基于堆积的RNA假结预测算法
| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-19页 |
| 第一章 前言 | 第19-35页 |
| ·研究意义 | 第19-21页 |
| ·研究现状 | 第21-24页 |
| ·RNA结构 | 第24-29页 |
| ·RNA一级结构 | 第25页 |
| ·RNA二级结构 | 第25-26页 |
| ·RNA三级结构 | 第26-28页 |
| ·结构测定方法 | 第28-29页 |
| ·自由能量模型和参数 | 第29-31页 |
| ·自由能量参数 | 第29-30页 |
| ·自由能量模型 | 第30-31页 |
| ·本文的工作和组织结构 | 第31-35页 |
| ·本文的工作 | 第31-33页 |
| ·本文的创新工作 | 第33页 |
| ·本文的组织结构 | 第33-35页 |
| 第二章 RNA结构预测的基本方法 | 第35-55页 |
| ·二级结构预测的最小能量算法 | 第35-42页 |
| ·最大基对数算法 | 第36-38页 |
| ·MFOLD算法 | 第38-42页 |
| ·假结预测的复杂性 | 第42-44页 |
| ·假结预测的最小能量算法 | 第44-49页 |
| ·PKNOTS算法 | 第44-47页 |
| ·PknotsRG算法 | 第47-48页 |
| ·LP算法 | 第48-49页 |
| ·组合优化算法 | 第49-53页 |
| ·最大权匹配算法 | 第49-52页 |
| ·动态权匹配算法 | 第52-53页 |
| ·启发式算法 | 第53-55页 |
| ·遗传算法 | 第53-54页 |
| ·模拟退火算法 | 第54-55页 |
| 第三章 最大权堆积问题的近似算法 | 第55-69页 |
| ·最大堆积数问题 | 第55-58页 |
| ·最大堆积数问题的复杂性 | 第56-57页 |
| ·最大堆积基对数算法 | 第57-58页 |
| ·最大堆积数问题的近似方案 | 第58页 |
| ·最大权堆积问题 | 第58-69页 |
| ·最大权堆积问题的折叠模型 | 第59页 |
| ·最大权堆积问题的性质 | 第59-60页 |
| ·最大权堆积问题的多项式时间近似算法 | 第60-65页 |
| ·最大权堆积问题的多项式时间近似方案 | 第65-69页 |
| 第四章 茎最大化的启发式算法 | 第69-79页 |
| ·茎区堆积算法 | 第69页 |
| ·茎最大化的启发式算法 | 第69-79页 |
| ·茎最大化的启发式算法 | 第70-71页 |
| ·茎最大化算法的复杂性分析 | 第71页 |
| ·茎最大化算法的预测实例 | 第71-76页 |
| ·茎最大化算法的实验结果 | 第76-77页 |
| ·茎最大化算法的性能比较 | 第77-79页 |
| 第五章 平面假结预测算法 | 第79-108页 |
| ·平面假结算法的基本原理 | 第79-82页 |
| ·平面假结算法的FEYNMAN表示模型 | 第82-85页 |
| ·平面假结算法的性质 | 第85-86页 |
| ·同轴堆积和悬挂基预测 | 第86-87页 |
| ·非平面假结预测 | 第87-88页 |
| ·平面假结算法的实现 | 第88-90页 |
| ·平面假结算法的预测实例分析 | 第90-94页 |
| ·平面假结算法的实验结果 | 第94-105页 |
| ·与PKNOTS算法的实验比较 | 第94-104页 |
| ·平面假结算法的参数优化 | 第104-105页 |
| ·PseudoBase数据库的测试结果 | 第105页 |
| ·平面假结算法的性能比较 | 第105-108页 |
| 结束语 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第118-119页 |
| 在读期间参予科研项目情况 | 第119-121页 |
| 学位论文评阅及答辩情况 | 第121-123页 |
| 外文论文 | 第123-140页 |
