| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-17页 |
| 第一章 比较基因组学及应用 | 第17-26页 |
| ·种间比较基因组学研究 | 第17-21页 |
| ·序列比对的工具与策略 | 第17-19页 |
| ·全基因组的比较研究 | 第19页 |
| ·系统发生的进化关系分析 | 第19-20页 |
| ·基因的预测 | 第20页 |
| ·基因组中非编码区域的结构与功能研究 | 第20-21页 |
| ·种内比较基因组学研究 | 第21-24页 |
| ·单核苷酸多态性 | 第22-23页 |
| ·拷贝数多态现象 | 第23-24页 |
| ·基因组内的结构变异研究 | 第24页 |
| ·结语 | 第24-26页 |
| 第二章 材料与方法 | 第26-36页 |
| ·实验材料 | 第26-28页 |
| ·实验动物及采样方法 | 第26页 |
| ·主要仪器设备 | 第26-27页 |
| ·主要试剂 | 第27-28页 |
| ·核酸提取 | 第28-31页 |
| ·DNA提取 | 第28-29页 |
| ·RNA提取及反转录 | 第29-31页 |
| ·DNA克隆及测序 | 第31-36页 |
| ·菌株和载体 | 第31页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞制备 | 第31-32页 |
| ·质粒提取 | 第32-33页 |
| ·质粒纯化 | 第33页 |
| ·酶切、目的片断回收及连接转化 | 第33-34页 |
| ·重组质粒的快速筛选 | 第34-35页 |
| ·序列测定 | 第35-36页 |
| 第三章 不同物种YB-1基因结构及其系统进化分析 | 第36-54页 |
| ·导言 | 第36-41页 |
| ·YB-1的基因和蛋白结构 | 第36-37页 |
| ·YB-1的定位和作用方式 | 第37-38页 |
| ·YB-1的功能 | 第38-40页 |
| ·YB-1的降解 | 第40-41页 |
| ·材料与方法 | 第41-43页 |
| ·绵羊YB-1基因全长cDNA克隆 | 第41页 |
| ·序列选取 | 第41-42页 |
| ·序列比对 | 第42页 |
| ·序列分析 | 第42-43页 |
| ·蛋白质3-D结构预测 | 第43页 |
| ·结果与分析 | 第43-50页 |
| ·绵羊YB-1基因克隆与序列分析 | 第43页 |
| ·YB-1启动子和转录因子结合位点分析 | 第43-44页 |
| ·不同物种YB-1编码区、5'-UTR和3'-UTR系统进化树分析 | 第44-48页 |
| ·YB-1假基因在哺乳动物中的分布及序列比对 | 第48页 |
| ·YB-1蛋白质3-D结构比较 | 第48-50页 |
| ·讨论 | 第50-54页 |
| ·YB-1基因的进化 | 第50-51页 |
| ·YB-1蛋白3-D结构和功能之间的关系 | 第51-52页 |
| ·冷激蛋白与热休克蛋白之间的关系 | 第52-54页 |
| 第四章 小尾寒羊YB-1基因的原核表达 | 第54-58页 |
| ·材料和方法 | 第54-56页 |
| ·组织来源 | 第54页 |
| ·载体与菌株 | 第54页 |
| ·总RNA提取和纯化和cDNA第一链的合成 | 第54页 |
| ·RT-PCR | 第54页 |
| ·PCR产物克隆、鉴定与序列分析 | 第54页 |
| ·重组表达质粒pET-32a构建 | 第54-55页 |
| ·融合诱导表达 | 第55页 |
| ·SDS-PAGE鉴定 | 第55-56页 |
| ·结果与分析 | 第56-57页 |
| ·YB-1基因克隆与序列分析 | 第56页 |
| ·YB-1原核表达载体构建与诱导表达 | 第56-57页 |
| ·讨论 | 第57-58页 |
| 第五章 小尾寒羊YB-1睾丸和卵巢组织中选择性剪接方式研究 | 第58-76页 |
| ·材料和方法 | 第59页 |
| ·总RNA提取和纯化和cDNA第一链的合成 | 第59页 |
| ·YB-1全长产物扩增 | 第59页 |
| ·产物纯化与克隆、测序 | 第59页 |
| ·序列分析 | 第59页 |
| ·结果与分析 | 第59-72页 |
| ·YB-1全长引物的扩增及克隆 | 第59-63页 |
| ·YB-1剪接方式分析及ORF产物预测 | 第63-70页 |
| ·YB-1全长小于150bp的剪接方式编码产物RNA的二级结构预测 | 第70-72页 |
| ·讨论 | 第72-76页 |
| ·YB-1选择性剪接的组织特异性 | 第73-74页 |
| ·非编码的YB-1 mRNA与其功能 | 第74-76页 |
| 第六章 ISG15基因克隆及比较基因组学分析 | 第76-84页 |
| ·材料与方法 | 第76-77页 |
| ·小尾寒羊、济宁青山羊ISG15基因全长DNA克隆 | 第76页 |
| ·序列比对 | 第76页 |
| ·序列分析 | 第76-77页 |
| ·蛋白质3-D结构预测 | 第77页 |
| ·结果与讨论: | 第77-81页 |
