| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-23页 |
| 1.1 植物病毒概述 | 第13-18页 |
| 1.1.1 植物病毒的种类 | 第13页 |
| 1.1.2 植物病毒病的危害 | 第13页 |
| 1.1.3 植物病毒病表现的症状 | 第13-14页 |
| 1.1.4 植物病毒的检测和诊断技术 | 第14-18页 |
| 1.2 病毒诱导的花叶呈色机理研究进展 | 第18-20页 |
| 1.2.1 病毒诱导彩叶植物的色素变化 | 第18页 |
| 1.2.2 病毒诱导彩叶植物质体结构的影响 | 第18-19页 |
| 1.2.3 转录组测序在花叶呈色机理中的应用 | 第19页 |
| 1.2.4 叶色合成途径的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3 主要创新点 | 第20-21页 |
| 1.4 课题研究的主要技术路线 | 第21页 |
| 1.5 课题研究意义与目的 | 第21-23页 |
| 第二章 滇山茶花叶病毒的鉴定 | 第23-41页 |
| 2.1 前言 | 第23页 |
| 2.2 材料 | 第23-24页 |
| 2.2.1 植物材料 | 第23页 |
| 2.2.2 试剂和仪器 | 第23-24页 |
| 2.2.3 缓冲液配方 | 第24页 |
| 2.3 方法 | 第24-26页 |
| 2.3.1 电子显微镜负染检测法 | 第24页 |
| 2.3.2 两步法提取RNA | 第24-25页 |
| 2.3.3 TRIZOL法 | 第25页 |
| 2.3.4 Promega-RNA试剂盒法 | 第25页 |
| 2.3.5 小RNA深度测序技术 | 第25页 |
| 2.3.6 RT-PCR | 第25-26页 |
| 2.3.7 测序及序列比对 | 第26页 |
| 2.4 结果及分析 | 第26-37页 |
| 2.4.1 病毒的电镜诊断 | 第26页 |
| 2.4.2 总RNA提取 | 第26-27页 |
| 2.4.3 小RNA深度测序 | 第27-28页 |
| 2.4.4 滇山茶小RNA的数据处理及分析 | 第28页 |
| 2.4.5 滇山茶小RNA深度测序比对分析 | 第28-33页 |
| 2.4.6 病毒鉴定 | 第33-37页 |
| 2.5 讨论 | 第37-41页 |
| 2.5.1 电镜鉴定滇山茶花叶病毒的优缺点 | 第37页 |
| 2.5.2 样品质量对小RNA深度测序检测病毒的关键性 | 第37-38页 |
| 2.5.3 小RNA深度测序技术应用于植物病毒鉴定的优势和不足 | 第38-41页 |
| 第三章 滇山茶呈色机理研究 | 第41-73页 |
| 3.1 前言 | 第41页 |
| 3.2 材料 | 第41页 |
| 3.3 方法 | 第41-42页 |
| 3.3.1 RNA提取 | 第41页 |
| 3.3.2 滇山茶RNA样品检测 | 第41-42页 |
| 3.3.3 滇山茶RNA文库构建和质检 | 第42页 |
| 3.3.4 生物信息学分析 | 第42页 |
| 3.3.5 转录组测序数据组装 | 第42页 |
| 3.3.6 转录组测序文库质量评估 | 第42页 |
| 3.4 滇山茶转录组分析 | 第42-63页 |
| 3.4.1 RNA提取 | 第42-43页 |
| 3.4.2 原始数据的检测统计与测序文库质量分析 | 第43-47页 |
| 3.4.3 滇山茶的差异表达基因的Unigene功能注释 | 第47-48页 |
| 3.4.4 滇山茶的基因表达量分析与差异表达分析 | 第48-51页 |
| 3.4.5 滇山茶差异表达基因聚类分析及评价 | 第51-52页 |
| 3.4.6 滇山茶花叶与绿叶的差异表达基因功能注释和富集分析 | 第52-63页 |
| 3.5 叶色相关途径表达分析 | 第63-71页 |
| 3.5.1 类黄酮生物合成途径的叶色基因分析 | 第64-67页 |
| 3.5.2 卟啉和叶绿素合成途径的叶色基因分析 | 第67-69页 |
| 3.5.3 类胡萝卜素合成途径的叶色基因分析 | 第69-71页 |
| 3.6 讨论 | 第71-73页 |
| 3.6.1 滇山茶转录组学的研究 | 第71页 |
| 3.6.2 滇山茶呈色机理的代谢途径解析 | 第71-73页 |
| 第四章 结论与展望 | 第73-75页 |
| 4.1 全文主要工作及结论 | 第73-74页 |
| 4.2 存在的问题及展望 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 附录 | 第83页 |
