| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-20页 |
| 1.1 分子标记的类型及其应用 | 第14页 |
| 1.2 分子标记辅助选择 | 第14-15页 |
| 1.3 SLAF-seq简化基因组测序技术 | 第15-16页 |
| 1.3.1 SLAF-seq技术的原理及其优势 | 第15页 |
| 1.3.2 SLAF-seq技术流程 | 第15-16页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第16页 |
| 1.4.1 全基因组关联分析的原理 | 第16页 |
| 1.4.2 全基因关联分析的步骤 | 第16页 |
| 1.5 单体型 | 第16-17页 |
| 1.5.1 单体型的定义及其研究意义 | 第16-17页 |
| 1.5.2 单体域的定义 | 第17页 |
| 1.5.3 单体型的推断方法及研究意义 | 第17页 |
| 1.6 纤维素合成酶超基因家族研究进展 | 第17-18页 |
| 1.7 近年来棉花作物研究进展 | 第18-20页 |
| 1.7.1 国外棉花作物领域研究进展 | 第18页 |
| 1.7.2 国内棉花研究现状及趋势 | 第18-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-35页 |
| 2.1 实验仪器设备 | 第20页 |
| 2.2 材料与田间试验 | 第20-21页 |
| 2.2.1 种植材料 | 第20页 |
| 2.2.2 田间试验 | 第20-21页 |
| 2.3 棉花基因组DNA的提取 | 第21-23页 |
| 2.3.1 基因组DNA的提取方法 | 第21-22页 |
| 2.3.2 基因组DNA浓度的检测方法 | 第22页 |
| 2.3.3 基因组DNA的完整性检测 | 第22-23页 |
| 2.4 特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)实验 | 第23-28页 |
| 2.4.1 酶切方案设计 | 第23页 |
| 2.4.2 实验流程 | 第23-24页 |
| 2.4.3 生物信息分析流程 | 第24页 |
| 2.4.4 基因组酶切 | 第24-25页 |
| 2.4.5 5 '末端修复 | 第25页 |
| 2.4.6 3 '端加A处理 | 第25-26页 |
| 2.4.7 连接Dual-index接头 | 第26页 |
| 2.4.8 PCR扩增 | 第26-27页 |
| 2.4.9 电泳切胶回收 | 第27页 |
| 2.4.10 上机测序 | 第27-28页 |
| 2.5 棉花纤维总RNA提取 | 第28-32页 |
| 2.5.1 棉花纤维总RNA的提取方法 | 第28页 |
| 2.5.2 RNA的纯度及浓度检测 | 第28-29页 |
| 2.5.3 cDNA的合成 | 第29页 |
| 2.5.4 cDNA的检测 | 第29-31页 |
| 2.5.5 qRT-PCR实验 | 第31-32页 |
| 2.6 棉花纤维素合成酶基因家族生物信息分析方法 | 第32-35页 |
| 2.6.1 转录组数据分析 | 第32页 |
| 2.6.2 纤维素合成酶基因的鉴定 | 第32-33页 |
| 2.6.3 多序列比对(MSA)文件 | 第33页 |
| 2.6.4 系统进化树构建 | 第33页 |
| 2.6.5 染色体定位及基因结构分析 | 第33页 |
| 2.6.6 共线性分析 | 第33页 |
| 2.6.7 启动子分析 | 第33-34页 |
| 2.6.8 选择压力分析 | 第34-35页 |
| 第三章 基于SLAF-seq技术的棉花GWAS及单体型分析 | 第35-58页 |
| 3.1 数据质控和标记开发 | 第35-36页 |
| 3.1.1 酶切方案 | 第35-36页 |
| 3.1.2 酶切均匀性评估 | 第36页 |
| 3.2 测序数据统计与评估 | 第36-38页 |
| 3.2.1 测序质量值分布检查 | 第36-37页 |
| 3.2.2 碱基分布检查 | 第37-38页 |
| 3.2.3 测序质量产出和质量统计 | 第38页 |
| 3.3 实验建库评估 | 第38-40页 |
| 3.3.1 比对效率统计 | 第39页 |
| 3.3.2 酶切效率评估统计 | 第39页 |
| 3.3.3 片段选择评估 | 第39-40页 |
| 3.4 SLAF标记开发 | 第40-49页 |
| 3.4.1 SLAF标签统计 | 第40页 |
| 3.4.2 SNP信息统计 | 第40-47页 |
| 3.4.3 SLAF标签在染色体上的分布 | 第47-48页 |
| 3.4.4 SNP标记在染色体上的分布 | 第48-49页 |
| 3.5 纤维品质相关性状表型分析 | 第49页 |
| 3.6 测序数据结果 | 第49-50页 |
| 3.7 连锁不平衡及单体域分析 | 第50页 |
| 3.8 基于SNP标记的群体结构分析 | 第50-51页 |
| 3.9 基于SNP标记的主成分分析和群体系统进化树 | 第51-52页 |
| 3.10 基于SNP全基因组关联分析 | 第52-53页 |
| 3.11 全基因组单体域及单倍型分析 | 第53-58页 |
| 第四章 棉花纤维素合成酶基因家族进化与表达模式分析 | 第58-74页 |
| 4.1 棉花纤维素合成酶基因Ces/Csl | 第58页 |
| 4.2 系统进化树 | 第58页 |
| 4.3 染色体定位和基因结构结果分析 | 第58页 |
| 4.4 选择压力分析 | 第58-67页 |
| 4.5 基因表达分析 | 第67页 |
| 4.6 启动子顺式作用元件分析 | 第67-74页 |
| 第五章 讨论 | 第74-77页 |
| 5.1 简化基因组测序 | 第74页 |
| 5.2 基于GWAS的单体型分析 | 第74-75页 |
| 5.3 基于单体型的分子育种 | 第75页 |
| 5.4 纤维素合成酶基因家族的进化 | 第75-76页 |
| 5.5 纤维素合成酶基因家族的表达模式 | 第76-77页 |
| 第六章 全篇结论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 作者简介 | 第86页 |
