| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-25页 |
| 1.1 有机磷化合物及其毒性 | 第11-13页 |
| 1.2 群体感应机制和细菌信号分子 | 第13-14页 |
| 1.3 嗜热磷酸三酯酶样内酯酶 | 第14-20页 |
| 1.3.1 DrPLL及其X-ray结构 | 第16-18页 |
| 1.3.2 SsoPox及其X-ray结构 | 第18-19页 |
| 1.3.3 Vmolac及其X-ray结构 | 第19-20页 |
| 1.4 嗜热磷酸三酯酶样内酯酶与非特异性底物的相互作用 | 第20-22页 |
| 1.5 催化机理 | 第22-24页 |
| 1.5.1 磷酸三酯酶催化反应机理 | 第22-23页 |
| 1.5.2 内酯酶催化反应机理 | 第23-24页 |
| 1.6 立体依据和研究设计 | 第24-25页 |
| 第二章 理论基础 | 第25-42页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第25-33页 |
| 2.1.1 原子间势函数 | 第25-28页 |
| 2.1.1.1 对势 | 第26页 |
| 2.1.1.2 多体势 | 第26-27页 |
| 2.1.1.3 常用的力场形式 | 第27-28页 |
| 2.1.2 牛顿运动方程 | 第28-29页 |
| 2.1.3 有限差分算法 | 第29-31页 |
| 2.1.3.1 Verlet算法 | 第29-30页 |
| 2.1.3.2 Leap-frog算法 | 第30页 |
| 2.1.3.3 Gear算法 | 第30-31页 |
| 2.1.4 初始条件和外部环境设定 | 第31-32页 |
| 2.1.5 分子动力学模拟的系综 | 第32-33页 |
| 2.1.5.1 正则系综(NVT) | 第32页 |
| 2.1.5.2 等温等压系综(NPT) | 第32页 |
| 2.1.5.3 等压等焓系综(NPH) | 第32页 |
| 2.1.5.4 巨正则系综(uVT) | 第32-33页 |
| 2.1.6 系综的调节技术 | 第33页 |
| 2.1.6.1 调温技术 | 第33页 |
| 2.1.6.2 调压技术 | 第33页 |
| 2.2 分子动力学模拟程序 | 第33-35页 |
| 2.2.1 GROMACS | 第34页 |
| 2.2.2 NAMD | 第34-35页 |
| 2.2.3 Amber软件 | 第35页 |
| 2.3 分子动力学模拟的基本流程 | 第35-36页 |
| 2.4 MM-PBSA计算分析方法 | 第36-38页 |
| 2.5 分子动力学的历史以及发展前景 | 第38-39页 |
| 2.6 计算量子化学理论方法 | 第39-42页 |
| 2.6.1 计算量子化学理论基础 | 第39-40页 |
| 2.6.2 量子化学的研究对象 | 第40页 |
| 2.6.3 常用的量子化学软件 | 第40-41页 |
| 2.6.4 计算化学的优势与劣势 | 第41-42页 |
| 第三章 探究DrPLL的构象变化与底物结合的相互影响 | 第42-60页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 计算方法 | 第42-44页 |
| 3.2.1 体系准备 | 第42-43页 |
| 3.2.2 分子对接 | 第43页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟 | 第43-44页 |
| 3.2.4 底物paraoxon分别与WT,mutantDrPLL之间相互作用的分析 | 第44页 |
| 3.3 计算结果与讨论 | 第44-59页 |
| 3.3.1 底物优化及其反应位点预测 | 第44-46页 |
| 3.3.2 底物δ-nonanoiclactone和paraoxon的结合模式 | 第46-48页 |
| 3.3.3 不同底物的结合对DrPLL构象变化的影响 | 第48-52页 |
| 3.3.4 不同DrPLL构象(WT/mutant)对底物paraoxon结合的影响 | 第52-59页 |
| 3.4 小结 | 第59-60页 |
| 第四章 探究SsoPox构象变化对其非特异性催化活性的影响 | 第60-74页 |
| 4.1 引言 | 第60页 |
| 4.2 计算方法 | 第60-62页 |
| 4.2.1 体系准备 | 第60-61页 |
| 4.2.2 分子对接 | 第61页 |
| 4.2.3 结构交互指纹分析 | 第61-62页 |
| 4.2.4 分子动力学模拟 | 第62页 |
| 4.3 计算结果与讨论 | 第62-73页 |
| 4.3.1 底物优化及其反应位点预测 | 第62-64页 |
| 4.3.2 分子对接及底物与SsoPox的相互作用 | 第64-66页 |
| 4.3.3 提高SsoPox非特异性底物活性的突变设计 | 第66-73页 |
| 4.4 小结 | 第73-74页 |
| 第五章 探究VmoLac非特异性底物的催化活性 | 第74-84页 |
| 5.1 前言 | 第74页 |
| 5.2 计算方法 | 第74-76页 |
| 5.2.1 体系准备 | 第74-75页 |
| 5.2.2 分子对接 | 第75页 |
| 5.2.3 分子动力学模拟 | 第75-76页 |
| 5.3 计算结果与结论 | 第76-82页 |
| 5.3.1 分子对接及底物与VmoLac的相互作用 | 第76-77页 |
| 5.3.2 VmoLac非特异性底物的催化活性 | 第77-82页 |
| 5.4 小结 | 第82-84页 |
| 结论 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-96页 |
| 作者简介 | 第96页 |
| 科研成果 | 第96-98页 |
| 致谢 | 第98页 |
