| 中文摘要 | 第9-11页 |
| 英文摘要 | 第11-12页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 第一部分 重症肺结核表达谱芯片检测 | 第15-42页 |
| 一 研究对象 | 第15-16页 |
| 1. 入选标准 | 第15页 |
| 2. 排除标准 | 第15页 |
| 3. 病例来源 | 第15-16页 |
| 4. 病例临床资料 | 第16页 |
| 二 材料与方法 | 第16-22页 |
| 1. 样本的采集与制备 | 第16-17页 |
| 1.1 仪器与试剂 | 第16-17页 |
| 1.2 PBMC提取方法与步骤 | 第17页 |
| 2. 全基因组基因表达谱芯片检测 | 第17-19页 |
| 2.1 仪器与试剂 | 第17-18页 |
| 2.2 方法与步骤 | 第18-19页 |
| 2.2.1 芯片的类型 | 第18页 |
| 2.2.2 芯片实验的主要步骤 | 第18-19页 |
| 3. 表达谱芯片的分组 | 第19页 |
| 4. 数据分析方法和生物信息学分析 | 第19-22页 |
| 4.1 数据分析软件和系统 | 第19页 |
| 4.2 信号值归一化 | 第19页 |
| 4.3 cluster聚类分析 | 第19-20页 |
| 4.4 差异基因的筛选 | 第20页 |
| 4.5 MAS分子功能注释系统 | 第20-21页 |
| 4.6 GO注释 | 第21-22页 |
| 4.7 统计学方法 | 第22页 |
| 三 结果 | 第22-40页 |
| 1. 芯片样本质检结果 | 第22-23页 |
| 2. Cluster聚类分析结果 | 第23-25页 |
| 2.1 高通量基因表达芯片检测结果Cluster聚类图 | 第23-24页 |
| 2.2 分组比较的散点图 | 第24-25页 |
| 3. 分组比较筛选的差异基因 | 第25-28页 |
| 3.1 轻症肺结核组vs正常健康组 | 第25-26页 |
| 3.2 重症肺结核组vs正常健康组 | 第26-27页 |
| 3.3 重症肺结核组vs轻症肺结核组 | 第27-28页 |
| 4. 差异基因的GO注释 | 第28-40页 |
| 4.1 轻症肺结核组vs正常健康组 | 第28-32页 |
| 4.2 重症肺结核组vs正常健康组 | 第32-36页 |
| 4.3 重症肺结核组vs轻症肺结核组 | 第36-40页 |
| 四 讨论 | 第40-42页 |
| 1. 采用表达谱基因芯片方法研究重症肺结核的意义 | 第40-41页 |
| 2. 芯片结果的可重复性和对芯片结果的评价 | 第41-42页 |
| 第二部分 重症肺结核病人差异表达基因的信号通路分析 | 第42-72页 |
| 一 研究对象 | 第42页 |
| 二 材料与方法 | 第42-43页 |
| 1. 基因表达谱芯片检测结果 | 第42页 |
| 2. 生物信息学分析方法 | 第42-43页 |
| 2.1 MAS分析功能注释系统 | 第42-43页 |
| 2.2 KEGG pathway分析 | 第43页 |
| 3. 统计学方法 | 第43页 |
| 三 结果 | 第43-59页 |
| 1. 差异基因的pathway分析 | 第43-55页 |
| 1.1 轻症肺结核组vs正常健康组 | 第44-45页 |
| 1.2 重症肺结核组vs正常健康组 | 第45-51页 |
| 1.3 重症肺结核组vs轻症肺结核组 | 第51-55页 |
| 2. 通路图与通路网络图 | 第55-58页 |
| 3. 重症肺结核病人参与的信号通路与差异基因 | 第58-59页 |
| 四 讨论 | 第59-72页 |
| 1. 关于信号通路 | 第59-60页 |
| 2. 重症肺结核病人差异基因参与的信号通路分析 | 第60-72页 |
| 2.1 免疫功能紊乱 | 第61-67页 |
| 2.2 组织损伤和重构 | 第67-69页 |
| 2.3 凋亡与杀菌活跃 | 第69-70页 |
| 2.4 物质代谢异常 | 第70-72页 |
| 第三部分 重症肺结核差异基因的验证 | 第72-95页 |
| 实验一 重症肺结核病人差异基因的RT-PCR验证 | 第72-81页 |
| 一 候选基因与引物合成 | 第72-73页 |
| 1. 候选基因 | 第72-73页 |
| 2. 引物设计与合成 | 第73页 |
| 二 材料与方法 | 第73-76页 |
| 1. 仪器与试剂 | 第73-74页 |
| 2. 方法与步骤 | 第74-76页 |
| 2.1 提取RNA | 第74页 |
| 2.2 反转录 | 第74-75页 |
| 2.3 RT-PCR | 第75-76页 |
| 3. 统计学方法 | 第76页 |
| 三 结果 | 第76-81页 |
| 1. 提取RNA电泳结果 | 第77页 |
| 2. 标准曲线 | 第77页 |
| 3. 熔解曲线 | 第77-78页 |
| 4. 扩增曲线 | 第78-79页 |
| 5. 各基因表达水平在重症、轻症、正常人的比较 | 第79-81页 |
| 实验二 ELISA方法验证部分细胞因子 | 第81-89页 |
| 一 仪器与试剂 | 第81页 |
| 二 方法与步骤 | 第81-83页 |
| 1. 留取血浆 | 第81-82页 |
| 2. ELISA检测方法 | 第82-83页 |
| 2.1 设备准备 | 第82页 |
| 2.2 试剂准备 | 第82页 |
| 2.3 操作步骤 | 第82-83页 |
| 3. 统计学分析 | 第83页 |
| 三 结果 | 第83-85页 |
| 四 讨论 | 第85-89页 |
| 1. 验证样本的代表性和可靠性 | 第85页 |
| 2. 验证基因与重症肺结核的关系 | 第85-89页 |
| 2.1 CCL3、CCL4 | 第86页 |
| 2.2 CXCL2 | 第86-87页 |
| 2.3 IL-1β | 第87-89页 |
| 实验三 ELISA法验证基因Jun的蛋白表达量 | 第89-95页 |
| 一 仪器与试剂 | 第89页 |
| 二 方法与步骤 | 第89-91页 |
| 1. 绘制标准曲线 | 第89-90页 |
| 2. ELISA检测c-Jun | 第90-91页 |
| 2.1 试剂准备 | 第90页 |
| 2.2 准备细胞裂解产物 | 第90页 |
| 2.3 测试步骤 | 第90-91页 |
| 3. 统计学分析 | 第91页 |
| 三 结果 | 第91-92页 |
| 1. 标准曲线 | 第91页 |
| 2. 各组测定的光密度值 | 第91-92页 |
| 四 讨论 | 第92-95页 |
| 1. c-Jun/AP-1及其生物学功能 | 第92-93页 |
| 2. c-Jun在重症肺结核病人表达下调的分析 | 第93-95页 |
| 结论 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-112页 |
| 文献综述 重症肺结核免疫病理研究进展 | 第112-126页 |
| 参考文献 | 第117-126页 |
| 附录 基因表达谱芯片的实验方法和步骤 | 第126-134页 |
| 中英文缩略词对照表 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 发表文章 | 第136页 |