| 中文摘要 | 第1-8页 |
| 英文摘要 | 第8-11页 |
| 本论文缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 导论 | 第12-21页 |
| 1．1 微生物多样性的重要性 | 第12页 |
| 1．2 氮素循环 | 第12-15页 |
| 1．2．1 海洋环境中的反硝化过程 | 第13页 |
| 1．2．2 反硝化细菌及其检测 | 第13-14页 |
| 1．2．3 硝酸还原细菌及其检测 | 第14-15页 |
| 1．3 传统的微生物群落分析方法的局限 | 第15-17页 |
| 1．4 基因芯片技术及其应用 | 第17-21页 |
| 1．4．1 芯片技术简介 | 第17页 |
| 1．4．2 基因芯片的优势 | 第17-18页 |
| 1．4．3 芯片技术的技术难点 | 第18-19页 |
| 1．4．4 基因芯片技术的应用 | 第19-21页 |
| 第二章 反硝化细菌分离、亚硝酸还原酶基因克隆及太平西北部海洋沉积物中反硝化细菌的多样性 | 第21-37页 |
| 2．1 引言 | 第21-22页 |
| 2．2 材料与方法 | 第22-26页 |
| 2．2．1 沉积物样品的采集 | 第22页 |
| 2．2．2 反硝化细菌的分离和培养条件 | 第22-23页 |
| 2．2．3 DNA的提取和纯化 | 第23页 |
| 2．2．4 nir基因片段的PCR扩增 | 第23页 |
| 2．2．5 沉积物样品和富集培养物nirK和nits PCR产物的克隆 | 第23页 |
| 2．2．6 nirk和nirS克隆文库的RFLP分析 | 第23-24页 |
| 2．2．7 斑点杂交 | 第24页 |
| 2．2．8 Southeren斑点杂交 | 第24页 |
| 2．2．9 nir基因的测序及系统发育分析 | 第24-25页 |
| 2．2．10 核苷酸序列登录号 | 第25-26页 |
| 2．3 结果 | 第26-34页 |
| 2．3．1 亚硝酸还原酶基因和反硝化细菌海洋分离株 | 第26-27页 |
| 2．3．2 从沉积物样品和富集培养物扩增nir基因 | 第27页 |
| 2．3．3 nirK和nirs克隆的RFLP分析 | 第27-29页 |
| 2．3．4 nirK和nirs克隆的斑点杂交 | 第29-32页 |
| 2．3．5 nirK和nirs克隆的序列分析 | 第32-34页 |
| 2．4 讨论 | 第34-37页 |
| 第三章 构建用于分析自然环境中硝化和反硝化细菌群落的功能基因芯片 | 第37-55页 |
| 3．1 引言 | 第37-38页 |
| 3．2 材料与方法 | 第38-43页 |
| 3．2．1 菌株，环境克隆以及样品 | 第38页 |
| 3．2．2 DNA提取、纯化、定量以及PCR放大 | 第38-39页 |
| 3．2．3 FGA的构建及其后处理 | 第39-41页 |
| 3．2．4 芯片质量检测 | 第41-42页 |
| 3．2．5 基因芯片杂交 | 第42-43页 |
| 3．2．6 芯片的扫描和杂交信号的定量分析 | 第43页 |
| 3．3 结果 | 第43-52页 |
| 3．3．1 基因芯片制作中参数的优化 | 第43-45页 |
| 3．3．2 FGA芯片的杂交特异性 | 第45-46页 |
| 3．3．3 DNA基因芯片的杂交检测灵敏度 | 第46-47页 |
| 3．3．4 基因芯片杂交的定量 | 第47-49页 |
| 3．3．5 DNA序列的多样性及杂交紧迫度对信号强度的影响 | 第49-50页 |
| 3．3．6 用基因芯片技术检测海洋沉积物和土壤样品中的目标基因 | 第50-52页 |
| 3．4 讨论 | 第52-55页 |
| 第四章 基因芯片上的染色体——染色体杂交将加速自然环境中微生物种的特异鉴定 | 第55-69页 |
| 4．1 引言 | 第55-56页 |
| 4．2 材料和方法 | 第56-60页 |
| 4．2．1 细菌菌株和环境样品 | 第56页 |
| 4．2．2 染色体DNA的纯化与定量 | 第56-57页 |
| 4．2．3 芯片构建和后处理 | 第57-58页 |
| 4．2．4 制备荧光素标记的全染色体DNA | 第58-59页 |
| 4．2．5 群落染色体芯片杂交 | 第59页 |
| 4．2．6 群落染色体芯片的扫描和杂交信号的定量分析 | 第59-60页 |
| 4．3 结果 | 第60-67页 |
| 4．3．1 CGA杂交的特异性 | 第60-62页 |
| 4．3．2 CGA杂交的检测灵敏度 | 第62-63页 |
| 4．3．3 CGA杂交的定量潜能 | 第63-65页 |
| 4．3．4 环境样品中目标染色体的群落染色体芯片检测 | 第65-67页 |
| 4．4 讨论 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
| 作者简历 | 第87-88页 |
| 博士在读期间主要学术成果 | 第88-89页 |
