝菌根共生的miRNA的鉴定 | 第81-83页 |
| 3.3.4 差异表达miRNA的定量PCR验证 | 第83-84页 |
| 3.3.5 枳响应菌根共生miRNA的靶基因预测与功能注释 | 第84-87页 |
| 3.3.6 枳响应菌根共生miRNA靶基因的表达分析 | 第87-91页 |
| 3.3.7 通过烟草瞬时转化验证miRNA与靶基因的互作 | 第91-92页 |
| 3.3.8 枳miR477a的超表达及干涉初探 | 第92页 |
| 3.3.9 枳MiR477a同源基因苜蓿miR5037在菌根共生中的功能分析 | 第92-95页 |
| 3.4 讨论 | 第95-99页 |
| 3.4.1 枳根系miRNA鉴定 | 第95-96页 |
| 3.4.2 枳根系响应丛枝菌根共生的miRNA | 第96-98页 |
| 3.4.3 枳miR477a在丛枝菌根共生中的功能探讨 | 第98-99页 |
| 第四章 黄龙病侵染对柑橘微生物组的影响 | 第99-137页 |
| 4.1 前言 | 第99-100页 |
| 4.2 材料与方法 | 第100-106页 |
| 4.2.1 试验材料及样品处理 | 第100-102页 |
| 4.2.2 柑橘材料和根际土壤样品总DNA的提取及黄龙病检测 | 第102页 |
| 4.2.3 柑橘根系丛枝菌根真菌18S特异区段建库测序 | 第102页 |
| 4.2.4 柑橘根际及根系内生细菌16S特异区段建库测序 | 第102-103页 |
| 4.2.5 柑橘根际样品宏基因组建库测序 | 第103页 |
| 4.2.6 柑橘根系丛枝菌根18S测序结果初步分析 | 第103页 |
| 4.2.7 柑橘根际及根系内生细菌16S测序数据初步分析 | 第103-104页 |
| 4.2.8 柑橘根际样品宏基因组测序数据初步分析 | 第104页 |
| 4.2.9 柑橘微生物组及宏基因组数据统计学分析 | 第104-105页 |
| 4.2.10 柑橘内生及根际细菌微生物的分离纯化及鉴定 | 第105-106页 |
| 4.2.10.1 柑橘内生及根际细菌微生物的分离纯化 | 第105-106页 |
| 4.2.10.2 柑橘根系内生及根际细菌单菌落的鉴定 | 第106页 |
| 4.2.10.3 柑橘根系内生及根际细菌单菌落的功能分析 | 第106页 |
| 4.3 结果与分析 | 第106-133页 |
| 4.3.1 柑橘黄龙病病原菌的检测 | 第106-107页 |
| 4.3.2 黄龙病侵染对柑橘根系丛枝菌根真菌群落的影响 | 第107-112页 |
| 4.3.2.1 健康及黄龙病样品中丛枝菌根真菌的鉴定 | 第107-110页 |
| 4.3.2.2 黄龙病侵染对柑橘丛枝菌根真菌丰度及多样性的影响 | 第110页 |
| 4.3.2.3 黄龙病侵染对柑橘丛枝菌根真菌群落结构的影响 | 第110-112页 |
| 4.3.3 黄龙病侵染对柑橘根系及根际细菌群落的影响 | 第112-118页 |
| 4.3.3.1 柑橘根系内生及根际细菌群落鉴定 | 第112-114页 |
| 4.3.3.2 黄龙病侵染对柑橘根系及根际细菌群落的丰度及多样性的影响 | 第114-115页 |
| 4.3.3.3 黄龙病侵染对柑橘根系及根际细菌群落结构的影响 | 第115-118页 |
| 4.3.4 黄龙病侵染对柑橘根际微生物群落功能的影响 | 第118-130页 |
| 4.3.4.1 柑橘根际微生物群落基因的总体特征 | 第118-119页 |
| 4.3.4.2 基于宏基因组的柑橘根际微生物鉴定 | 第119-123页 |
| 4.3.4.3 基于宏基因组的黄龙病侵染对柑橘根际微生物群落影响的分析 | 第123-125页 |
| 4.3.4.4 柑橘根际微生物群落功能鉴定 | 第125-127页 |
| 4.3.4.5 黄龙病侵染对柑橘根际微生物群落功能的影响 | 第127-130页 |
| 4.3.5 柑橘根系内生及根际细菌的分离纯化和功能鉴定 | 第130-133页 |
| 4.4 讨论 | 第133-137页 |
| 4.4.1 柑橘根系内生及根际细菌群落结构分析 | 第133-134页 |
| 4.4.2 不同存在部位是影响柑橘细菌微生物群落结构的主要因素 | 第134页 |
| 4.4.3 黄龙病侵染对柑橘根系微生物群落结构的影响 | 第134-135页 |
| 4.4.4 代谢调控可能是黄龙病影响柑橘根际微生物群落的重要途径 | 第135-137页 |
| 第五章 结论与展望 | 第137-139页 |
| 参考文献 | 第139-156页 |
| 附录 | 第156-190页 |
| 附录Ⅰ 部分实验方法 | 第156-161页 |
| 附录Ⅱ 附表 | 第161-189页 |
| 附录Ⅲ 发表论文列表 | 第189-190页 |
| 致谢 | 第190-192页 |
