| 中文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-36页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第12-13页 |
| 1.2 文献综述 | 第13-35页 |
| 1.2.1 非编码RNA的定义 | 第13页 |
| 1.2.2 非编码RNA的分类 | 第13-16页 |
| 1.2.2.1 依据分子大小分类 | 第13-15页 |
| 1.2.2.2 依据表达模式分类 | 第15-16页 |
| 1.2.2.3 依据细胞功能分类 | 第16页 |
| 1.2.3 核仁小RNA | 第16-25页 |
| 1.2.3.1 主要核仁小RNA种类与结构特点 | 第18-20页 |
| 1.2.3.2 核仁小RNA的基因组织形式 | 第20页 |
| 1.2.3.3 核仁小RNA功能的研究进展 | 第20-25页 |
| 1.2.4 长链非编码RNA | 第25-32页 |
| 1.2.4.1 类mRNA非编码RNA | 第25页 |
| 1.2.4.2 长链非编码RNA的生物学特性 | 第25-28页 |
| 1.2.4.3 长链ncRNA的生物学功能 | 第28-31页 |
| 1.2.4.4 长链非编码RNA进化来源 | 第31-32页 |
| 1.2.5 非编码RNA基因在猪中的研究进展 | 第32-34页 |
| 1.2.5.1 参与猪骨骼肌生长发育的短链非编码RNA | 第32-34页 |
| 1.2.5.2 参与猪骨骼肌生长发育的长链非编码RNA | 第34页 |
| 1.2.6 现阶段对猪类非编码RNA基因研究的不足 | 第34-35页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第35-36页 |
| 1.3.1 目的 | 第35页 |
| 1.3.2 意义 | 第35-36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-53页 |
| 2.1 实验材料 | 第36-40页 |
| 2.1.1 组织样品、细胞系、感受态菌株 | 第36页 |
| 2.1.1.1 组织样品 | 第36页 |
| 2.1.1.2 细胞系 | 第36页 |
| 2.1.1.3 感受态菌株 | 第36页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第36-38页 |
| 2.1.3 引物和接头序列 | 第38-39页 |
| 2.1.3.1 核仁小RNA特异性cDNA文库接头与引物 | 第38页 |
| 2.1.3.2 核仁小RNA逆转录接头引物与定量引物 | 第38-39页 |
| 2.1.3.3 长链非编码RNA基因定量、半定量试验引物 | 第39页 |
| 2.1.4 主要药品、试剂及溶液的配制 | 第39-40页 |
| 2.1.4.1 主要药品、试剂 | 第39页 |
| 2.1.4.2 溶液的配制 | 第39-40页 |
| 2.1.5 主要分子生物学软件 | 第40页 |
| 2.1.6 在线生物信息学数据库 | 第40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-53页 |
| 2.2.1 核仁小RNA特异cDNA文库构建 | 第40-43页 |
| 2.2.2 猪核仁小RNA新基因分离与预测方法 | 第43-45页 |
| 2.2.2.1 通过文库测序获取新核仁小RNA基因 | 第43-44页 |
| 2.2.2.2 通过生物信息学预测新核仁小RNA基因 | 第44-45页 |
| 2.2.3 猪核仁小RNA新基因的生物信息学分析 | 第45-47页 |
| 2.2.3.1 文库测序所得核仁小RNA新基因的序列特征分析 | 第45页 |
| 2.2.3.2 核仁小RNA新基因的染色体定位 | 第45-46页 |
| 2.2.3.3 核仁小RNA基因的基因组织形式 | 第46页 |
| 2.2.3.4 核仁小RNA新基因功能预测 | 第46-47页 |
| 2.2.4 猪新核仁小RNA基因的表达模式分析 | 第47-48页 |
| 2.2.4.1 核仁小RNA基因定量PCR步骤与参数 | 第47页 |
| 2.2.4.2 荧光定量数据分析 | 第47-48页 |
| 2.2.5 猪mRNA-like非编码RNA基因的分离预测 | 第48-49页 |
| 2.2.5.1 拼接产物的获取 | 第48页 |
| 2.2.5.2 mRNA-like非编码RNA基因的筛选与确认 | 第48-49页 |
| 2.2.6 猪mRNA-like非编码RNA基因的生物信息学分析 | 第49页 |
| 2.2.6.1 mRNA-like非编码RNA基因染色体定位 | 第49页 |
| 2.2.6.2 mRNA-like非编码RNA基因物种间保守性分析 | 第49页 |
| 2.2.6.3 mRNA-like非编码RNA基因编码microRNA潜力预测 | 第49页 |
| 2.2.7 5'RACE PCR | 第49-51页 |
| 2.2.8 全长mRNA-like非编码RNA基因的蛋白编码能力检测 | 第51页 |
