基于BWT的配对测序数据重叠群生成算法研究与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-18页 |
| 1.1 课题来源 | 第8页 |
| 1.2 课题背景 | 第8-11页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第11页 |
| 1.4 国内外研究现状分析 | 第11-15页 |
| 1.5 论文主要研究内容 | 第15-18页 |
| 第2章 重叠群生成建模与分析 | 第18-27页 |
| 2.1 数据来源与类型 | 第18-23页 |
| 2.2 问题建模 | 第23-25页 |
| 2.3 模型求解 | 第25-26页 |
| 2.3.1 关联read获取 | 第25页 |
| 2.3.2 延伸read选择 | 第25-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章模糊匹配拼接算法 | 第27-47页 |
| 3.1 算法流程 | 第27-29页 |
| 3.2 实验数据筛选 | 第29页 |
| 3.3 利用BWT获取交叠read集合 | 第29-36页 |
| 3.3.1 BWT原理 | 第29-32页 |
| 3.3.2 BWT与索引建立 | 第32-34页 |
| 3.3.3 BWT匹配 | 第34-35页 |
| 3.3.4 还原有效交叠read集合 | 第35-36页 |
| 3.4 基于决策树的contig延伸策略 | 第36-42页 |
| 3.4.1 read片段聚类 | 第37-39页 |
| 3.4.2 聚类k值选取 | 第39-40页 |
| 3.4.3 决策树搜索策略 | 第40-42页 |
| 3.5 全局回退策略 | 第42-44页 |
| 3.6 contig合并与修正 | 第44-45页 |
| 3.7 算法复杂度分析 | 第45页 |
| 3.8 本章小结 | 第45-47页 |
| 第4章 拼接系统实现 | 第47-56页 |
| 4.1 系统总体流程 | 第47-49页 |
| 4.2 基于决策树的contig延伸策略实现 | 第49-53页 |
| 4.2.1 read片段聚类实现 | 第50-52页 |
| 4.2.2 决策树搜索策略实现 | 第52-53页 |
| 4.3 全局回退策略实现 | 第53-54页 |
| 4.4 可视化接口 | 第54-55页 |
| 4.5 本章小结 | 第55-56页 |
| 第5章 实验方案与结果讨论 | 第56-60页 |
| 5.1 实验数据 | 第56页 |
| 5.2 实验环境 | 第56页 |
| 5.3 评价标准 | 第56-57页 |
| 5.4 实验方案 | 第57-58页 |
| 5.5 结果与讨论 | 第58-59页 |
| 5.6 本章小结 | 第59-60页 |
| 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及其它成果 | 第65-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
