| 中文摘要 | 第2-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 符号说明 | 第13-15页 |
| 综述一：结核分枝杆菌分泌系统 | 第15-41页 |
| 1. Sec分泌系统 | 第15-19页 |
| 2. Sec A2分泌系统 | 第19-21页 |
| 3. Tat转运系统 | 第21-24页 |
| 4. Ⅶ型分泌系统 | 第24-32页 |
| 4.1 ESX-4分泌系统 | 第25-26页 |
| 4.2 ESX-1分泌系统 | 第26-29页 |
| 4.3 ESX-3分泌系统 | 第29-30页 |
| 4.4 ESX-2分泌系统 | 第30页 |
| 4.5 ESX-5分泌系统 | 第30-32页 |
| 5. 结核分枝杆菌分泌系统总结 | 第32页 |
| 参考文献 | 第32-41页 |
| 综述二：结核分枝杆菌PE/PPE蛋白的研究进展 | 第41-60页 |
| 1. PE/PPE蛋白分类 | 第41-42页 |
| 2. PE/PPE蛋白的存在形式 | 第42-44页 |
| 3. PE/PPE蛋白的进化及抗原变异 | 第44-45页 |
| 4. PE/PPE蛋白的亚细胞定位及其分泌机制 | 第45-46页 |
| 5. PE/PPE蛋白的免疫应答 | 第46-51页 |
| 5.1 PE/PPE蛋白与毒力 | 第46-47页 |
| 5.2 PE/PPE蛋白的B细胞和T细胞识别 | 第47-48页 |
| 5.2.1 体液免疫应答 | 第47页 |
| 5.2.2 细胞免疫应答 | 第47-48页 |
| 5.3 PE/PPE蛋白对抗原加工递呈的影响 | 第48-49页 |
| 5.4 PE/PPE蛋白对树突状细胞功能的影响 | 第49页 |
| 5.5 PE/PPE蛋白调节先天性免疫应答 | 第49-51页 |
| 6. PE/PPE蛋白的应用 | 第51页 |
| 7. 结语 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-60页 |
| 第一章 结核分枝杆菌ESX-5分泌系统生物信息学分析 | 第60-74页 |
| 1 方法 | 第60-62页 |
| 1.1 序列获取 | 第60页 |
| 1.2 直系同源搜索和系统发育谱建立 | 第60-61页 |
| 1.2.1 直系同源搜索 | 第61页 |
| 1.2.2 系统发育谱建立 | 第61页 |
| 1.3 结构域预测 | 第61页 |
| 1.4 跨膜区预测 | 第61页 |
| 1.5 信号肽搜索 | 第61页 |
| 1.6 糖基化位点预测 | 第61-62页 |
| 1.7 蛋白裂解位点预测 | 第62页 |
| 1.8 与ESX-5分泌系统相互作用蛋白的COG分析 | 第62页 |
| 2 结果 | 第62-73页 |
| 2.1 直系同源搜索和系统发育谱建立 | 第62-65页 |
| 2.1.1 直系同源搜索结果 | 第62-64页 |
| 2.1.2 系统发育谱建立 | 第64-65页 |
| 2.2 结构域预测结果 | 第65-66页 |
| 2.3 跨膜区预测结果 | 第66-68页 |
| 2.4 信号肽预测结果 | 第68-69页 |
| 2.5 糖基化位点预测结果 | 第69-70页 |
| 2.6 蛋白裂解位点预测结果 | 第70-71页 |
| 2.7 与ESX-5分泌系统相互作用蛋白的COG分析结果 | 第71-73页 |
| 3 讨论 | 第73-74页 |
| 第二章 结核分枝杆菌ESX-5分泌系统内PPE25和PE19蛋白T细胞表位的鉴定 | 第74-82页 |
| 1 材料 | 第74-75页 |
| 1.1 菌株、细胞株及实验动物 | 第74页 |
| 1.2 主要试剂 | 第74-75页 |
| 1.3 主要仪器及耗材 | 第75页 |
| 2 方法 | 第75-76页 |
| 2.1 蛋白同源性分析 | 第75页 |
| 2.2 小鼠免疫 | 第75页 |
| 2.3 小鼠脾细胞悬液制备 | 第75页 |
| 2.4 多肽刺激 | 第75页 |
| 2.5 IFN-γ含量测定 | 第75-76页 |
| 3 结果 | 第76-81页 |
