| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-30页 |
| 1 miRNA发现 | 第12-13页 |
| 2 miRNA的体内生成机制 | 第13-17页 |
| ·pre-miRNA生成过程 | 第13-16页 |
| ·miRNA成熟体的生成过程 | 第16页 |
| ·miRNA生成过程的调节 | 第16-17页 |
| ·RNA诱导的沉默复合体 | 第17页 |
| 3 miRNA作用机制 | 第17-21页 |
| ·miRNA介导的mRNA抑制作用 | 第18-20页 |
| ·miRNA介导的mRNA的降解 | 第20-21页 |
| 4 miRNA鉴定及研究方法 | 第21-25页 |
| ·cDNA克隆测序 | 第21-22页 |
| ·杂交检测技术 | 第22-23页 |
| ·生物信息学预测 | 第23-24页 |
| ·高通量测序 | 第24-25页 |
| 5 动物中miRNA的鉴定与功能研究 | 第25-27页 |
| ·miRNA在猪中的研究 | 第26页 |
| ·miRNA在反刍动物中的研究 | 第26-27页 |
| ·miRNA在家禽中的研究 | 第27页 |
| 6 本研究的目的意义及主要研究内容 | 第27-30页 |
| 第二章 猪miRNA文库构建及高通量测序 | 第30-53页 |
| 1 前言 | 第30页 |
| 2 材料与方法 | 第30-42页 |
| ·试验材料 | 第30-33页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第33-35页 |
| ·试验方法 | 第35-42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-49页 |
| ·性别鉴定 | 第42-43页 |
| ·总RNA甲醛变性琼脂糖电泳 | 第43页 |
| ·总RNA pool的毛细管电泳 | 第43-44页 |
| ·测序结果 | 第44-49页 |
| 4 讨论 | 第49-53页 |
| ·试验样本的选择 | 第49-50页 |
| ·检测方法的选择 | 第50-51页 |
| ·测序质量 | 第51-53页 |
| 第三章 猪miRNA转录组的特征分析 | 第53-92页 |
| 1 前言 | 第53-54页 |
| 2 材料与方法 | 第54-58页 |
| ·分析平台 | 第54页 |
| ·分析用数据库 | 第54-55页 |
| ·分析流程 | 第55-58页 |
| ·猪miRNA簇分析 | 第58页 |
| 3 结果与分析 | 第58-86页 |
| ·miRNA分类概述 | 第58-64页 |
| ·猪已知的miRNA | 第64-72页 |
| ·序列的isomiR | 第72-77页 |
| ·miRNA簇 | 第77-80页 |
| ·染色体分布 | 第80-84页 |
| ·miRNA种子序列家族 | 第84页 |
| ·猪let-7家族 | 第84-86页 |
| 4 讨论 | 第86-92页 |
| ·miRNA高通量测序的数据分析 | 第86-87页 |
| ·猪完整miRNA的发掘 | 第87-88页 |
| ·pre-miRNA在基因组中的分布特征 | 第88-89页 |
| ·位于X染色体的miRNA | 第89-90页 |
| ·miRNA和miRNA~* | 第90-92页 |
| 第四章 猪出生前后的miRNA转录组差异 | 第92-100页 |
| 1 前言 | 第92页 |
| 2 材料与方法 | 第92页 |
| 3 结果与分析 | 第92-98页 |
| ·各阶段的序列表达水平 | 第92-93页 |
| ·unique miRNA在猪不同发育阶段的表达情况 | 第93-94页 |
| ·miRNA表达的保守性和共表达 | 第94-95页 |
| ·猪miRNA在出生前和出生后的表达差异 | 第95-98页 |
| 4 讨论 | 第98-100页 |
| 第五章 Q-PCR验证高通量测序技术的准确性 | 第100-110页 |
| 1 前言 | 第100页 |
| 2 材料与方法 | 第100-105页 |
| 2. 1 试验材料 | 第100-101页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第101页 |
| ·试验方法 | 第101-105页 |
| 3 结果与分析 | 第105-109页 |
| 4 讨论 | 第109-110页 |
| 第六章 结论与展望 | 第110-111页 |
| 1 主要结论 | 第110页 |
| 2 下一步要进行的工作 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| 博士在读期间发表的论文 | 第126-127页 |
| 附录 | 第127-168页 |
| 附件1 检测到的unique miRNA | 第127-154页 |
| 附件2 映射到前体发夹结构环上的序列 | 第154-155页 |
| 附件3 miRNA簇 | 第155-161页 |
| 附件4 种子序列家族 | 第161-168页 |
| 附件5 缩略词 | 第168页 |