| 声 明 | 第1页 |
| 关于论文使用授权的说明 | 第2-3页 |
| 摘 要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 引言 | 第7-11页 |
| ·生物信息学简介 | 第7-10页 |
| ·论文主要内容 | 第10-11页 |
| 第二章 序列比对 | 第11-25页 |
| ·序列、序列分析及序列比对 | 第11-12页 |
| ·序列比对中的概念 | 第12-14页 |
| ·经典序列比对原理 | 第14-19页 |
| ·字符串匹配 | 第14页 |
| ·双序列比对简例 | 第14-15页 |
| ·计分系统 | 第15-17页 |
| ·序列比对相关的定理 | 第17-19页 |
| ·序列比对的算法 | 第19-25页 |
| ·Smith&Waterman 算法 | 第19-21页 |
| ·FastA 算法 | 第21-22页 |
| ·BLAST 算法 | 第22-25页 |
| 第三章 序列比对的并行化 | 第25-35页 |
| ·并行化的可能性 | 第25页 |
| ·细粒度并行 | 第25-29页 |
| ·粗粒度并行 | 第29-32页 |
| ·专用硬件简单介绍 | 第32-35页 |
| 第四章 脉动式阵列 | 第35-41页 |
| ·脉动式算法 | 第35页 |
| ·脉动式阵列基本结构 | 第35-36页 |
| ·SSR 结构介绍 | 第36-38页 |
| ·脉动式阵列使用简例 | 第38-41页 |
| 第五章 脉动式阵列作为龙芯I 号协处理器的实现 | 第41-53页 |
| ·龙芯I 号处理器介绍 | 第41-42页 |
| ·龙芯I 号和脉动式阵列协处理器的设计思路 | 第42页 |
| ·SMITH&WATERMAN 算法并行化需求 | 第42-44页 |
| ·脉动式阵列协处理器的内部组织与结构 | 第44-46页 |
| ·对龙芯I 号标准部件的修改 | 第46-48页 |
| ·脉动式阵列协处理器设计的一些问题及解决 | 第48-52页 |
| ·指令相关 | 第48-51页 |
| ·SSR、保留站和操作数 | 第51-52页 |
| ·脉动式阵列协处理器上的编程 | 第52-53页 |
| 第六章SMITH& WATERMAN 算法在脉动式阵列上的实现 | 第53-65页 |
| ·SMITH&WATERMAN 算法在脉动式阵列上运行的简例 | 第53-55页 |
| ·SMITH&WATERMAN 算法具体实现时一些分析 | 第55-63页 |
| ·序列的长度和处理单元个数的关系 | 第56-59页 |
| ·寄存器的分配及局部存储器的功能 | 第59-62页 |
| ·标志位和初始化数据的输入 | 第62-63页 |
| ·SMITH&WATERMAN 算法参数化的具体实现 | 第63-65页 |
| 第七章 模拟实验及数据分析 | 第65-75页 |
| ·模拟实验的环境及参数 | 第65-66页 |
| ·统计数据的获取 | 第66页 |
| ·统计数据及分析 | 第66-73页 |
| ·结论 | 第73-75页 |
| 第八章 结束语 | 第75-77页 |
| 附录：协处理器指令集 | 第77-81页 |
| 参考文献 | 第81-83页 |
| 致 谢 | 第83-84页 |
| 作 者 简 历 | 第84页 |
