| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| ·基因组学与生物信息学研究领域概述 | 第14页 |
| ·后基因组时代数量遗传学研究领域的概述 | 第14-15页 |
| ·数量性状研究的难点 | 第14-15页 |
| ·后基因组时代数量遗传学领域的挑战 | 第15页 |
| ·分子育种研究概述 | 第15-16页 |
| ·分子育种研究的内容 | 第15-16页 |
| ·分子育种在动物育种中的应用 | 第16页 |
| ·DNA 分子标记技术研究概述 | 第16-18页 |
| ·DNA 分子标记的概念 | 第16页 |
| ·DNA 分子标记的特点 | 第16页 |
| ·DNA 分子标记技术的发展及其分类 | 第16-18页 |
| ·候选基因SNPs 分析方法概述 | 第18-20页 |
| ·SNPs 技术及其优势 | 第18页 |
| ·本研究筛查SNPs 所采用的方法 | 第18-19页 |
| ·SNPs 筛查方法研究现状及存在的问题 | 第19-20页 |
| ·候选基因研究进展 | 第20-27页 |
| ·NPM1 基因研究进展 | 第20-23页 |
| ·SREBP1c 基因研究进展 | 第23-27页 |
| ·研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| ·肉牛良种育种和牛肉市场需求 | 第27页 |
| ·为我国肉牛分子育种提供理论依据 | 第27-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-38页 |
| ·试验材料 | 第28-30页 |
| ·用于基因克隆的组织样品的来源 | 第28页 |
| ·用于分子标记的试验动物DNA 样品的来源 | 第28页 |
| ·试验数据的收集与整理 | 第28-29页 |
| ·主要试剂和药品及其来源 | 第29-30页 |
| ·溶液、缓冲液和培养基的配制 | 第30页 |
| ·仪器设备及来源 | 第30页 |
| ·试验方法 | 第30-35页 |
| ·候选基因的克隆 | 第30-31页 |
| ·候选基因SNPs 的筛查 | 第31-35页 |
| ·资料的统计与分析 | 第35-38页 |
| ·等位基因频率和基因型频率的计算 | 第35页 |
| ·基因型频率的x~2 独立性检验 | 第35页 |
| ·位点遗传纯合度、杂合度和有效等位基因数计算 | 第35页 |
| ·多态信息含量计算 | 第35页 |
| ·Hardy-Weinberg 平衡检测 | 第35页 |
| ·遗传标记的连锁不平衡分析 | 第35-36页 |
| ·遗传标记与性状的关联分析统计模型 | 第36-38页 |
| 第三章 黄牛NPM1 基因的克隆、鉴定及生物信息学分析 | 第38-42页 |
| ·黄牛NPM1 基因的克隆与鉴定 | 第38-41页 |
| ·总RNA 的提取与检测 | 第38页 |
| ·黄牛NPM1 基因CDS 区的克隆与序列鉴定 | 第38-39页 |
| ·不同组织表达规律 | 第39-41页 |
| ·黄牛NPM1 基因的生物信息学分析 | 第41-42页 |
| ·牛NPM1 基因与其它动物NPM1 基因CDS 序列的同源性比较 | 第41页 |
| ·牛NPM1 基因与其它动物的氨基酸序列的遗传进化树分析 | 第41-42页 |
| 第四章 候选基因遗传变异检测 | 第42-57页 |
| ·黄牛基因组DNA 样品的检测 | 第42页 |
| ·黄牛NPM1 基因SNPs 检测 | 第42-48页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳检测 | 第42-43页 |
| ·黄牛混合DNA 池测序分析 | 第43-45页 |
| ·NPM1 基因的PCR-SSCP 检测 | 第45页 |
| ·NPM1 基因突变的Forced PCR-RFLP 检测 | 第45-47页 |
| ·NPM1 基因12bp 缺失突变的聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测 | 第47-48页 |
| ·黄牛SREBP1c 基因SNPs 检测 | 第48-57页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳检测 | 第48-50页 |
