| 中文摘要 | 第4-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第9-18页 |
| 1.1 组蛋白去乙酰化酶 | 第9-10页 |
| 1.1.1 组蛋白去乙酰化酶分类 | 第9-10页 |
| 1.1.2 组蛋白去乙酰化酶与肿瘤发生发展关系 | 第10页 |
| 1.2 组蛋白去乙酰化酶抑制剂 | 第10-11页 |
| 1.2.1 组蛋白去乙酰化酶抑制剂分类 | 第10-11页 |
| 1.2.2 组蛋白去乙酰化酶抑制剂作用机制 | 第11页 |
| 1.3 虚拟筛选理论基础和常用软件 | 第11-16页 |
| 1.3.1 虚拟筛选 | 第11-12页 |
| 1.3.2 药效团模型 | 第12-14页 |
| 1.3.3 分子对接 | 第14-15页 |
| 1.3.4 分子动力学模拟 | 第15-16页 |
| 1.4 本文研究目的和内容 | 第16页 |
| 1.5 本文主要贡献 | 第16-18页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第18-24页 |
| 2.1 MUBD-HDACs数据库 | 第18-19页 |
| 2.2 虚拟筛选方法 | 第19-22页 |
| 2.2.1 SYBYL-X2.0 药效团筛选 | 第19-20页 |
| 2.2.2 GOLD5.2 分子对接 | 第20-21页 |
| 2.2.3 GROMACS分子动力学模拟 | 第21-22页 |
| 2.3 酶活性抑制实验 | 第22-24页 |
| 第三章 实验结果 | 第24-55页 |
| 3.1 HDAC亚型选择 | 第24页 |
| 3.2 药效团筛选 | 第24-29页 |
| 3.2.1 活性分子构建药效团模型 | 第24-26页 |
| 3.2.2 药效团模型分析 | 第26-27页 |
| 3.2.3 药效团模型验证 | 第27-28页 |
| 3.2.4 UNITY搜索结果 | 第28-29页 |
| 3.3 分子对接筛选 | 第29-43页 |
| 3.3.1 GA值选择结果 | 第29-33页 |
| 3.3.2 打分函数选择结果 | 第33-34页 |
| 3.3.3 对接靶标选择结果 | 第34-37页 |
| 3.3.4 GOLD5.2 将小分子对接到 1T69结果 | 第37-38页 |
| 3.3.5 GOLDMine分析统计对接结果 | 第38-39页 |
| 3.3.6 结构聚类分析结果 | 第39-43页 |
| 3.4 分子动力学模拟筛选 | 第43-52页 |
| 3.4.1 GROMACS5.1 软件模拟PMF曲线 | 第43-44页 |
| 3.4.2 验证分子动力学模拟协议 | 第44-47页 |
| 3.4.3 命中化合物的生物活性预测 | 第47-52页 |
| 3.5 酶活性抑制实验结果 | 第52-55页 |
| 第四章 讨论 | 第55-57页 |
| 第五章 结论与展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 附录 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第65页 |