| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 前言 | 第8-15页 |
| 1.1 转录组与RNA-Seq | 第8-11页 |
| 1.2 RNA-Seq测序技术的应用 | 第11-13页 |
| 1.2.1 转录本表达定量 | 第11页 |
| 1.2.2 转录本结构分析 | 第11-12页 |
| 1.2.3 RNA-Seq在医药和临床方面的应用 | 第12-13页 |
| 1.3 RNA-Seq面临的挑战 | 第13页 |
| 1.4 ERCC外源标准RNA | 第13-14页 |
| 1.5 MAQC/SEQC研究计划 | 第14页 |
| 1.6 课题介绍 | 第14-15页 |
| 第2章 材料与方法 | 第15-25页 |
| 2.1 总RNA提取与处理 | 第15-18页 |
| 2.1.1 总RNA提取 | 第15-17页 |
| 2.1.2 总RNA定量和质量评估 | 第17页 |
| 2.1.3 在总RNA中定量加入ERCC Mix1和Mix2 | 第17-18页 |
| 2.2 mRNA富集与cDNA文库构建 | 第18-19页 |
| 2.3 Illumina平台测序 | 第19-20页 |
| 2.4 测序数据分析方法及工具介绍 | 第20-25页 |
| 2.4.1 测序原始序列的预处理 | 第22页 |
| 2.4.2 ERCC读段比对与表达值的均一化 | 第22-23页 |
| 2.4.3 比对获得的ERCC读段数占总读段数的比例计算 | 第23页 |
| 2.4.4 ERCC对内源RNA检测的影响分析 | 第23页 |
| 2.4.5 碱基测序错误分析 | 第23页 |
| 2.4.6 RNA-Seq表达分析 | 第23-25页 |
| 第3章 结果 | 第25-40页 |
| 3.1 ERCC序列的碱基测序错误评估 | 第25-26页 |
| 3.2 ERCC读段数占测序总读段数的比例 | 第26-31页 |
| 3.3 ERCC对内源RNA的影响 | 第31页 |
| 3.4 影响RNA-Seq实验结果的主要因素分析 | 第31-34页 |
| 3.5 mRNA富集方法对于RNA-Seq定量的影响 | 第34-35页 |
| 3.6 样本中ERCC转录本的差异表达分析 | 第35-37页 |
| 3.7 测序深度影响不同样本ERCC表达数据的相关性 | 第37-40页 |
| 第4章 讨论 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-47页 |
| 研究生期间发表论文 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
