| 缩略词表 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 前言 | 第13-17页 |
| 第一部分 肠道菌群宏基因组DNA的基因数据产出 | 第17-32页 |
| ·材料与方法 | 第17-24页 |
| ·实验仪器与试剂 | 第17-19页 |
| ·实验步骤 | 第19-24页 |
| ·结果及讨论 | 第24-31页 |
| ·研究对象的基本信息 | 第24页 |
| ·测序结果及数据处理 | 第24-28页 |
| ·基因比对结果 | 第28-30页 |
| ·稀释分析结果 | 第30-31页 |
| ·小结 | 第31-32页 |
| 第二部分 肝硬化患者和正常人肠道菌群结构及差异分析 | 第32-59页 |
| ·分析方法 | 第32-35页 |
| ·主成分分析 | 第32页 |
| ·显著差异基因的检验及物种注释 | 第32-33页 |
| ·显著差异种属的荧光定量PCR验证 | 第33-35页 |
| ·结果及讨论 | 第35-57页 |
| ·肝硬化患者与正常人肠道菌群结构分析 | 第35-53页 |
| ·肝硬化患者和正常人肠道菌群的主成分分析 | 第53-55页 |
| ·基于显著差异基因的物种注释及分析 | 第55-57页 |
| ·显著差异种属的荧光定量PCR验证结果 | 第57页 |
| ·小结 | 第57-59页 |
| 第三部分 肝硬化患者和正常人肠道菌群功能及代谢分析 | 第59-66页 |
| ·分析方法 | 第59-60页 |
| ·功能及代谢注释的方法 | 第59-60页 |
| ·胆汁酸代谢分析的方法 | 第60页 |
| ·结果及讨论 | 第60-65页 |
| ·肝硬化患者和正常人肠道菌群功能及代谢组成分析 | 第60-63页 |
| ·显著差异基因的功能代谢注释及分析 | 第63-64页 |
| ·肝硬化患者肠道菌群的胆汁酸代谢分析 | 第64-65页 |
| ·小结 | 第65-66页 |
| 第四部分 肝硬化患者肠道微生物特有基因分析 | 第66-71页 |
| ·分析方法 | 第66页 |
| ·特有基因的组装及基因预测 | 第66页 |
| ·特有基因的物种及功能代谢注释方法 | 第66页 |
| ·结果及讨论 | 第66-70页 |
| ·肝硬化患者特有基因预测结果 | 第66页 |
| ·肝硬化患者特有基因的物种注释 | 第66-68页 |
| ·肝硬化患者特有基因的功能注释及分析 | 第68-70页 |
| ·小结 | 第70-71页 |
| 讨论 | 第71-74页 |
| 全文总结 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-78页 |
| 综述 | 第78-92页 |
| 参考文献 | 第89-92页 |
| 附表一 | 第92-96页 |
| 附表二 | 第96-102页 |
| 发表文章 | 第102-114页 |
| 个人简历 | 第114-115页 |
| 硕士在读期间发表的文章 | 第115-117页 |
| 致谢 | 第117页 |