以STEM为单位的RNA结构比对算法研究
| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-15页 |
| §1.1 课题背景 | 第11-13页 |
| §1.2 研究思路 | 第13页 |
| §1.3 论文结构 | 第13-15页 |
| 第二章 序列的比对算法介绍 | 第15-20页 |
| §2.1 序列比对 | 第15-17页 |
| ·多序列比对问题定义 | 第15-16页 |
| ·序列比对算法分类 | 第16-17页 |
| §2.2 结构比对 | 第17-19页 |
| ·多序列结构比对问题定义 | 第17页 |
| ·结构比对算法分类 | 第17-19页 |
| §2.3 小结 | 第19-20页 |
| 第三章 STEM的寻找算法 | 第20-30页 |
| §3.1 折叠矩阵 | 第20-22页 |
| §3.2 STEM的寻找 | 第22-24页 |
| §3.3 改进的STEM寻找算法 | 第24-25页 |
| §3.4 并行化研究 | 第25-28页 |
| ·可行性分析 | 第25-26页 |
| ·并行处理 | 第26-27页 |
| ·数据测试 | 第27-28页 |
| §3.5 小结 | 第28-30页 |
| 第四章 STEM的比对算法 | 第30-38页 |
| §4.1 STEM概述 | 第30页 |
| §4.2 STEM之间的关联性 | 第30-33页 |
| ·同一条序列的STEM | 第30-32页 |
| ·多条序列上的STEM | 第32-33页 |
| §4.3 STEM比对 | 第33-36页 |
| ·STEM的序列比对 | 第33-35页 |
| ·STEM的位置比对 | 第35-36页 |
| §4.4 测试与分析 | 第36-37页 |
| §4.5 小结 | 第37-38页 |
| 第五章 以STEM为单位的双序列比对算法 | 第38-47页 |
| §5.1 寻找最佳匹配的STEM | 第38-39页 |
| §5.2 序列的拆分 | 第39-41页 |
| §5.3 递归与合并 | 第41-43页 |
| §5.4 测试与分析 | 第43-46页 |
| ·复杂度分析 | 第43-44页 |
| ·结果测试 | 第44-46页 |
| §5.5 小结 | 第46-47页 |
| 第六章 以STEM为单位的多序列比对算法 | 第47-62页 |
| §6.1 目标与策略 | 第47-48页 |
| §6.2 加权矩阵 | 第48-49页 |
| §6.3 指导树 | 第49-51页 |
| §6.4 构建多序列比对 | 第51-52页 |
| §6.5 序列裁剪 | 第52-54页 |
| §6.6 测试与分析 | 第54-59页 |
| ·算法复杂度 | 第54页 |
| ·测试比对结果 | 第54-56页 |
| ·目标函数评估 | 第56-59页 |
| §6.7 并行化处理 | 第59-61页 |
| ·可行性分析 | 第59-60页 |
| ·并行处理 | 第60-61页 |
| §6.8 小结 | 第61-62页 |
| 第七章 结论与展望 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-68页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第68页 |
