| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表（Abbreviation) | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-23页 |
| ·研究问题的由来 | 第13页 |
| ·转基因动植物的研究进展及应用 | 第13-15页 |
| ·转基因动植物的安全性及其评价方法 | 第15-16页 |
| ·转基因动植物的安全问题 | 第15页 |
| ·转基因动植物的安全评价方法 | 第15-16页 |
| ·内标准基因的概念 | 第16页 |
| ·内标准基因的研究现状 | 第16-17页 |
| ·作物内标准基因 | 第16-17页 |
| ·作物内标准基因的筛选策略 | 第17页 |
| ·牛内标准基因筛选新策略——全基因组筛选 | 第17-19页 |
| ·牛基因组测序 | 第18页 |
| ·Ensembl动物基因组注释——牛基因组注释计划 | 第18-19页 |
| ·动物内标准基因与肉制品成分来源检测研究进展 | 第19-20页 |
| ·内标准基因筛选及牛的分类学地位 | 第20-21页 |
| ·研究目的与意义 | 第21-23页 |
| 2 材料和方法 | 第23-36页 |
| ·实验材料 | 第23-27页 |
| ·样本及数据来源 | 第23-24页 |
| ·仪器与设备 | 第24页 |
| ·主要药品及试剂 | 第24-26页 |
| ·主要分子生物学软件和统计软件 | 第26-27页 |
| ·方法 | 第27-36页 |
| ·本研究的技术路线 | 第27-28页 |
| ·本地化BLAST比对 | 第28-29页 |
| ·BLAST结果筛选 | 第29-30页 |
| ·实验样品的采集及保存 | 第30页 |
| ·基因组DNA/总RNA提取 | 第30-32页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第32页 |
| ·TNFRSF10A基因序列的克隆测序 | 第32-33页 |
| ·内标准基因拷贝数的qPCR验证 | 第33-34页 |
| ·PCR反应体系优化 | 第34-35页 |
| ·扩增片段的电泳检测,回收及测序 | 第35-36页 |
| 3 结果 | 第36-50页 |
| ·BLAST筛选结果及分析 | 第36-40页 |
| ·BLAST_p结果及分析 | 第36页 |
| ·BLASTn结果及其同BLAST_p比较 | 第36-38页 |
| ·基于外显子的候选牛内标准基因筛选 | 第38-40页 |
| ·牛内标准基因TNFRSF10A序列克隆 | 第40页 |
| ·牛TNFRSF10A基因组拷贝数qPCR验证结果 | 第40-42页 |
| ·牛TNFRSF10A内标准基因表达谱半定量 | 第42页 |
| ·牛TNFRSF10A内标准基因定性PCR检测体系建立及其优化 | 第42-45页 |
| ·引物设计和优化 | 第42-43页 |
| ·引物浓度优化 | 第43-44页 |
| ·退火温度及模版浓度优化 | 第44-45页 |
| ·种间特异性检测 | 第45-46页 |
| ·种内保守性检测 | 第46-47页 |
| ·灵敏度测试 | 第47页 |
| ·检测限 | 第47页 |
| ·检测限重现性平行实验 | 第47-48页 |
| ·国家标准文本起草与专家意见征求 | 第48页 |
| ·复核验证 | 第48-50页 |
| 4 讨论 | 第50-56页 |
| ·BLAST配置及筛选策略 | 第50-51页 |
| ·PCR检测体系优化 | 第51页 |
| ·内标准基因的筛选策略 | 第51-52页 |
| ·动物源性产品检测和内标准基因 | 第52页 |
| ·特异基因的针对性研究 | 第52-55页 |
| ·蛋白特异核酸非特异基因—JY-1 | 第52-53页 |
| ·TNFRSF10A基因物种间比较 | 第53-55页 |
| ·关于本研究的思路 | 第55-56页 |
| 5 小结 | 第56-58页 |
| ·本研究的主要成果与结论 | 第56页 |
| ·本研究的创新点和特色 | 第56-57页 |
| ·本研究的不足与进一步研究的建议 | 第57-58页 |
| 6 攻读硕士期间完成的其他工作—中外猪种CNV分析与验证 | 第58-71页 |
| ·研究背景 | 第58-62页 |
| ·CNV、CNVR的概念 | 第58页 |
| ·猪CNV研究进展 | 第58-60页 |
| ·CNV的检测及验证 | 第60-61页 |
| ·研究目的与意义 | 第61-62页 |
| ·材料与方法 | 第62-63页 |
| ·样品信息 | 第62页 |
| ·仪器设备及试剂 | 第62页 |
| ·数据库及分析工具 | 第62页 |
| ·基因组DNA提取及qPCR定量验证 | 第62-63页 |
| ·CNVR分布的染色体图绘制 | 第63页 |
| ·研究内容与结果 | 第63-69页 |
| ·技术路线 | 第63页 |
| ·猪CNVR分布染色体图 | 第63-65页 |
| ·猪CNVR内基因GO分析结果 | 第65-67页 |
| ·猪CNV定量验证 | 第67-69页 |
| ·讨论 | 第69-70页 |
| ·血样基因组DNA提取 | 第69-70页 |
| ·CNVR染色体分布图绘制 | 第70页 |
| ·定量验证中误差的控制 | 第70页 |
| ·小结 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 附录 | 第82-86页 |