| ·小尾寒羊、济宁青山羊ISG15基因全长DNA克隆 | 第77页 |
| ·多物种ISG15的mRNA和氨基酸序列的比对结果 | 第77-78页 |
| ·小尾寒羊、济宁青山羊ISG15 DNA序列与GenBank中绵羊ISG15 mRNA比对结果 | 第78页 |
| ·ISG15的启动子区和转录因子结合位点分析 | 第78页 |
| ·ISG15蛋白3D结构预测 | 第78-81页 |
| ·ISG15 mRNA及蛋白序列的系统进化分析 | 第81页 |
| ·讨论 | 第81-84页 |
| ·绵、山羊ISG15蛋白C末端的结构变化 | 第82页 |
| ·CdxA转录调控因子对ISG15的表达可能存在调控作用 | 第82-83页 |
| ·ISG15蛋白的抗病毒作用 | 第83-84页 |
| 第七章 TLR9基因克隆和比较基因组学分析 | 第84-93页 |
| ·材料与方法 | 第84-87页 |
| ·小尾寒羊TLR9基因DNA克隆 | 第84页 |
| ·序列比对 | 第84-85页 |
| ·序列分析 | 第85页 |
| ·蛋白质3-D结构预测 | 第85页 |
| ·基于TLR9蛋白功能域的聚类分析 | 第85页 |
| ·Southern Blot | 第85-87页 |
| ·结果与分析 | 第87-91页 |
| ·小尾寒羊TLR9基因DNA克隆 | 第87页 |
| ·TLR9 mRNA和蛋白的多物种比对 | 第87页 |
| ·TLR9蛋白的功能域分析 | 第87-89页 |
| ·小尾寒羊TLR9蛋白的3-D结构预测 | 第89页 |
| ·基于TLR9蛋白功能域的数量、种类和相对位置的聚类分析 | 第89-90页 |
| ·TLR9 mRNA及蛋白序列的系统进化分析 | 第90页 |
| ·小尾寒羊TLR9的Southern blot分析 | 第90-91页 |
| ·讨论 | 第91-93页 |
| ·TLR9蛋白功能域与基因系统进化树间的异同 | 第91-92页 |
| ·灰色短尾负鼠TLR9进化的独特性 | 第92-93页 |
| 第八章 MSY2和CIB1基因克隆和比较基因组学分析 | 第93-99页 |
| ·材料与方法 | 第93-94页 |
| ·小尾寒羊MSY2和CIB1基因DNA克隆 | 第93-94页 |
| ·序列比对 | 第94页 |
| ·蛋白质3-D结构预测 | 第94页 |
| ·Southern Blot | 第94页 |
| ·结果与分析 | 第94-96页 |
| ·小尾寒羊MSY2和CIB1基因DNA克隆 | 第94-95页 |
| ·MSY2 DNA序列多物种比对 | 第95页 |
| ·MSY2 Southern Blot分析 | 第95页 |
| ·CIB1 mRNA和蛋白序列多物种比对 | 第95页 |
| ·小尾寒羊CIB1蛋白保守结构域与多物种CIB1 3-D结构预测 | 第95-96页 |
| ·讨论 | 第96-99页 |
| ·MSY2与精子和卵子的发生 | 第96-97页 |
| ·CIB1与精子发生 | 第97-99页 |
| 第九章 结论与展望 | 第99-102页 |
| ·结论 | 第99-100页 |
| ·绵羊YB-1基因克隆、比较基因组学分析与功能研究 | 第99页 |
| ·绵、山羊ISG15 DNA全长克隆及比较基因组学分析 | 第99-100页 |
| ·绵羊TLR9 DNA全长克隆、比较基因组学分析与功能研究 | 第100页 |
| ·绵羊MSY2 DNA序列和CIB1基因克隆、比较基因组学分析与功能研究 | 第100页 |
| ·展望 | 第100-102页 |
| ·YB-1、MSY2等Y-box基因家族可变剪接和非编码RNA功能研究 | 第100-101页 |
| ·绵羊ISG15基因的研究 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-121页 |
| 附录 | 第121-195页 |
| 附录1 小尾寒羊睾丸YB-1 mRNA序列 | 第121-122页 |
| 附录2 哺乳纲、鸟纲YB-1蛋白多重比对 | 第122-124页 |
| 附录3 YB-1转录结合结合位点预测 | 第124-130页 |
| 附录4 绵羊YB-1基因与人类基因组中染色体上YB-1假基因多重比对 | 第130-137页 |
| 附录5 不同品种牛ISG15与济宁青山羊、小尾寒羊ISG15 DNA序列的多重比对 | 第137-140页 |
| 附录6 多物种ISG15 mRNA和蛋白序列的多重比对 | 第140-143页 |
| 附录7 小尾寒羊、济宁青山羊ISG15 DNA序列与GenBank中绵羊ISG15 mRNA序列的多重比对 | 第143-145页 |
| 附录8 ISG15转录因子结合位点预测 | 第145-151页 |
| 附录9 TLR9 mRNA和蛋白的多重比对 | 第151-171页 |
| 附录10 MSY2 DNA序列的多重比对 | 第171-191页 |
| 附录11 CIB1 mRNA和蛋白多重比对结果 | 第191-195页 |
| 致谢 | 第195-196页 |
| 作者简历 | 第196页 |
