| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第13-15页 |
| 第一部分 文献综述 | 第15-30页 |
| 第一章 细胞凋亡文献综述 | 第15-24页 |
| 1 细胞凋亡概述 | 第15页 |
| 2 细胞凋亡主要通路 | 第15-19页 |
| 2.1 细胞凋亡的死亡受体途径 | 第16-17页 |
| 2.2 线粒体介导的细胞凋亡途径 | 第17-18页 |
| 2.3 内质网介导细胞凋亡的途径 | 第18页 |
| 2.4 JNK介导的细胞凋亡 | 第18-19页 |
| 3 细胞凋亡与疾病的关系 | 第19-22页 |
| 3.1 感染与细胞凋亡 | 第19-20页 |
| 3.2 器官功能、疾病与细胞凋亡 | 第20-21页 |
| 3.3 凋亡和肿瘤之间的关系 | 第21-22页 |
| 4 心肌细胞凋亡相关进展 | 第22-24页 |
| 第二章 高通量测序技术应用进展 | 第24-30页 |
| 1 测序技术现状 | 第24-25页 |
| 2 高通量测序技术的应用 | 第25-29页 |
| 2.1 全基因组测序 | 第25-27页 |
| 2.2 高通量测序在RNA测序及基因表达调控中的应用 | 第27-29页 |
| 3 高通量测序技术在数字基因表达谱中的应用 | 第29-30页 |
| 第二部分 试验研究 | 第30-69页 |
| 第一章 鸡心肌原代细胞培养鉴定与凋亡诱导试验 | 第30-45页 |
| 1 材料和方法 | 第31-36页 |
| 1.1 试验动物 | 第31页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第31-32页 |
| 1.3 主要试剂及配制 | 第32页 |
| 1.4 鸡心肌原代细胞制备 | 第32-33页 |
| 1.5 心肌细胞免疫组化鉴定 | 第33页 |
| 1.6 心肌细胞的PCR鉴定 | 第33-34页 |
| 1.7 凋亡诱导上限浓度测定 | 第34页 |
| 1.8 凋亡诱导剂量的初步确定 | 第34-36页 |
| 2 试验结果 | 第36-42页 |
| 2.1 鸡心肌细胞培养与鉴定 | 第36-37页 |
| 2.2 DAPI和AO/EB判定凋亡 | 第37-38页 |
| 2.3 过氧化氢凋亡条件试验的结果 | 第38-40页 |
| 2.4 Real-time PCR判定指示凋亡主要指标的改变 | 第40-42页 |
| 3 讨论 | 第42-44页 |
| 3.1 心肌细胞的培养与鉴定 | 第42-43页 |
| 3.2 凋亡诱导条件的探索 | 第43-44页 |
| 4 结论 | 第44-45页 |
| 第二章 转录组测序鉴定过氧化氢诱导的鸡心肌细胞凋亡应答 | 第45-69页 |
| 1 材料和方法 | 第46-52页 |
| 1.1 试验动物 | 第46页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第46-47页 |
| 1.3 主要试剂及配制 | 第47页 |
| 1.4 鸡心肌原代细胞制备 | 第47页 |
| 1.5 鸡心肌细胞凋亡诱导 | 第47-48页 |
| 1.6 总RNA提取 | 第48页 |
| 1.7 RNA质量检测及送样测序 | 第48页 |
| 1.8 测序原始数据、错误率分析、GC含量分布及测序数据过滤 | 第48-49页 |
| 1.9 Reads在基因组mapping以及在染色体上的密度分布 | 第49页 |
| 1.10 RNA-Seq生物学重复的相关性和均一性检查 | 第49-50页 |
| 1.11 可变剪切事件分析 | 第50页 |
| 1.12 SNP分析及新转录本预测 | 第50-51页 |
| 1.13 基因的差异表达筛选 | 第51页 |
| 1.14 差异基因GO富集分析 | 第51-52页 |
| 1.15 差异基因KEGG富集分析 | 第52页 |
| 2 试验结果 | 第52-65页 |
| 2.1 RNA质量鉴定及测序质量鉴定 | 第52-54页 |
| 2.2 Reads在染色体上的密度分布情况 | 第54-55页 |
| 2.3 RNA-Seq各重复组间的相关性 | 第55-56页 |
| 2.4 可变剪切事件分析 | 第56-57页 |
| 2.5 qPCR验证RNA-seq差异表达分析 | 第57-58页 |
| 2.6 差异表达基因的筛选 | 第58-61页 |
| 2.7 差异基因聚类分析 | 第61-62页 |
| 2.8 差异基因GO富集柱状图 | 第62-64页 |
| 2.9 KEGG富集分析 | 第64-65页 |
| 2.10 凋亡差异表达基因的互作（PPI network） | 第65页 |
| 3 讨论 | 第65-68页 |
| 3.1 RNAseq对筛选鸡心肌细胞凋亡应答机制的适用性 | 第65-66页 |
| 3.2 信号通路的筛选 | 第66-67页 |
| 3.3 心肌细胞对过氧化氢诱导的凋亡应答 | 第67页 |
| 3.4 过氧化氢对鸡心肌细胞毒性作用的观察 | 第67-68页 |
| 4 结论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 附录：论文发表情况 | 第85-86页 |
