| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-18页 |
| ·研究背景及研究意义 | 第11-16页 |
| ·生物信息学 | 第11-12页 |
| ·基因调控网络的重构 | 第12-16页 |
| ·论文的主要内容及安排 | 第16页 |
| ·论文的创新点 | 第16-18页 |
| 第2章 核方法理论 | 第18-23页 |
| ·引言 | 第18页 |
| ·非线性特征映射 | 第18页 |
| ·核方法的模块性 | 第18-19页 |
| ·核的性质 | 第19-22页 |
| ·希尔伯特空间 | 第19页 |
| ·Gram 矩阵及其性质 | 第19-20页 |
| ·再生核希尔伯特空间 | 第20-22页 |
| ·核函数的有效判断 | 第22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 RKHS 上的协方差算子与独立性、条件独立性 | 第23-34页 |
| ·引言 | 第23页 |
| ·RKHS 上的（互）协方差算子 | 第23-24页 |
| ·RKHS 上的条件独立性 | 第24-25页 |
| ·条件独立性定义 | 第24页 |
| ·条件（互）协方差算子 | 第24-25页 |
| ·RKHS 上的降维 | 第25-33页 |
| ·降维问题的提出 | 第25-27页 |
| ·RKHS 上的降维原理 | 第27-28页 |
| ·基于样本的条件协方差算子 | 第28-30页 |
| ·协方差算子的度量 | 第30-31页 |
| ·仿真实验 | 第31-33页 |
| ·本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 基于 Hilbert-Schmidt 范数的统计独立性度量 | 第34-48页 |
| ·引言 | 第34页 |
| ·知识储备 | 第34-35页 |
| ·范数的定义及其性质 | 第34页 |
| ·Hilbert-Schmidt 范数 | 第34-35页 |
| ·均值与互协方差算子 | 第35页 |
| ·Hilbert-Schmidt 独立性度量准则 | 第35-38页 |
| ·HSIC 的概念 | 第35-36页 |
| ·Hilbert-Schmidt 独立性度量经验准则 | 第36-38页 |
| ·HSIC 的独立性检验 | 第38-39页 |
| ·Hilbert-Schmidt 条件独立性度量准则 | 第39-43页 |
| ·高斯变量的条件协方差 | 第39-40页 |
| ·Hilbert-Schmidt 条件独立性度量经验准则 | 第40-43页 |
| ·DREAM2Challenge5 的基因网络重构 | 第43-47页 |
| ·DREAM 项目介绍 | 第43-44页 |
| ·实验数据 | 第44页 |
| ·评价标准 | 第44-45页 |
| ·参赛者的成绩 | 第45页 |
| ·针对 HSIC 方法的实验设计与测试过程 | 第45-47页 |
| ·本章小结 | 第47-48页 |
| 第5章 基于核方法的时间序列的因果关系 | 第48-60页 |
| ·引言 | 第48页 |
| ·时间序列数据下的因果性算法推断 | 第48-50页 |
| ·Granger 因果性 | 第48-49页 |
| ·Granger 因果性的推广 | 第49页 |
| ·基因调控网络的多时延动态模型 | 第49-50页 |
| ·DREAM4Challenge2 的基因网络重构 | 第50-54页 |
| ·实验数据 | 第50-51页 |
| ·基因调控网络预测 | 第51页 |
| ·评价标准 | 第51-52页 |
| ·实验与结果 | 第52-53页 |
| ·实验结果对比 | 第53-54页 |
| ·DREAM3Challenge4 的基因网络重构 | 第54-59页 |
| ·实验数据 | 第54-56页 |
| ·基因调控网络预测 | 第56-57页 |
| ·评价标准 | 第57页 |
| ·对 E.coli 数据的实验与结果 | 第57-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第6章 总结与展望 | 第60-62页 |
| ·总结 | 第60-61页 |
| ·展望 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 附录 A | 第67-68页 |
| 附录 B | 第68-76页 |
