四种山雀线粒体基因组的测定及雀形目鸟类系统发生研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-25页 |
| ·分子系统学与比较基因组学 | 第11-13页 |
| ·分子系统学 | 第11-12页 |
| ·比较基因组学 | 第12-13页 |
| ·线粒体基因组及其结构组成 | 第13-14页 |
| ·线粒体简介 | 第13页 |
| ·线粒体基因组的特点 | 第13-14页 |
| ·线粒体基因组中的分子标记 | 第14-17页 |
| ·线粒体全基因组序列的应用 | 第15页 |
| ·线粒体蛋白编码基因的应用 | 第15-16页 |
| ·线粒体rRNA基因的应用 | 第16页 |
| ·线粒体tRNA基因的应用 | 第16-17页 |
| ·线粒体控制区的应用 | 第17页 |
| ·鸟类线粒体基因组及系统发育研究进展 | 第17-22页 |
| ·鸟类线粒体基因组测序进展 | 第18页 |
| ·鸟类线粒体基因组特征 | 第18-19页 |
| ·雀形目系统发育研究进展 | 第19-22页 |
| ·研究物种简介 | 第22-24页 |
| ·黄颊山雀 | 第22页 |
| ·褐冠山雀 | 第22-23页 |
| ·褐头山雀 | 第23页 |
| ·北褐头山雀 | 第23-24页 |
| ·研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 第2章 材料和方法 | 第25-45页 |
| ·实验材料及器材 | 第25-27页 |
| ·标本采集、鉴定与保存 | 第25页 |
| ·实验仪器与试剂 | 第25-27页 |
| ·溶液的配制 | 第27页 |
| ·数据分析软件 | 第27页 |
| ·实验方法 | 第27-32页 |
| ·总DNA的提取 | 第27-28页 |
| ·总DNA的检测 | 第28-29页 |
| ·PCR引物设计 | 第29-30页 |
| ·PCR扩增体系及条件 | 第30页 |
| ·PCR产物的纯化与测序 | 第30-32页 |
| ·克隆及测序 | 第32页 |
| ·原始数据的处理 | 第32-37页 |
| ·测序结果的拼接 | 第33页 |
| ·4种鸟线粒体基因组tRNA二级结构搜索和预测 | 第33-34页 |
| ·srRNA和lrRNA基因二级结构的预测 | 第34页 |
| ·4种鸟线粒体基因组的注释 | 第34-35页 |
| ·线粒体全基因组组成情况的分析 | 第35页 |
| ·NCBI下载数据的处理 | 第35-37页 |
| ·雀形目鸟类线粒体结构及系统发生分析 | 第37-43页 |
| ·序列的比对 | 第37-38页 |
| ·序列组成特征分析 | 第38页 |
| ·系统发生信号的检测 | 第38-39页 |
| ·系统发生模型及其选择 | 第39-40页 |
| ·系统发生树的构建方法 | 第40-43页 |
| ·雀形目鸟类分歧时间估算 | 第43-45页 |
| 第3章 实验结果 | 第45-49页 |
| ·4个物种总DNA的提取结果 | 第45页 |
| ·PCR扩增及纯化结果 | 第45-47页 |
| ·L-PCR扩增及纯化结果 | 第45-46页 |
| ·Sub-PCR扩增及纯化结果 | 第46-47页 |
| ·基因组序列拼接 | 第47-49页 |
| 第4章 山雀科4种鸟类全线粒体基因组组成分析 | 第49-83页 |
| ·黄颊山雀的线粒体基因组的组成及分析 | 第49-58页 |
| ·基因组结构 | 第49页 |
| ·基因组碱基组成特征 | 第49-52页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第52-53页 |
| ·tRNA基因及二级结构预测 | 第53页 |
| ·rRNA基因及二级结构预测 | 第53-55页 |
| ·控制区及其异质性 | 第55-58页 |
| ·褐冠山雀线粒体基因组的组成及分析 | 第58-66页 |
| ·基因组结构 | 第58页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第58-59页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第59-61页 |
| ·tRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第61-62页 |
| ·rRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第62页 |
| ·控制区情况统计 | 第62-66页 |
| ·褐头山雀的线粒体基因组的组成及分析 | 第66-74页 |
| ·基因组结构 | 第66页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第66页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第66-70页 |
| ·tRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第70页 |
| ·rRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第70页 |
| ·控制区情况统计 | 第70-74页 |
| ·北褐头山雀的线粒体基因组的组成及分析 | 第74-80页 |
| ·基因组结构 | 第74页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第74页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第74-78页 |
| ·tRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第78页 |
| ·rRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第78页 |
| ·控制区情况统计 | 第78-80页 |
| ·四种山雀全线粒体基因组比较 | 第80-83页 |
| 第5章 雀形目鸟类系统发生和分子进化 | 第83-97页 |
| ·雀形目鸟类线粒体基因的系统发生和进化 | 第83-87页 |
| ·序列组成和进化特征 | 第83-84页 |
| ·雀形目鸟类遗传距离 | 第84页 |
| ·系统发生信号检测 | 第84-85页 |
| ·基于mtDNA的系统发生分析 | 第85-87页 |
| ·雀形目13个蛋白编码基因的系统发生和进化 | 第87-91页 |
| ·序列组成和进化特征 | 第87-88页 |
| ·碱基饱和替换分析 | 第88-89页 |
| ·基于PCGs数据集的系统发生分析 | 第89-91页 |
| ·雀形目鸟类12S rRNA系统发生和进化 | 第91-94页 |
| ·数据组成特征 | 第91-92页 |
| ·基于12S rRNA数据集的系统发生分析 | 第92-94页 |
| ·雀形目鸟类分歧时间估算 | 第94-97页 |
| 第6章 讨论 | 第97-103页 |
| 参考文献 | 第103-115页 |
| 致谢 | 第115-117页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第117页 |
