| 摘要 | 第4-7页 |
| Summary | 第7-9页 |
| 缩略语表 | 第10-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-38页 |
| 1.1 国内外马铃薯生产现状及野生种质资源利用 | 第15-17页 |
| 1.1.1 国内外马铃薯生产现状 | 第15-16页 |
| 1.1.2 马铃薯野生种质资源的研究和利用 | 第16-17页 |
| 1.2 糖苷生物碱的生物学功能及生物合成 | 第17-22页 |
| 1.2.1 糖苷生物碱的种类和其生物学功能 | 第17-18页 |
| 1.2.2 糖苷生物碱的代谢途径的中间产物及其生物合成 | 第18-21页 |
| 1.2.3 马铃薯糖苷生物碱种质资源的研究与利用 | 第21-22页 |
| 1.2.4 影响马铃薯糖苷生物碱含量的因素 | 第22页 |
| 1.3 马铃薯糖苷生物碱的分子调控 | 第22-26页 |
| 1.3.1 马铃薯糖苷生物碱代谢相关基因的研究 | 第22-24页 |
| 1.3.2 糖苷生物碱合成相关基因的共表达及代谢组分析 | 第24-26页 |
| 1.4 植物miRNA的研究概括和进展 | 第26-35页 |
| 1.4.1 植物miRNA的生物合成及作用方式的复杂性 | 第26-27页 |
| 1.4.2 植物miRNA的鉴定、表达分析方法 | 第27-28页 |
| 1.4.3 植物miRNA靶基因的鉴定及验证方法 | 第28-31页 |
| 1.4.4 植物miRNA功能与逆境胁迫 | 第31-34页 |
| 1.4.5 miRNA在植物次生代谢物质中的研究进展 | 第34-35页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第35-37页 |
| 1.6 技术路线 | 第37-38页 |
| 第二章 光刺激下马铃薯（Solanum tuberosum L）miRNA与转录组的整合分析 | 第38-63页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-44页 |
| 2.1.1 植物材料及处理条件 | 第38-39页 |
| 2.1.2 RNA的提取及检测 | 第39页 |
| 2.1.3 sRNA文库的构建及测序 | 第39页 |
| 2.1.4 转录组文库的构建及测序 | 第39-40页 |
| 2.1.5 sRNA数据的分析及靶基因预测 | 第40页 |
| 2.1.6 光刺激下马铃薯差异表达miRNAs的分析与鉴定 | 第40页 |
| 2.1.7 转录组数据的分析与差异表达基因的鉴定 | 第40-41页 |
| 2.1.8 差异表达基因的GO和Mapman注释 | 第41页 |
| 2.1.9 相关miRNA及其靶基因的qRT-PCR鉴定 | 第41-44页 |
| 2.2 结果与分析 | 第44-58页 |
| 2.2.1 sRNA测序基础数据的分析 | 第44-46页 |
| 2.2.2 马铃薯miRNA的鉴定及其在基因组上的分布 | 第46页 |
| 2.2.3 马铃薯不同器官光响应miRNAs的差异表达分析 | 第46-49页 |
| 2.2.4 马铃薯转录组基础数据的分析 | 第49-51页 |
| 2.2.5 马铃薯光响应基因的转录组和GO功能富集分析 | 第51-53页 |
| 2.2.6 马铃薯光响应基因的Mapman代谢通路的分析 | 第53页 |
| 2.2.7 miRNA和mRNA的联合分析 | 第53-58页 |
| 2.3 讨论 | 第58-63页 |
| 2.3.1 栽培种马铃薯的miRNA的特点及在基因组上的分布规律 | 第58-59页 |
| 2.3.2 光敏感型miRNA参与植物的生物及非生物胁迫 | 第59-60页 |
| 2.3.3 光敏感型基因可调节马铃薯的代谢及糖苷生物碱的合成 | 第60页 |
| 2.3.4 光敏感型miRNA可调控马铃薯的代谢及糖苷生物碱的合成 | 第60-63页 |
| 第三章 光刺激下恰柯薯（Solanum chacoense）miRNA与降解组的整合分析 | 第63-84页 |
| 3.1 实验材料 | 第63-65页 |
| 3.1.1 植物材料及处理条件 | 第63页 |
| 3.1.2 RNA的提取及检测 | 第63-64页 |
| 3.1.3 sRNA和降解组文库的构建 | 第64页 |
| 3.1.4 sRNA数据的分析及靶基因预测 | 第64-65页 |
| 3.1.5 光刺激下马块茎差异表达miRNAs的分析与动态表达 | 第65页 |
| 3.1.6 降解组测序数据的分析 | 第65页 |
| 3.1.7 靶基因功能的注释 | 第65页 |
| 3.1.8 相关miRNA及靶基因的qRT-PCR鉴定 | 第65页 |
| 3.2 结果与分析 | 第65-78页 |
| 3.2.1 sRNA测序基础数据的分析 | 第65-68页 |
| 3.2.2 恰柯薯已知miRNAs和新miRNAs的鉴定 | 第68-70页 |
| 3.2.3 恰柯薯光敏感型miRNA的鉴定及k-means聚类 | 第70-71页 |
| 3.2.4 恰柯薯降解组测序数据的概况 | 第71页 |
| 3.2.5 降解组文库中miRNA靶基因的鉴定与不同样本中剪切位点的分析 | 第71-73页 |
| 3.2.6 光敏感型miRNAs和其靶基因的qRT-PCR验证 | 第73-74页 |
| 3.2.7 恰柯薯miRNA靶基因的GO和KEGG功能分析 | 第74-76页 |
| 3.2.8 恰柯薯光响应miRNA调控网络的构建及功能分析 | 第76-78页 |
| 3.3 讨论 | 第78-84页 |
| 3.3.1 恰柯薯的miRNA的特点及在基因组上的分布规律 | 第78-79页 |
| 3.3.2 光敏感型miRNA涉及植物的非生物胁迫响应 | 第79页 |
| 3.3.3 光敏感型miRNA参与植物逆境交叉胁迫适应性的调控 | 第79-80页 |
| 3.3.4 光敏感型miRNA参与调控植物的初生及次生代谢 | 第80-82页 |
| 3.3.5 恰柯薯miRNA参与调控马铃薯的SGAs的代谢 | 第82-84页 |
| 第四章 rbcS驱动的人工miR408多顺反子表达载体的构建及遗传转化 | 第84-117页 |
| 4.1 实验材料 | 第84-85页 |
| 4.1.1 植物材料 | 第84页 |
| 4.1.2 质粒和菌株 | 第84-85页 |
| 4.1.3 工具酶和试剂 | 第85页 |
| 4.1.4 培养基 | 第85页 |
| 4.2 实验方法 | 第85-101页 |
| 4.2.1 植物材料 | 第85-86页 |
| 4.2.2 感受态细胞的制备及转化 | 第86-87页 |
| 4.2.3 基础载体pRS300的改造 | 第87-90页 |
| 4.2.4 人工amiRNA408的克隆及中间载体的构建 | 第90-92页 |
| 4.2.5 植物表达载体pCE35s-miR408的构建 | 第92-96页 |
| 4.2.6 植物多顺反子表达载体pCE35s-dmiR408的构建 | 第96-97页 |
| 4.2.7 植物表达载体pCEr-miR408的构建 | 第97-98页 |
| 4.2.8 植物多顺反子表达载体pCEr-dmiR408的构建 | 第98-99页 |
| 4.2.9 植物表达载体转化农杆菌 | 第99页 |
| 4.2.10 根癌农杆菌对马铃薯的遗传转化 | 第99-101页 |
| 4.3 结果与分析 | 第101-114页 |
| 4.3.1 pRS300基础载体的改造 | 第101-102页 |
| 4.3.2 人工miR408的克隆 | 第102-104页 |
| 4.3.3 植物表达载体pCE35s-miR408的构建 | 第104-106页 |
| 4.3.4 植物表达载体pCE35s-dmiR408的构建 | 第106-107页 |
| 4.3.5 光合特异性启动子rbcS驱动的miR408表达载体的构建 | 第107-110页 |
| 4.3.6 农杆菌工程菌的获得 | 第110-111页 |
| 4.3.7 马铃薯的遗传转化及转基因植株的鉴定 | 第111-113页 |
| 4.3.8 miR408及其靶基因转录水平的检测 | 第113-114页 |
| 4.4 讨论 | 第114-117页 |
| 4.4.1 影响马铃薯遗传转化的主要因素 | 第114-115页 |
| 4.4.2 过表达miR408可降低叶片中VS酶的转录水平 | 第115-117页 |
| 结论 | 第117-118页 |
| 附表 | 第118-138页 |
| 参考文献 | 第138-152页 |
| 致谢 | 第152-153页 |
| 导师介绍 | 第153-155页 |
| 作者介绍 | 第155-157页 |