| 2.2.9 猪mRNA-like非编码RNA基因的定量、半定量分析 | 第51-53页 |
| 3 结果 | 第53-74页 |
| 3.1 猪新核仁小RNA基因分离预测结果 | 第53-56页 |
| 3.1.1 文库测序结果 | 第53-56页 |
| 3.1.1.1 随机挑取克隆的测序结果 | 第53-54页 |
| 3.1.1.2 测序所得新核仁小RNA基因种类与丰度分布 | 第54-56页 |
| 3.1.2 部分基因组搜索预测核仁小RNA基因结果 | 第56页 |
| 3.2 新核仁小RNA基因生物信息学分析结果 | 第56-65页 |
| 3.2.1 新核仁小RNA基因特征鉴定 | 第56-59页 |
| 3.2.1.1 长度与GC含量分布 | 第56-58页 |
| 3.2.1.2 序列元件的碱基多样性 | 第58-59页 |
| 3.2.2 新核仁小RNA基因基因组定位 | 第59-60页 |
| 3.2.3 新核仁小RNA基因的基因组织形式 | 第60-63页 |
| 3.2.4 猪核仁小RNA基因的基因功能预测 | 第63-65页 |
| 3.2.4.1 猪核仁小RNA基因可能靶标RNA序列的获得 | 第63页 |
| 3.2.4.2 猪核仁小RNA基因引导序列的确定 | 第63-64页 |
| 3.2.4.3 猪核仁小RNA基因指导修饰位点的确定 | 第64-65页 |
| 3.3 猪核仁小RNA基因的肌肉发育特异性表达模式 | 第65-66页 |
| 3.4 猪mRNA-like非编码RNA基因的分离与预测 | 第66-67页 |
| 3.4.1 拼接结果 | 第66页 |
| 3.4.2 筛选结果 | 第66-67页 |
| 3.5 猪mRNA-like非编码RNA基因命名规则与GenBank编号 | 第67-68页 |
| 3.6 猪mRNA-like非编码RNA基因的生物信息学分析 | 第68-71页 |
| 3.6.1 mRNA-like非编码RNA基因染色体定位分析 | 第68-69页 |
| 3.6.1.1 染色体定位结果 | 第68页 |
| 3.6.1.2 基因组织形式 | 第68-69页 |
| 3.6.2 mRNA-like非编码RNA的物种间保守性分析结果 | 第69-70页 |
| 3.6.2.1 典型mRNA-like非编码RNA基因的选择 | 第69页 |
| 3.6.2.2 mRNA-like非编码RNA基因的物种保守性分析结果 | 第69-70页 |
| 3.6.3 猪mRNA-like非编码RNA基因的潜在功能:pre-microRNA | 第70-71页 |
| 3.7 猪mRNA-like非编码RNA基因全长cDNA序列获取 | 第71-72页 |
| 3.8 猪mRNA-like非编码RNA基因的组织表达谱 | 第72-74页 |
| 4 讨论 | 第74-81页 |
| 4.1 提高文库构建与克隆测序效率的方法 | 第74-75页 |
| 4.2 部分基因组预测策略的理论依据 | 第75页 |
| 4.3 研究核仁小RNA基因组织形式的意义 | 第75-77页 |
| 4.3.1 有利于猪基因组信息的解读 | 第75-76页 |
| 4.3.2 对猪核仁小RNA基因进化的启示 | 第76-77页 |
| 4.4 猪核仁小RNA与核仁组织区在染色体定位上的联系 | 第77-78页 |
| 4.5 猪核仁小RNA的功能分析中的不足 | 第78页 |
| 4.6 猪核仁小RNA基因表达模式特点探讨 | 第78-79页 |
| 4.7 猪mRNA-like非编码RNA基因群体的来源及代表性 | 第79页 |
| 4.8 验证猪mRNA-like非编码RNA基因蛋白编码潜力的方法 | 第79页 |
| 4.9 猪mRNA-like非编码RNA基因低种间保守性与表观遗传学 | 第79-80页 |
| 4.10 猪mRNA-like非编码RNA基因蛋白表达模式的探讨 | 第80-81页 |
| 5 小结 | 第81-83页 |
| 5.1 本研究的主要结果与结论 | 第81页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第81-82页 |
| 5.3 本研究的不足和进一步的研究建议 | 第82-83页 |
| 5.3.1 本研究有待改进之处 | 第82页 |
| 5.3.2 进一步的研究建议 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-92页 |
| 附录 | 第92-157页 |
| 附录1 120个核仁小RNA基因序列 | 第92-101页 |
| 附录2 核仁小RNA基因的染色体定位 | 第101-105页 |
| 附录3 核仁小RNA基因在猪体内预测鉴定的靶基因、同功基因以及引导序列 | 第105-109页 |
| 附录4 新核仁小RNA基因在部分靶标RNA上的修饰位点 | 第109-118页 |
| 附录5 93个猪mRNA-like非编码RNA基因序列 | 第118-154页 |
| 附录6 72个猪mRNA-like非编码RNA基因的染色体定位结果 | 第154-157页 |
| 攻读学位期间撰写论文题录 | 第157-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
