| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 1 概述 | 第16-23页 |
| 1.1 文献综述 | 第16-21页 |
| 1.1.1 地下鼠与低氧适应 | 第16-17页 |
| 1.1.2 低氧应答的分子机制 | 第17-19页 |
| 1.1.3 转录组测序技术及其应用 | 第19-21页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第21-22页 |
| 1.3 研究内容 | 第22-23页 |
| 2 棕色田鼠洞道系统结构与环境参数测定 | 第23-31页 |
| 2.1 前言 | 第23-24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-25页 |
| 2.2.1 研究地点概况 | 第24页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第24页 |
| 2.2.3 棕色田鼠洞道结构调查 | 第24-25页 |
| 2.2.4 棕色田鼠洞道环境参数测定 | 第25页 |
| 2.2.5 数据处理与分析 | 第25页 |
| 2.3 结果 | 第25-29页 |
| 2.3.1 棕色田鼠洞道系统结构 | 第25-26页 |
| 2.3.2 棕色田鼠洞道温、湿度参数 | 第26-27页 |
| 2.3.3 棕色田鼠洞道氧气含量 | 第27-28页 |
| 2.3.4 棕色田鼠洞道二氧化碳含量与氧含量相关性 | 第28-29页 |
| 2.4 讨论 | 第29-31页 |
| 3 基于线粒体基因组的棕色田鼠与布氏田鼠分类研究 | 第31-40页 |
| 3.1 前言 | 第31-32页 |
| 3.2 材料与方法 | 第32-33页 |
| 3.2.1 数据收集 | 第32-33页 |
| 3.2.2 基于Cytb基因的系统进化分析 | 第33页 |
| 3.2.3 基于线粒体全基因组序列的系统进化分析 | 第33页 |
| 3.3 结果 | 第33-39页 |
| 3.3.1 基于Cytb的棕色田鼠与布氏田鼠分类地位 | 第33-36页 |
| 3.3.2 基于线粒体全基因组序列的系统进化分析 | 第36-39页 |
| 3.4 讨论 | 第39-40页 |
| 4 棕色田鼠和布氏田鼠低氧处理及脑组织转录组测定 | 第40-57页 |
| 4.1 前言 | 第40-41页 |
| 4.2 研究方法 | 第41-44页 |
| 4.2.1 研究对象 | 第41页 |
| 4.2.2 低氧处理 | 第41-42页 |
| 4.2.3 RNA提取及质控 | 第42页 |
| 4.2.4 cDNA文库构建及测序 | 第42-43页 |
| 4.2.5 测序数据质控 | 第43页 |
| 4.2.6 棕色田鼠与布氏田鼠无参转录本拼接 | 第43-44页 |
| 4.2.7 转录本unigene集注释 | 第44页 |
| 4.3 结果 | 第44-54页 |
| 4.3.1 RNA提取及质控 | 第44页 |
| 4.3.2 测序数据质控 | 第44-46页 |
| 4.3.3 棕色田鼠无参转录组拼接与注释 | 第46-50页 |
| 4.3.4 布氏田鼠无参转录组拼接与注释 | 第50-54页 |
| 4.4 讨论 | 第54-57页 |
| 4.4.1 无参转录组拼接 | 第54-55页 |
| 4.4.2 无参转录组注释 | 第55-56页 |
| 4.4.3 棕色田鼠和布氏田鼠转录组结构比较分析 | 第56-57页 |
| 5 慢性低氧下棕色田鼠与布氏田鼠脑组织转录组差异表达分析 | 第57-84页 |
| 5.1 前言 | 第57-58页 |
| 5.2 材料与方法 | 第58-61页 |
| 5.2.1 研究对象 | 第58页 |
| 5.2.2 各样本转录组表达量统计 | 第58-59页 |
| 5.2.3 各处理组内样本重复性分析 | 第59页 |
| 5.2.4 差异表达基因筛选及注释 | 第59页 |
| 5.2.5 GO富集分析 | 第59-60页 |