| 3.1 PPE25/PPE26/PPE27和PE18/PE19蛋白比对分析 | 第76-78页 |
| 3.2 PPE25蛋白T细胞表位鉴定 | 第78-79页 |
| 3.3 PE19蛋白T细胞表位鉴定 | 第79-81页 |
| 4 讨论 | 第81-82页 |
| 第三章 结核分枝杆菌PPE26蛋白MHC-IT细胞表位的鉴定与PPE26：44-52 CD8~+T细胞杂交瘤的制备 | 第82-91页 |
| 1 材料 | 第82-83页 |
| 1.1 菌株、细胞株及实验动物 | 第82页 |
| 1.2 主要试剂 | 第82页 |
| 1.3 主要仪器及耗材 | 第82-83页 |
| 2 方法 | 第83-86页 |
| 2.1 MHC-I T细胞表位预测 | 第83页 |
| 2.2 表位鉴定 | 第83页 |
| 2.3 动物免疫 | 第83页 |
| 2.4 T淋巴细胞体外刺激 | 第83页 |
| 2.5 细胞融合 | 第83-84页 |
| 2.5.1 收集淋巴细胞 | 第83-84页 |
| 2.5.2 收集BW5147-CD8细胞 | 第84页 |
| 2.5.3 融合 | 第84页 |
| 2.6 饲养细胞的制备 | 第84页 |
| 2.7 添加HAT选择性培养基 | 第84页 |
| 2.8 T细胞杂交瘤的收获 | 第84页 |
| 2.9 阳性T细胞杂交瘤的检测 | 第84-85页 |
| 2.9.1 抗原递呈细胞BMDC的制备 | 第84-85页 |
| 2.9.2 抗原递呈实验 | 第85页 |
| 2.9.3 IL-2含量测定 | 第85页 |
| 2.10 T细胞杂交瘤特性鉴定 | 第85-86页 |
| 2.10.1 多肽特异性鉴定 | 第85页 |
| 2.10.2 杂交瘤细胞MHC限制性鉴定 | 第85-86页 |
| 3 结果 | 第86-89页 |
| 3.1 MHC-I T细胞表位预测 | 第86-87页 |
| 3.2 表位鉴定结果 | 第87页 |
| 3.3 T细胞杂交瘤的筛选 | 第87-88页 |
| 3.4 多肽特异性鉴定 | 第88-89页 |
| 3.5 多肽递呈MHC限制性鉴定 | 第89页 |
| 4 讨论 | 第89-91页 |
| 第四章 结核分枝杆菌PPE25、PPE26、PPE27和PE19蛋白的原核表达及免疫生物学特性研究 | 第91-104页 |
| 1 材料 | 第91-92页 |
| 1.1 菌株、质粒 | 第91页 |
| 1.2 主要试剂 | 第91-92页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第92页 |
| 2 方法 | 第92-97页 |
| 2.1 目的基因的扩增 | 第92-93页 |
| 2.2 克隆载体构建与鉴定 | 第93-94页 |
| 2.3 原核表达载体构建与鉴定 | 第94页 |
| 2.4 融合蛋白的诱导表达 | 第94-95页 |
| 2.5 包涵体变复性 | 第95页 |
| 2.6 融合蛋白纯化 | 第95页 |
| 2.7 表达产物Western-blotting分析 | 第95页 |
| 2.8 融合蛋白体液免疫原性测定 | 第95-96页 |
| 2.9 融合蛋白细胞免疫原性测定 | 第96-97页 |
| 2.9.1 人外周血单个核细胞分离 | 第96页 |
| 2.9.2 抗原刺激 | 第96页 |
| 2.9.3 细胞因子染色 | 第96-97页 |
| 3 结果 | 第97-103页 |
| 3.1 重组表达质粒的构建与鉴定 | 第97-98页 |
| 3.2 融合蛋白的表达与纯化 | 第98-99页 |
| 3.3 Western-blotting分析结果 | 第99-100页 |
| 3.4 融合蛋白体液免疫原性测定结果 | 第100-101页 |
| 3.5 融合蛋白细胞免疫原性测定结果 | 第101-103页 |
| 4 讨论 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-108页 |
| 全文总结 | 第108-109页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
