| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-22页 |
| 一、扩散 | 第12-17页 |
| 二、计算物理 | 第17-19页 |
| 三、布朗运动 | 第19-20页 |
| 四、纳米尺度 | 第20-22页 |
| 第二章 分子动力学 | 第22-54页 |
| 一、朗之万动力学 | 第22-24页 |
| 二、分子动力学积分方法 | 第24-33页 |
| 1、Euler积分方法 | 第24-28页 |
| 2、Verle职分方法 | 第28-33页 |
| ·蛙跳算法 | 第29-31页 |
| ·速度Verlet算法 | 第31-33页 |
| 三、分子动力学中各种相互作用 | 第33-41页 |
| 1、分子内相互作用 | 第34-39页 |
| ·键相互作用 | 第34-35页 |
| ·键角相互作用 | 第35-36页 |
| ·二面角相互作用 | 第36-38页 |
| ·1-4相互作用 | 第38-39页 |
| 2、分子间相互作用 | 第39-40页 |
| ·库伦相互作用 | 第39页 |
| ·范德华相互作用 | 第39-40页 |
| 3、力场 | 第40-41页 |
| 四、分子动力学中截断半径的影响 | 第41-47页 |
| 1、范德华相互作用截断半径处理方法 | 第42-43页 |
| 2、库伦相互作用截断半径处理方法 | 第43-47页 |
| ·Charge-group处理方法 | 第44-45页 |
| ·Ewald求和法 | 第45-46页 |
| ·Particle-mesh Ewald(PME)求和法 | 第46-47页 |
| 五、分子动力学中的几种热力学系综 | 第47-53页 |
| 1、系综的定义 | 第47-48页 |
| 2、微正则系综 | 第48页 |
| 3、正则系综 | 第48-51页 |
| ·Berendsen温度耦合方法 | 第49-50页 |
| ·Velocity-rescaling温度耦合方法 | 第50页 |
| ·Nose-Hoover温度耦合方法 | 第50-51页 |
| 4、等温等压系综 | 第51-53页 |
| ·Berendsen压强耦合方法 | 第52页 |
| ·Parrinello-Rahman压强耦合方法 | 第52-53页 |
| 六、本章小节 | 第53-54页 |
| 第三章 分子不对称自由扩散 | 第54-84页 |
| 一、背景介绍 | 第54-55页 |
| 二、甲醇分子不对称自由扩散 | 第55-67页 |
| 1、模型搭建和计算方法 | 第55-57页 |
| 2、结果分析 | 第57-67页 |
| 三、甲醇分子受限运动中的不对称阻尼 | 第67-70页 |
| 1、模型搭建和计算方法 | 第67-68页 |
| 2、结果分析 | 第68-70页 |
| 四、甲醇分子小结 | 第70-71页 |
| 五、甘氨酸分子不对称自由扩散 | 第71-78页 |
| 1、模型搭建和计算方法 | 第72-74页 |
| 2、结果分析 | 第74-78页 |
| 六、模型分子不对称自由扩散 | 第78-84页 |
| 1、模型搭建和计算方法 | 第79-81页 |
| 2、结果分析 | 第81-84页 |
| 七、本章总结 | 第84-87页 |
| 第四章 结论 | 第87-89页 |
| 参考书目 | 第89-96页 |
| 发表文章目录 | 第96-97页 |
| 致谢 | 第97页 |