| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-6页 |
| 目录 | 第6-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-15页 |
| §1.1 课题背景 | 第9-10页 |
| §1.2 国内外研究现状 | 第10-11页 |
| §1.3 本课题主要研究内容 | 第11-12页 |
| §1.4 论文结构 | 第12-15页 |
| 第二章 MIRNAS及其相关研究 | 第15-27页 |
| §2.1 MIRNAs的生成和成熟 | 第15-17页 |
| §2.2 MIRNAs的生物学特征和功能 | 第17-20页 |
| §2.2.1 miRNAs的生物学特征 | 第17-19页 |
| §2.2.2 miRNAs的功能 | 第19-20页 |
| §2.3 MIRNAs基因的识别研究 | 第20-21页 |
| §2.3.1 miRNAs基因的识别原理 | 第20-21页 |
| §2.3.2 miRNAs基因的识别方法 | 第21页 |
| §2.4 MIRNAs靶标预测研究现状 | 第21-23页 |
| §2.4.1 miRNAs靶标预测原理 | 第21-22页 |
| §2.4.2 miRNAs靶标预测方法 | 第22-23页 |
| §2.5 功能性MIRNA-MRNA调控模块研究现状 | 第23-26页 |
| §2.5.1 基于贝叶斯网络的miRNA-mRNA调控模块 | 第24-25页 |
| §2.5.2 基于双聚类方法的miRNA-mRNA调控模块 | 第25页 |
| §2.5.3 基于规则推理法的miRNA-mRNA调控模块 | 第25页 |
| §2.5.4 基于ATM的功能miRNA-mRNA调控模块 | 第25-26页 |
| §2.5.5 基于Corr-LDA的功能miRNA-mRNA调控模块 | 第26页 |
| §2.6 小结 | 第26-27页 |
| 第三章 基因差异表达分析与概率话题模型方法 | 第27-37页 |
| §3.1 基因差异表达分析 | 第27-31页 |
| §3.2 概率话题模型原理 | 第31-34页 |
| §3.2.1 mRMs识别的概率话题模型 | 第31-34页 |
| §3.2.2 利用领域知识识别FMRMs | 第34页 |
| §3.3 MIRNA-MRNA调控模块与生物条件之间的关系模型 | 第34-35页 |
| §3.4 MIRNAs和靶基因MRNAs的功能分析 | 第35页 |
| §3.5 小结 | 第35-37页 |
| 第四章 实验结果及分析 | 第37-71页 |
| §4.1 数据源 | 第37-38页 |
| §4.2 实现过程 | 第38-41页 |
| §4.3 差异表达的MIRNAs和MRNAs挖掘 | 第41-43页 |
| §4.4 功能性MIRNA-MRNA调控模块的挖掘 | 第43-52页 |
| §4.4.1 与生物条件相关的mRMs和miRMs识别 | 第43-46页 |
| §4.4.2 与EMT相关的FMRMs挖掘 | 第46-52页 |
| §4.5 MIRNAs功能的文献验证 | 第52-53页 |
| §4.6 靶基因MRNAs的功能验证 | 第53-55页 |
| §4.6.1 与EMT显著相关的靶基因mRNAs | 第53-54页 |
| §4.6.2 与癌症或肿瘤显著相关的靶基因mRNAs | 第54-55页 |
| §4.7 与基于K-MEANS聚类的功能MIRNA-MRNA调控模块结果比较 | 第55-69页 |
| §4.7.1 基于K-means聚类的功能miRNA-mRNA调控模块识别 | 第55-58页 |
| §4.7.2 功能miRNA-mRNA调控模块比较 | 第58-59页 |
| §4.7.3 靶基因mRNAs的显著性功能比较 | 第59-61页 |
| §4.7.4 miRNAs与靶基因mRNAs共同参与的分子网络比较 | 第61-69页 |
| §4.8 小结 | 第69-71页 |
| 第五章 总结与下一步工作 | 第71-75页 |
| §5.1 工作总结 | 第71-72页 |
| §5.2 下一步工作 | 第72-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-87页 |
| 附录A 作者在攻读硕士期间公开发表的论文 | 第87-89页 |
| 附录B 作者在攻读硕士期间参与的竞赛与项目 | 第89页 |