| 5.2.6 KEGG富集分析 | 第60页 |
| 5.2.7 Gene-Pathway网络及蛋白互作网络分析 | 第60-61页 |
| 5.2.8 转录组结果的RT-qPCR验证 | 第61页 |
| 5.3 结果 | 第61-82页 |
| 5.3.1 慢性低氧下棕色田鼠脑组织转录组差异表达分析 | 第61-70页 |
| 5.3.2 慢性低氧下布氏田鼠脑组织转录组差异表达分析 | 第70-77页 |
| 5.3.3 慢性低氧下棕色田鼠与布氏田鼠脑组织差异表达基因比较 | 第77-80页 |
| 5.3.4 转录组结果的RT-qPCR验证 | 第80-82页 |
| 5.4 讨论 | 第82-84页 |
| 5.4.1 棕色田鼠慢性低氧适应机制 | 第82页 |
| 5.4.2 布氏田鼠慢性低氧适应机制 | 第82-84页 |
| 6 急性低氧下棕色田鼠与布氏田鼠脑组织转录组差异表达分析 | 第84-109页 |
| 6.1 前言 | 第84-85页 |
| 6.2 材料与方法 | 第85页 |
| 6.2.1 研究对象 | 第85页 |
| 6.2.2 生物信息学分析 | 第85页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第85-107页 |
| 6.3.1 棕色田鼠脑组织急性低氧转录组差异表达分析 | 第85-94页 |
| 6.3.2 布氏田鼠脑组织急性低氧转录组差异表达分析 | 第94-103页 |
| 6.3.3 棕色田鼠与布氏田鼠脑组织急性低氧差异表达基因比较分析 | 第103-106页 |
| 6.3.4 转录组结果的RT-qPCR验证 | 第106-107页 |
| 6.4 讨论 | 第107-109页 |
| 6.4.1 棕色田鼠急性低氧应答模式 | 第107-108页 |
| 6.4.2 布氏田鼠急性低氧应答机制 | 第108-109页 |
| 7 棕色田鼠全基因组测序、初步组装及分析 | 第109-118页 |
| 7.1 前言 | 第109-110页 |
| 7.2 材料与方法 | 第110-112页 |
| 7.2.1 研究对象 | 第110页 |
| 7.2.2 DNA样品提取、检验、文库构建及测序 | 第110页 |
| 7.2.3 基因组组装 | 第110-111页 |
| 7.2.4 基因组注释 | 第111-112页 |
| 7.2.5 有参与无参转录组结果的一致性分析 | 第112页 |
| 7.3 结果 | 第112-117页 |
| 7.3.1 DNA样本检验、文库构建及测序 | 第112-113页 |
| 7.3.2 基因组组装 | 第113-114页 |
| 7.3.3 基因组注释 | 第114-116页 |
| 7.3.4 有参与无参转录组结果的一致性分析 | 第116-117页 |
| 7.4 讨论 | 第117-118页 |
| 8 棕色田鼠和布氏田鼠转录组及基因组数据库构建 | 第118-126页 |
| 8.1 前言 | 第118-119页 |
| 8.2 材料与方法 | 第119-120页 |
| 8.2.1 操作环境 | 第119页 |
| 8.2.2 数据的本地存储与管理 | 第119-120页 |
| 8.2.3 本地BLAST数据库构建及界面可视化 | 第120页 |
| 8.2.4 数据库局域网共享的实现 | 第120页 |
| 8.3 结果 | 第120-124页 |
| 8.3.1 数据的本地存储与管理 | 第120-122页 |
| 8.3.2 本地BLAST数据库构建及界面可视化 | 第122-123页 |
| 8.3.3 数据库局域网共享的实现 | 第123-124页 |
| 8.4 讨论 | 第124-126页 |
| 9 全文总结 | 第126-129页 |
| 参考文献 | 第129-145页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文及研究成果 | 第145-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
