| 摘要 | 第1-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 第1章 WEGO-对GO注释结果进行分析的网络工具 | 第11-55页 |
| ·Gone Ontology概述 | 第12-20页 |
| ·GO的诞生及其发展 | 第12-14页 |
| ·GO的主要用途 | 第14-15页 |
| ·GO资源 | 第15-20页 |
| ·GO的相关数据 | 第15-16页 |
| ·GO的相关软件 | 第16-17页 |
| ·GO的数据库 | 第17-18页 |
| ·GO的相关文献 | 第18页 |
| ·其他GO资源 | 第18-19页 |
| ·WEGO及其特点 | 第19-20页 |
| ·GO的数据格式 | 第20-26页 |
| ·DAG定义文件格式 | 第21-22页 |
| ·OBO定义文什格式 | 第22页 |
| ·External2G0文件格式 | 第22-23页 |
| ·DAG文件的优点和缺点 | 第23-24页 |
| ·WEGO对DAG文件的预处理 | 第24-26页 |
| ·WEGO网络服务的软件架构 | 第26-37页 |
| ·WEGO的数据处理流程 | 第27-36页 |
| ·WEGO的输入 | 第28-30页 |
| ·任务的投放 | 第30-31页 |
| ·任务调度 | 第31-33页 |
| ·GO树的显示和GO条目的选择 | 第33-34页 |
| ·WEGO的输出调节和结果转化 | 第34-36页 |
| ·External to GO Query | 第36-37页 |
| ·GO Archive Query | 第37页 |
| ·WEGO的使用 | 第37-48页 |
| ·WEGO的使用 | 第38-46页 |
| ·GO注释文件的上传或任务ID的输入 | 第38-40页 |
| ·注释结果的编辑、浏览和选择 | 第40-43页 |
| ·输出结果的参数设置 | 第43-45页 |
| ·WEGO输出结果的获取 | 第45-46页 |
| ·External to GO Query的使用 | 第46-47页 |
| ·GO Archive Query的使用 | 第47-48页 |
| ·WEGO展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| 第2章 ReAS-从全基因组鸟枪法测序片段中识别转座子的方法和工具 | 第55-95页 |
| ·研究背景及意义 | 第55-63页 |
| ·转座子的发现及其分类 | 第55-59页 |
| ·转座子研究的意义 | 第59-60页 |
| ·ReAS研究背景 | 第60-63页 |
| ·ReAS的基本思路和方法 | 第63-65页 |
| ·ReAS方法概述 | 第63-64页 |
| ·ReAS和RePS | 第64-65页 |
| ·ReAS在粳稻中的应用 | 第65-89页 |
| ·材料与方法 | 第65-75页 |
| ·ReAS算法 | 第66-67页 |
| ·主要难点 | 第67-70页 |
| ·参数设定 | 第70-75页 |
| ·结果 | 第75-87页 |
| ·与Repbase的比较 | 第75-82页 |
| ·ReAS转座子作为转座子库的应用 | 第82-87页 |
| ·讨论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-95页 |
| 结语 | 第95-97页 |
| 附录 在学研究成果 | 第97-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |