| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-23页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·蛋白质分子模拟 | 第12-17页 |
| ·分子模拟的能量函数 | 第12-13页 |
| ·分子模拟的采样问题 | 第13-17页 |
| ·蛋白质分子动力学模拟加强采样方法 | 第17-23页 |
| ·meta-dynamics加强采样方法 | 第17-18页 |
| ·aMD模拟方法 | 第18-19页 |
| ·ACM方法 | 第19-23页 |
| 第2章 温度加速采样通过绝热加权重新估计获得正则分布和系综平均 | 第23-55页 |
| ·引言 | 第23-26页 |
| ·理论和方法 | 第26-34页 |
| ·TAMD模拟的基本原理 | 第26-28页 |
| ·TAMD采样分布在绝热近似下重新估计常温下的正则分布 | 第28-30页 |
| ·从蛋白质的粗粒化的弹性网络模拟获得集合坐标 | 第30-31页 |
| ·测试体系和模拟细节 | 第31-34页 |
| ·结果和讨论 | 第34-51页 |
| ·正丁烷(n-Butane)体系绝热近似下加权重新估计的准确性 | 第34-36页 |
| ·丙氨酸二肽体系的加速采样 | 第36-40页 |
| ·丙氨酸二肽构象自由能的区别 | 第40-44页 |
| ·丙氨酸二肽的系综平均 | 第44-48页 |
| ·ACM-TAMD对显式水溶液中GB1多肽的采样的改善 | 第48-51页 |
| ·总结 | 第51-55页 |
| 第3章 用TAMD研究配体从复合物上解离 | 第55-77页 |
| ·引言 | 第55-57页 |
| ·方法 | 第57-63页 |
| ·用TAMD方法对解离轨迹进行模拟 | 第57-58页 |
| ·沿着解离轨迹对配体位置进行分类 | 第58-60页 |
| ·分析蛋白质构象和配体位置的相关性 | 第60-62页 |
| ·模拟细节 | 第62-63页 |
| ·结果和讨论 | 第63-73页 |
| ·解离轨迹 | 第63-64页 |
| ·对配体位置进行聚类 | 第64-68页 |
| ·蛋白质构象和配体位置的可能相关性 | 第68-73页 |
| ·总结 | 第73-77页 |
| 第4章 总结与展望 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-87页 |
| 附录 | 第87-91页 |
| 致谢 | 第91-93页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第93页 |