| ·黄牛混合DNA 池测序分析 | 第50-53页 |
| ·SREBP1c 基因突变的PCR-RFLP 检测 | 第53-54页 |
| ·SREBP1c 基因突变的Forced PCR-RFLP 检测 | 第54-55页 |
| ·SREBP1c 基因84bp 缺失突变的琼脂糖凝胶电泳检测 | 第55-57页 |
| 第五章 候选基因多态位点的群体遗传学分析 | 第57-69页 |
| ·黄牛NPM1 基因 | 第57-60页 |
| ·NPM1 基因236C>G 突变位点 | 第57-58页 |
| ·NPM1 基因516G>A 突变位点 | 第58-59页 |
| ·NPM1 基因634bp～645bp 之间12bp 缺失突变位点 | 第59-60页 |
| ·黄牛SREBP1c 基因 | 第60-65页 |
| ·SREBP1c 基因9807G>A（Exon 7）突变位点 | 第60-61页 |
| ·SREBP1c 基因9938bp～10021bp 之间84bp 缺失（Intron 7）突变位点 | 第61-62页 |
| ·SREBP1c 基因10781C>G（Exon 9）突变位点 | 第62-63页 |
| ·SREBP1c 基因10914G>A（Exon 9）突变位点 | 第63-65页 |
| ·候选基因多态位点的连锁不平衡分析 | 第65-69页 |
| ·NPM1 基因多态位点的连锁不平衡分析 | 第65-66页 |
| ·SREBP1c 基因多态位点的连锁不平衡分析 | 第66-69页 |
| 第六章 候选基因多态性与三个黄牛品种主要生长性状关联分析 | 第69-89页 |
| ·候选基因的SNPs 与南阳牛主要生长性状的关联分析 | 第69-77页 |
| ·南阳牛群体内NPM1 基因的SNPs 与主要生长性状的关联分析 | 第69-72页 |
| ·南阳牛群体内SREBP1c 基因SNPs 与主要生长性状的关联分析 | 第72-77页 |
| ·候选基因的SNPs 与秦川牛主要生长性状的关联分析 | 第77-81页 |
| ·秦川牛群体内NPM1 基因的SNPs 与主要生长性状的关联分析 | 第77-79页 |
| ·秦川牛群体内SREBP1c 基因SNPs 与主要生长性状的关联分析 | 第79-81页 |
| ·候选基因的SNPs 与郏县红牛主要生长性状的关联分析 | 第81-89页 |
| ·郏县红牛群体内NPM1 基因的SNPs 与主要生长性状的关联分析 | 第81-85页 |
| ·郏县红牛群体内SREBP1c 基因SNPs 与主要生长性状的关联分析 | 第85-89页 |
| 第七章 讨论 | 第89-92页 |
| ·关于黄牛不同组织总RNA 的提取 | 第89页 |
| ·关于组织样品的采集和保存 | 第89页 |
| ·关于高质量总RNA 的提取过程与质量的控制 | 第89页 |
| ·关于黄牛NPM1 基因的克隆 | 第89-90页 |
| ·关于候选基因的多态性 | 第90页 |
| ·关于NPM1 基因多态性 | 第90页 |
| ·关于SREBP1c 基因多态性 | 第90页 |
| ·候选基因的SNPs 与动物有关性状的关联分析 | 第90-92页 |
| ·NPM1 的SNPs 与动物有关性状的关联分析 | 第90-91页 |
| ·SREBP1c 的SNPs 与动物有关性状的关联分析 | 第91-92页 |
| 第八章 结论与创新点 | 第92-94页 |
| ·结论 | 第92-93页 |
| ·黄牛NPM1 基因的克隆、鉴定及生物信息学分析 | 第92页 |
| ·NPM1 基因在4 个黄牛品种中的多态性分析 | 第92页 |
| ·NPM1 基因SNPs 与3 个黄牛品种生长性状的关联分析 | 第92页 |
| ·SREBP1c 基因在4 个牛品种中的多态性分析 | 第92-93页 |
| ·SREBP1c 基因SNPs 与3 个黄牛品种生长性状的关联分析 | 第93页 |
| ·创新点 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-97页 |
| 附录 | 第97-109页 |
| 附表 | 第109-112页 |
| 附图 | 第112-116页 |
| 缩略词 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 作者简介 | 第119-120页 |
