| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-25页 |
| ·蛋白质分子三维结构研究的重要性 | 第13-14页 |
| ·蛋白质分子三维结构的采集方法 | 第14-17页 |
| ·现有的蛋白质分子三维结构表示方法 | 第17-18页 |
| ·蛋白质分子三维结构分析方法 | 第18-22页 |
| ·分子拓扑学 | 第18-19页 |
| ·分子表面分析 | 第19-20页 |
| ·相关分子数据场分析方法. | 第20-22页 |
| ·本文工作 | 第22-23页 |
| ·本文的章节安排 | 第23-25页 |
| 第二章 分子场计算原理及可视化 | 第25-38页 |
| ·引言 | 第25页 |
| ·相关工作—相关分子数据场的建立与分析方法 | 第25-28页 |
| ·药物小分子力场 | 第25-27页 |
| ·生物大分子的电子密度场 | 第27-28页 |
| ·蛋白质分子场计算 | 第28-32页 |
| ·利用分子力学计算蛋白质分子场 | 第28-30页 |
| ·利用量子力学计算蛋白质分子场 | 第30-31页 |
| ·蛋白质分子场计算实例 | 第31-32页 |
| ·基于三维数据场表示的蛋白质分子临界点抽取 | 第32-34页 |
| ·基于三维数据场表示的蛋白质分子势能面抽取 | 第34-35页 |
| ·面向蛋白质分子的三维数据场体可视化 | 第35-37页 |
| ·本章小结 | 第37-38页 |
| 第三章 蛋白质分子场上Level Set模型的设计 | 第38-61页 |
| ·引言 | 第38页 |
| ·相关工作—Level Set方法的研究现状 | 第38-42页 |
| ·网格模型的处理 | 第38-40页 |
| ·图像视频处理 | 第40-41页 |
| ·流体动画模拟 | 第41页 |
| ·生物医学数据分析 | 第41-42页 |
| ·Level Set方法介绍 | 第42-45页 |
| ·分子场上的Level Set公式 | 第45-53页 |
| ·传统的Level Set方法和变分Level Set方法 | 第45-48页 |
| ·无需周期初始化的Level Set方程 | 第48-51页 |
| ·数值求解 | 第51-53页 |
| ·实验结果与分析 | 第53-59页 |
| ·Level Set方程中的参数调整对结果的影响 | 第55-58页 |
| ·与Level Set模型有关的几何度量 | 第58-59页 |
| ·本章小结 | 第59-61页 |
| 第四章 基于Level Set曲面的生物分子场的特征分析 | 第61-81页 |
| ·引言 | 第61页 |
| ·相关工作—对相关曲面的拓扑结构分析 | 第61-64页 |
| ·基于Morse-Smale复形理论的拓扑结构分析 | 第61-62页 |
| ·基于轮廓树理论的拓扑结构分析 | 第62-64页 |
| ·基于Level Set曲面的蛋白质分子场的分析方法 | 第64-72页 |
| ·分子场中的Level Set方程设计 | 第65-67页 |
| ·基于Level Set曲面的分子场特征分析 | 第67-72页 |
| ·拓扑特征分析 | 第67-70页 |
| ·多属性特征分析 | 第70-72页 |
| ·实验结果与分析 | 第72-80页 |
| ·分子场计算 | 第73-75页 |
| ·基于Level Set曲面的分子场特征分析结果 | 第75-80页 |
| ·Level Set曲面的计算 | 第75页 |
| ·Level Set曲面的拓扑特征抽取 | 第75-78页 |
| ·Level Set曲面的多属性分析 | 第78-80页 |
| ·本章小结 | 第80-81页 |
| 第五章 基于Level Set曲面共形参数化的分子场特征分析 | 第81-105页 |
| ·引言 | 第81页 |
| ·相关工作—对医学领域复杂数据的共性参数化分析 | 第81-83页 |
| ·基于共形参数化的医学大脑数据分析 | 第82页 |
| ·基于共形参数化的医学虚拟结肠分析 | 第82-83页 |
| ·数学背景知识 | 第83-88页 |
| ·黎曼流形 | 第84-85页 |
| ·常数曲率度量 | 第85-86页 |
| ·共形参数化方法 | 第86-88页 |
| ·分子场的Level Set曲面的共形参数化研究 | 第88-100页 |
| ·分子场Level Set曲面的局部微分属性计算 | 第88-91页 |
| ·分子场Level Set曲面高斯曲率的分布 | 第88-89页 |
| ·分子场Level Set曲面平均曲率的分布 | 第89-91页 |
| ·分子场Level Set曲面的亏格计算 | 第91页 |
| ·分子场Level Set曲面的共形映射设计 | 第91-99页 |
| ·亏格为0的共形映射设计-调和映射 | 第93-94页 |
| ·亏格为1的共形映射设计-全散1-形式 | 第94-96页 |
| ·高亏格曲面的共形映射设计-离散Ricci流 | 第96-99页 |
| ·分子场Level Set曲面的共形因子计算 | 第99-100页 |
| ·分子场Level Set曲面共形因子结果分析 | 第100-103页 |
| ·Globin同源蛋白组共形因子分析 | 第100-101页 |
| ·同源蛋白研究背景 | 第100页 |
| ·Globin同源蛋白组数据共形因子结果分析 | 第100-101页 |
| ·HIV-1动态分子场Level Set曲面共形因子结果 | 第101-103页 |
| ·本章总结 | 第103-105页 |
| 第六章 总结与展望 | 第105-108页 |
| ·总结 | 第105-106页 |
| ·进一步工作展望 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-116页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果及发表的论文 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117页 |
